标题摘要内容
 在线工具 
技术支持/Technology

环状RNA常用数据库


充分利用环状RNA相关的在线数据库,可以很好地帮助到平时的实验研究工作。下面我们介绍环状RNA相关的几个重要数据库。


circBase数据库
1、选择感兴趣的circRNA

        这里以“HIPK3”基因为例,打开circBase网站(http://circrna.org/),在搜索框中输入兴趣基因“HIPK3”名称,点击“search”按钮。





2、搜索结果选择

“HIPK3”基因对应的环状RNA有多个,其中hsa_circ_0000284在多种细胞和组织中皆有表达,表达水平很高,可以列为重点研究的候选分子。


3、获取环状RNA序列



点击菜单栏的“fasta”,跳转到序列获取界面,这里可以选择获取“genomic”和“spliced” 基因组和剪接后序列,也可以选择增加上环状RNA分子上游或下游序列,仅环化剪接位点附近序列,进行扩展。一般我们选择“spliced”即可获得环状RNA分子的完整成熟序列了。


>hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............;

CircNet数据库
        CircNet数据库数据来源基于转录测序结果,并进一步联合microRNA等信息进行了整合分析,功能强大。数据库网址:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/


        

该数据库整合了以下信息:circRNA分子序列;circRNA与miRNA及靶基因的调控网络;circRNA分子的表达谱;circRNA分子的基因组注释。


        

还是以“HIPK3”为例,检索结果不仅显示了与HIPK3环状RNA相关的miRNA分子,也有环状RNA表达谱数据和基因组定位等信息。

CircInteractome数据库



CircInteractome数据库整合的信息有以下几类:
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA

1、circRNA分子检索
点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”


2、获取circRNA详细信息:通过第一步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面,如下图。



3、circRNA的PCR引物设计:该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计,操作如下:


        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。


        

点击primer3后得到网站自动设计好的引物,具体结果见下图。




3、circRNA的PCR引物设计:该网站还可以进行环状RNA的特异性引物设计,操作如下:


        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。


        点击primer3后得到网站自动设计好的引物,具体结果见下图。


4、circRNA的siRNA干扰序列设计:该数据库还提供了针对circRNA的siRNA序列设计,非常实用。下图是针对“hsa_circ_0000284”软件设计后给出的siRNA序列




deepbase数据库
        中山大学推出的deepbase数据库主要强调ceRNA分子网络互作,其中也整合了circRNA相关信息。网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/



        有效且灵活地整合在线circRNA相关数据库知识,可以很好地为实验提供思路和指导。