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11月上旬circRNA研究报道汇总
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2018-11-16 | 272 次浏览 | 分享到:


欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献28篇,下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。

 

1、 来自胃癌外泌体的circRNA通过靶向miR-133/PRDM16途径促进白色脂肪褐变

文献标题:Exosomal circRNA derived from gastric tumor promotes white adipose browning by targeting the miR-133/PRDM16 pathway

期刊:Int J Cancer. 影响因子:7.36

通讯作者单位:天津医科大学肿瘤医院

 

癌症相关的恶病质是一种代谢综合征,其特征在于脂肪和骨骼肌的消耗紊乱,并伴有体重减轻和全身性炎症。癌症恶病质的治疗选择是有限的,并且分子机制仍然知之甚少。环状RNA(circRNA)是一种新的内源性RNA家族,已被发现广泛参与调节哺乳动物的基因表达。外泌体是源自细胞的小囊泡,并且最近的研究表明circRNA在外泌体中稳定存在。然而,关于circRNA在外泌体中的生物学作用知之甚少。在这项研究中,我们发现在胃癌(GC)血浆外泌体中的circRNAs具有特异性表达特征,并且ciRS-133与GC患者中白色脂肪组织(WAT)的褐变相关。源自GC细胞的外泌体将ciRS-133递送到前脂肪细胞中,通过激活PRDM16和抑制miR-133促进前脂肪细胞分化成棕色样细胞。此外,ciRS-133的敲低减少了肿瘤移植小鼠的癌症恶病质,减少了氧气消耗和产热。因此,外泌体递送的circRNA参与WAT褐变并在癌症相关的恶病质中起关键作用。

 

图注:A:电镜检测分离自人血浆外泌体;B:NTA纳米颗粒示踪仪分析外泌体粒径;C:Western blot分析外泌体表面标志物;D:circRNA芯片初步筛查胃癌血浆来源外泌体中的circRNAs;E:RT-qPCR验证ciRS-133在胃癌血浆中显著高表达。

 

图注:F:相对于癌旁组织,ciRS-133在胃癌组织中显著高表达;G:生信预测发现ciRS-133上存在2个miR-133结合位点;H:ciRS-133与褐色脂肪组织(BAT)质量正相关;I:ciRS-133与个体脂肪比率负相关。

 

 

2 一种新的环状RNA circFAT1(e2)通过靶向细胞质中的miR-548g并与细胞核中的YBX1相互作用来抑制胃癌的进展

文献标题:A novel circular RNA, circFAT1(e2), inhibits gastric cancer progression by targeting miR-548g in the cytoplasm and interacting with YBX1 in the nucleus

期刊:Cancer Lett. 影响因子:6.494

通讯作者单位:苏州大学第一附属医院

 

在本研究中,研究者通过分析挖掘GEO数据库中胃癌(GC)组织环状RNA (circRNA)表达谱。发现一个新的circRNA, has_circ_0001461,我们称之为circFAT1(e2)并进一步证实circFAT1(e2)在胃癌组织和细胞系中显著下调,并与胃癌患者的总体生存率相关。荧光原位杂交(FISH)分析显示circFAT1(e2)分布在GC细胞的细胞质中,也可分布在细胞核中。功能实验表明,circFAT1(e2)的过表达抑制了GC细胞的增殖、迁移和侵袭。然后,我们研究circFAT1(e2)是否作为microRNA-549g(miR-548g)的海绵并调控肿瘤抑制因子RUNX1在GC细胞中的表达。此外,我们发现位于核的circFAT1(e2)可以直接与Y-box结合蛋白-1 (YBX1)相互作用并抑制其功能。综上所述,circFAT1(e2)可能通过调节细胞质中的miR-548g/RUNX1轴,靶向细胞核中的YBX1,在GC细胞中发挥抑癌作用。

 

 

图注:A:通过生物信息学技术挖掘GEO中胃癌中差异表达的circRNA表达谱并绘制聚类热图;B:两个GEO数据集中存在两个重叠的circRNA(GSE100170 GSE83521);C: circFAT1(e2)基因组定位示意图;

 

图注:D:RT-PCR在gDNA和cDNA中验证circFAT1(e2)的表达;E:sanger测序验证circFAT1(e2)的反向拼接位点序列;F:RT-PCR检测circFAT1(e2)和linFAT1在放线菌D处理MGC803细胞中的表达情况;G:RT-PCR检测circFAT1(e2)和linFAT1在RNase R处理MGC803细胞中的表达情况;

 

3、 环状RNA表达谱鉴定前列腺癌特异性环状RNA

文献标题:Circular RNA Expression Profiling Identifies Prostate Cancer- Specific circRNAs in Prostate Cancer

期刊:Cell Physiol Biochem. 影响因子:5.5

通讯作者单位:上海复旦大学

前列腺癌(PCa)是严重损害男性健康的主要癌症之一,发病率和死亡率均较高,但目前对于前列腺癌的诊断和预后尚无理想的分子标志物。该研究采用ceRNA芯片在4对前列腺癌及癌旁组织中筛选差异表达环状RNA,以确定其是否可作为前列腺癌诊断的新生物标志物。利用Cytoscape软件构建了circRNA-miRNA-mRNA的差异环状RNA及其宿主基因调控网络。通过qRT-PCR技术验证微阵列数据。结果表明我们在PCa肿瘤中发现了1021个差异表达的环状RNA,并通过qRT-PCR分析证实了circ_0057558、circ_0062019和SLC19A1在PCa细胞系和肿瘤组织中的表达。我们发现,PSA水平与两种差异表达的环状RNA联合使用后,诊断性能AUC灵敏度和特异性(分别为0.938、84.5%和90.9%)均明显高于单独使用PSA(血清PSA的AUC为0.854)。此外,circ_0057558与总胆固醇呈正相关。circRNA-miRNA-mRNA分析的功能网络显示circ_0057558和circ_0034467调控了miR-6884, circ_0062019和circ_0060325调控了miR-5008。研究结果表明,circ_0062019和circ_0057558两个差异表达环状RNA和circ_0062019的宿主基因SLC19A1可作为前列腺癌潜在的新型生物标志物。

 

图注: circRNA芯片的散点图和聚类热图展示了circRNA和mRNA在前列腺癌组织和正常组织中的差异表达情况

 

图注:前列腺癌中差异表达circRNA的宿主基因gene ontology富集分析结果(前30个term)

 

2:生物信息学预测4个差异表达的circRNA可能结合的miRNAs

 

图注:三个circRNA分子(circ_0057558, circ_0062019, circ_0075538)和SLC19A1在前列腺癌和癌旁组织中的差异表达情况(采用qRT-PCR技术检测)

 

 

参考文献列表

 

序号

主要内容

文献标题

期刊

IF

单位

1

源自胃肿瘤的外泌体circRNA通过靶向miR-133/PRDM16途径促进白色脂肪褐变

Exosomal circRNA derived from gastric tumor promotes white adipose browning by targeting the miR-133/PRDM16 pathway

Int J Cancer.

7.36

天津医科大学肿瘤医院

2

一种新的环状RNA circFAT1(e2)通过靶向细胞质中的miR-548g并与细胞核中的YBX1相互作用来抑制胃癌的进展

A novel circular RNA, circFAT1(e2), inhibits gastric cancer progression by targeting miR-548g in the cytoplasm and interacting with YBX1 in the nucleus

Cancer Lett.

6.494

苏州大学第一附属医院

3

环状RNA表达谱鉴定前列腺癌特异性环状RNA

Circular RNA Expression Profiling Identifies Prostate Cancer- Specific circRNAs in Prostate Cancer

Cell Physiol Biochem.

5.5

上海复旦大学

4

ER阳性亚型乳腺癌关键差异表达环状rna的鉴定与综合分析

Identification and integrated analysis of key differentially expressed circular RNAs in ER-positive subtype breast cancer

Epigenomics.

4.979

上海仁济医院

5

RPAD(RNase R处理,聚腺苷酸化和poly(A)+RNA去除)方法分离高纯环状RNA

RPAD (RNase R treatment, polyadenylation, and poly(A)+ RNA depletion) method to isolate highly pure circular RNA

Methods.

3.998

美国国立卫生研究院

6

环状RNA在机械力处理人牙周韧带干细胞(PDLSCs)过程的表达特征

Identification and characterization of circular RNAs involved in mechanical force-induced periodontal ligament stem cells

J Cell Physiol.

3.923

山东大学口腔医学院

7

CircRNA circPDSS1通过海绵状吸附miR-186-5p和调节NEK2促进胃癌进展

CircRNA circPDSS1 promotes the gastric cancer progression by sponging miR-186-5p and modulating NEK2

J Cell Physiol.

3.923

云南省第一人民医院

8

Hsa_circ_0136666通过miR-136/SH2B1轴促进结直肠癌的增殖和侵袭

Hsa_circ_0136666 promotes the proliferation and invasion of colorectal cancer through miR-136/SH2B1 axis

J Cell Physiol.

3.923

河南科技大学附属第一医院

9

早期妊娠小鼠着床部位和着床间部位环状rna表达模式的改变

Altered expression patterns of circular RNAs between implantation sites and interimplantation sites in early pregnant mice

J Cell Physiol.

3.923

重庆医科大学

10

肌肉功能和疾病中的环状RNA研究进展Circular RNAs in Muscle Function and Disease.

 

Int J Mol Sci.

3.687

圣多纳托米拉内塞

11

PWCDA:预测环状rna -疾病关联的路径加权方法

PWCDA: Path Weighted Method for Predicting circRNA-Disease Associations

Int J Mol Sci.

3.687

陕西师范大学

12

circRNA circ_0001721上调可预测骨肉瘤的不良预后,并通过海绵样吸附miR-569和miR-599促进细胞恶化进展

Upregulation of circular RNA circ_0001721 predicts unfavorable prognosis in osteosarcoma and facilitates cell progression via sponging miR-569 and miR-599

Biomed Pharmacother.

3.457

牡丹江医学院

13

肝组织中环状rna在肝纤维化模型中的差异表达及其靶基因功能分析

Differential expression of circular RNAs in hepatic tissue in a model of liver fibrosis and functional analysis of theirtarget genes

Hepatol Res.

3.415

宁波大学医学院

14

环状RNA在肺癌中的研究进展

Research progress of circular RNAs in lung cancer

Cancer Biol Ther.

3.373

中国医科大学附属第一医院

15

人乳头瘤病毒16e7癌蛋白改变了Caski细胞中环状rna的表达谱

Human papillomavirus 16 E7 oncoprotein alters the expression profiles of circular RNAs in Caski cells

J Cancer.

3.249

南方医科大学基础医学院

16

Circ_0027599/PHDLA1通过吸附miR-101-3p.1抑制胃癌进展

Circ_0027599/PHDLA1 suppresses gastric cancer progression by sponging miR-101-3p.1

Cell Biosci.

3.219

上海市第六人民医院

17

猪皮下脂肪形成过程中mrna、lncrna和环状rna的全基因组表达谱研究

A genome-wide landscape of mRNAs, lncRNAs, and circRNAs during subcutaneous adipogenesis in pigs

J Anim Sci Biotechnol.

3.205

南京农业大学

18

WebCircRNA:对编码和非编码RNA的环状RNA潜力进行分类数据库

WebCircRNA: Classifying the Circular RNA Potential of Coding and Noncoding RNA

Genes (Basel).

3.191

哥本哈根大学

19

CircABCB10通过调节miR-1252/FOXR2轴促进非小细胞肺癌细胞增殖和迁移

CircABCB10 promotes nonsmall cell lung cancer cell proliferation and migration by regulating the miR-1252/FOXR2 axis

J Cell Biochem.

2.959

上海同济大学第十人民医院

20

上调环状RNA circ_0007534提示胰腺导管腺癌预后不良,可通过海绵样吸附miR-625和miR-892b调节细胞增殖、凋亡和侵袭

Upregulated circular RNA circ_0007534 indicates an unfavorable prognosis in pancreatic ductal adenocarcinoma and regulates cell proliferation, apoptosis, and invasion by sponging miR-625 and miR-892b

J Cell Biochem.

2.959

齐齐哈尔医科大学附属第三医院

21

CircPAN3通过miR-153-5p/miR-183-5p-XIAP轴介导急性髓系白血病的耐药性

CircPAN3 mediates drug resistance in acute myeloid leukemia through the miR-153-5p/miR-183-5p-XIAP axis

Exp Hematol.

2.436

福建医科大学

22

同型半胱氨酸处理后人视网膜细胞中环状RNA分子的表达分析

Expression Analysis of the Circular RNA Molecules in the Human Retinal Cells Treated with Homocysteine.

Curr Eye Res.

2.12

路易斯维尔大学医学院

23

circCOL3A1-859267通过海绵样吸附miR-29c在人真皮成纤维细胞中调节I型胶原表达

 

Eur J Dermatol.

1.944

中山大学附属第三医院

24

环状RNA作为新的生物标志物和癌症治疗靶点研究进展综述

Circular RNAs Serve as Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Cancers

Curr Gene Ther.

1.943

宁波大学医学院

25

内源性mirna海绵介导了非编码RNA网络振荡动力学的产生

Endogenous mirna sponges mediate the generation of oscillatory dynamics for a non-coding RNA network

J Theor Biol.

1.833

美国克利夫兰临床医院

26

环状RNA在肺癌中的作用研究进展

Progress in research on the role of circular RNAs in lung cancer

World J Surg Oncol.

1.792

东南大学医学院

27

circRNA_0000285的上调作为鼻咽癌的预后生物标志物,参与放射敏感性

Upregulation of circRNA_0000285 serves as a prognostic biomarker for nasopharyngeal carcinoma and is involved in radiosensitivity

Oncol Lett.

1.664

中南大学湘雅医院

28

环状RNA hsa_circ_0000523作为miRNA海绵调节结直肠癌细胞的增殖和凋亡

Circular RNA hsa_circ_0000523 regulates the proliferation and apoptosis of colorectal cancer cells as miRNA sponge

Braz J Med Biol Res.

1.492

浙江同德医院