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11月下旬circRNA研究报道汇总
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2018-12-07 | 389 次浏览 | 分享到:


欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献24篇,下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。

 

1、发现卡波西肉瘤疱疹病毒编码的环状RNA和人类抗病毒环状

文献标题:RNA Discovery of Kaposi's sarcoma herpesvirus-encoded circular RNAs and a human antiviral circular RNA

期刊:PNAS  影响因子:9.504

通讯作者单位:美国国立卫生研究院

非编码RNA在宿主-病毒相互作用中具有重要作用。环状RNA是一种新型的单链非编码RNA,它们可以诱其他RNARNA结合蛋白来抑制它们功能。环状RNA在卡波西肉瘤疱疹病毒(KSHV)中的作用甚不清楚。我们推测环状RNA通过抑制宿主和/或病毒因子影响病毒感染。KSHV感染原代内皮细胞B细胞过程,转录组分析发现众多人类环状RNA被调控发生差异表达。我们利用PCR技术和RNase R处理验证了这些差异表达的特异性环状RNA其中KSHV感染后,过表达hsa_circ_0001400环状RNA可抑制病毒潜伏关键基因LANARTA的表达。之前研究表明人类疱疹病毒表达非编码RNAmicroRNA因此我们怀疑KSHV病毒基因组是否可以表达环状RNA。我们KSHV感染的细胞,经过RNaseR富集circRNA后,进行circRNA-Seq测序发现KSHV编码的多个环状RNAKSHV感染的内皮细胞原发性渗出淋巴瘤(PEL)细胞中表达。KSHV环状RNA定位在病毒裂解基因的ORFs区且高表达,可改变细胞生长。病毒circRNAs是也可在KSHV引起的患者的淋巴结中检测到如原发性渗出淋巴瘤、卡波西肉瘤和多中心Castleman病。我们揭示了新的宿主-病毒相互作用KSHV感染期人抗病毒circRNAs被激活,感染裂解期病毒circRNA被诱导表达。

 

图注:KSHV感染过程中人特定circRNA被诱导差异表达。A:微阵列技术检测发现KSHV感染细胞中人circRNA差异表达情况(火山图)。B:KSHV感染人HUVECs细胞circRNA-seq测序发现多个高表达circRNA分子;CDERT-PCR检测KSHV感染人HUVEC293tMC116细胞特定circRNA表达水平变化。

 

 

图注:circRNA调控病毒基因的表达和细胞生长。A:SLK细胞中过表达hsa_circ_0001400后数字PCR检测其表达水平;BKSHV感染hsa_circ_0001400稳定过表达的SLK细胞后,RT-dPCR检测病毒基因表达水平;C:siRNA敲低circRNARTA,LANA等基因表达水平变化;D:多个circRNAKSHV感染的BAC16细胞中可调控细胞增殖能力。

 

2、circANKS1B促进乳腺癌转移的作用研究

文献标题:The pro-metastasis effect of circANKS1B in breast cancer

期刊:Mol Cancer. 影响因子:7.776

通讯作者单位:东南大学医学院

最近的研究表明,环状RNAcircRNA)在癌症进展中起关键作用。本研究主要探讨其在乳腺癌中的作用。RNA-seq测序筛选到CircANKS1B(源自ANKS1B基因的第5和第8外显子的circRNAhsa_circ_0007294)并通过qRT-PCRSanger测序验证。评估circANKS1B在临床乳腺癌样本中的表达及其与临床病理特征和预后的关联。circANKS1B在细胞系和小鼠异种移植模型中的功能增加和功能丧失实验阐明circANKS1B在乳腺癌中的功能和潜在机制。与非TNBC组织和细胞系相比,CircANKS1B在三阴性乳腺癌(TNBC)中显着上调。高表达的circANKS1B与淋巴结转移和晚期临床分期密切相关,并可作为乳腺癌患者总体存活的独立危险因素。功能研究表明,circANKS1B通过诱导上皮-间质转化(EMT)在体外和体内促进乳腺癌的侵袭和转移,而对乳腺癌的生长没有影响。机制上,circANKS1B大量吸附miR-148a-3pmiR-152-3p以增加转录因子USF1的表达,USF1可以转录上调TGF-β1表达,从而激活TGF-β1/ Smad信号传导以促进EMT。此外,我们的数据揭示了新型环状RNA circANKS1B在乳腺癌转移中的重要作用,证明了circANKS1B作为治疗靶标可以更好地预防乳腺癌转移。

 

 

图注:乳腺癌中circANKS1B可吸附miR-148a-3pmiR-152-3pA:RIP实验,利用抗AGO2抗体免疫共沉淀检测到circANKS1B,表明circANKS1BAGO2存在相互作用;B:生物素标记circANKS1B特异性探针可特异性检测circANKS1BC-D:circANKS1B生物素探针免疫共沉淀实验后,qPCR检测可能结合的miRNA表达水平;E-F:野生型和突变型生物素标记的miR-148a/152-3p模拟物转染circANKS1B过表达的MCF-7MDA-MB-231细胞后,链霉亲和素捕获,qPCR检测circANKS1B表达;G-H:荧光素酶报告基因实验检测miR-148a/152-3pcircANKS1B直接互作;I:FISH免疫荧光杂交实验miR-148a/152-3pcircANKS1B共定位情况。

 

 

3、侵袭相关环状RNA circFNDC3B通过miR-1178-3p/G3BP2/SRC/FAK轴抑制膀胱癌进展

文献标题:Invasion-related circular RNA circFNDC3B inhibits bladder cancer progression through the miR-1178-3p/G3BP2/SRC/FAK axis

期刊:Mol Cancer. 影响因子:7.776

通讯作者单位:中山大学孙逸仙纪念医院

本研究深入探讨了circFNDC3B在膀胱癌(BC)中的作用和潜在的调节机制。通过重复transwell测定建立细胞侵袭模型,并通过侵袭模型鉴定BC中的侵袭相关circRNA。通过定量实时PCR82对膀胱癌组织,细胞系中检测到circFNDC3B的表达。进行功能测定以评估circFNDC3B对体外增殖,迁移和侵袭以及体内肿瘤发生和转移的影响。通过荧光原位杂交,pull-down测定和荧光素酶报告基因测定证实了circFNDC3BmiR-1178-3p之间的关系。我们发现circFNDC3BBC组织中显着下调并且与病理性T分期,分级,淋巴侵袭和患者的总体存活率相关。功能上,circFNDC3B的过表达显著抑制膀胱癌体外和体内的增殖,迁移和侵袭。机制上,circFNDC3B可以直接结合miR-1178-3pmiR-1178-3p靶向致癌基因G3BP25'UTR。此外,circFNDC3B充当miR-1178-3p海绵以抑制G3BP2,从而抑制下游SRC / FAK信号传导途径。因此,CircFNDC3B可作为新的肿瘤抑制因子和为膀胱癌治疗提供新的潜在靶标。

 

 

图注:A:膀胱癌T24细胞体外侵袭模型建立示意图;BT24侵袭模型筛选到多个差异表达的circRNA(circFNDC3B);D-E:RT-PCR检测到特异性circFNDC3B并通过了sanger测序验证;

 

图注:56对膀胱癌组织标本中qPCR检测证实circFNDC3B在膀胱癌组织显著低表达,且与T分级,淋巴结转移和血管侵袭相关,膀胱癌中低低表达的circFNDC3B预后差。

 

图注:a:膀胱癌细胞中敲低circFNDC3B后高通量检测差异基因表达情况;b:敲低circFNDC3BG3BP2等肿瘤相关基因表达热图展示;c-dG3BP25UTR基因 与miR-1178-3p存在结合位点预测;eG3BP25UTRmiR-1178-3pcircFNDC3B结合位点碱基配对情况;g:荧光素酶报告基因检测到G3BP25UTRmiR-1178-3p直接结合。

 

4、EIF4A3诱导的环状RNA MMP9(circMMP9)充当miR-124的海绵并促进多形性胶质母细胞瘤细胞肿瘤发生

文献标题:EIF4A3-induced circular RNA MMP9 (circMMP9) acts as a sponge of miR-124 and promotes glioblastoma multiforme cell tumorigenesis

期刊:Mol Cancer. 影响因子:7.776

通讯作者单位:中国人民武装警察部队特色医疗中心(天津)

 

已发现环状RNAcircRNA)在各种癌症的发展和进展中起关键作用。然而,关于环状RNA分子网络对多形性胶质母细胞瘤(GBM)的影响知之甚少。本研究中使用微阵列筛选GBM中的circRNA表达。使用定量实时荧光定量PCR检测circMMP9的表达。用circMMP9过表达载体或siRNA转染GBM细胞,通过裸鼠成瘤实验,细胞增殖,迁移和侵袭等实验评估circMMP9GBM中的作用。通过生物素偶联的miRNA探针捕获,荧光原位杂交和荧光素酶报告基因实验证实circMMP9miR-124之间的关系。在本研究中,我们筛选了GBM差异表达的circRNA并鉴定了circMMP9发现circMMP9作为致癌基因,在GBM中上调并促进GBM细胞的增殖,迁移和侵袭能力。进一步,我们实验验证了circMMP9直接靶向吸附miR-124的海绵加速GBM细胞增殖,迁移和侵袭。此外,细胞周期蛋白依赖性激酶4CDK4)和极光激酶AAURKA)参与circMMP9 / miR-124信号轴诱导的GBM肿瘤发生。最后,我们发现与MMP9 mRNA转录物结合的真核起始因子eIF4A3诱导circMMP9环化并增加GBM中的circMMP9表达。我们的研究结果表明,eIF4A3诱导的circMMP9是通过调节miR-124信号通路GBM细胞增殖,侵袭和转移中发挥重要作用,可为治疗GBM提供关键的潜在治疗靶点。本研究文献详细解读文献见本公众号历史文章:荐读 | EIF4A3诱导的circMMP9促进胶质母细胞瘤的形成

 

图注:circMMP9作为miR-124海绵的验证。AGBM中差异表达前20miRNA表达谱热图;B:差异表达前20miRNA详细信息表;C:RegRNA预测circMMP9可结合miRNAs的示意图;D-E:过表达或缺失circMMP9U87U251细胞中检测miR-124表达水平;GFISH实验鉴定circMMP9miR-124在细胞中的共定位情况;H:circMMP9miR-124结合位点野生型和突变型具体碱基配对关系;I-J:萤火虫荧光素酶报告基因验证circMMP9miR-124结合关系;K:qRT-PCR检测GBM组织和正常脑组织中miR-124表达水平在GBM中显著低表达;L:IHC免疫组化实验测定miR-124GBM组织中显著低表达;M:circMMP9和miR-124表达水平显著负相关(pearson相关系数)。

 

 

参考文献列表

 

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

发现卡波西肉瘤疱疹病毒编码的环状RNA和人类抗病毒环状RNA

Discovery of Kaposi's sarcoma herpesvirus-encoded circular RNAs and a human antiviral circular RNA

Proc Natl Acad Sci U S A.

9.504

美国国立卫生研究院

2

circANKS1B促进乳腺癌转移的作用研究

The pro-metastasis effect of circANKS1B in breast cancer

Mol Cancer.

7.776

东南大学医学院

3

侵袭相关环状RNA circFNDC3B通过miR-1178-3p/G3BP2/SRC/FAK轴抑制膀胱癌进展

Invasion-related circular RNA circFNDC3B inhibits bladder cancer progression through the miR-1178-3p/G3BP2/SRC/FAK axis

Mol Cancer.

7.776

中山大学孙逸仙纪念医院

4

EIF4A3诱导的环状RNA MMP9(circMMP9)充当miR-124的海绵并促进多形性胶质母细胞瘤细胞肿瘤发生

EIF4A3-induced circular RNA MMP9 (circMMP9) acts as a sponge of miR-124 and promotes glioblastoma multiforme cell tumorigenesis

Mol Cancer.

7.776

中国人民武装警察部队特色医疗中心(天津)

5

植物circRNAs的特征

Characteristics of plant circular RNAs

Brief Bioinform.

6.302

浙江大学作物科学研究所

6

一种直接测定样品中circRNA的方法

A method to directly assay circRNA in real samples

Chem Commun (Camb).

6.29

南京大学生物化学系

7

CircRNA circRNA_102171通过激活CTNNBIP1依赖的β-catenin通路促进乳头状甲状腺癌的进展

CircRNA circRNA_102171 promotes papillary thyroid cancer progression through modulating CTNNBIP1-dependent activation of β-catenin pathway

J Exp Clin Cancer Res.

6.217

哈尔滨医科大学附属第三医院

8

GDF15抑制Malat-1环状RNA和NFκB信号诱导树突状细胞预防心脏移植中的同种免疫排斥反应

GDF15 Regulates Malat-1 Circular RNA and Inactivates NFκB Signaling Leading to Immune Tolerogenic DCs for Preventing Alloimmune Rejection in Heart Transplantation

Front Immunol.

5.511

吉林大学

9

环状RNA Hsa_Circ_0091579用作肝细胞癌的诊断和预后标志物的研究

Circular RNA Hsa_Circ_0091579 Serves as a Diagnostic and Prognostic Marker for Hepatocellular Carcinoma

Cell Physiol Biochem.

5.5

山东省医学科学院

10

胸腺素-β4通过干扰CircRNA-0067835/miR-155/FoxO3信号通路介导肝星状细胞活化

Thymosin-β4 Mediates Hepatic Stellate Cell Activation by Interfering with CircRNA-0067835/miR-155/FoxO3 Signaling Pathway

Cell Physiol Biochem.

5.5

贵州医科大学附属医院

11

circtools-circRNA研究的一站式软件解决方案

circtools - a one-stop software solution for circular RNA research

Bioinformatics.

5.481

海德堡大学

12

环状RNA circRHOT1上调并促进胰腺癌细胞增殖和侵袭

Circular RNA circRHOT1 is upregulated and promotes cell proliferation and invasion in pancreatic cancer

Epigenomics.

4.979

第四军医大学西京医院

13

Wharton's jelly间充质干细胞修复受损子宫内膜时,环状RNA大量表达和上调

Circular RNAs are abundantly expressed and upregulated during repair of the damaged endometrium by Wharton's jelly-derived mesenchymal stem cells

Stem Cell Res Ther.

4.963

南通大学附属医院

14

表达谱分析和原位筛选人体组织中的环状RNA

Expression profiling and in situ screening of circular RNAs in human tissues

Sci Rep.

4.122

乌普萨拉大学

15

CircRNA ZNF609作为竞争性内源性RNA吸附miR-138-5p在肾癌中调节FOXP4表达起作用

CircRNA ZNF609 functions as a competitive endogenous RNA to regulate FOXP4 expression by sponging miR-138-5p in renal carcinoma

J Cell Physiol.

3.923

武汉大学人民医院泌尿外科

16

综合分析circRNAs和lncRNAs的微阵列表达谱及其在人结直肠癌中的相关共表达网络

Comprehensive analysis of microarray expression profiles of circRNAs and lncRNAs with associated co-expression networks in human colorectal cancer

Funct Integr Genomics.

3.889

昆明医科大学附属第一医院

17

CDR1as/miR-7信号促进骨肉瘤的肿瘤生长,具有潜在的治疗和诊断价值

CircRNA CDR1as/miR-7 signals promote tumor growth of osteosarcoma with a potential therapeutic and diagnostic value

Cancer Manag Res.

3.702

上海浦东新区人民医院

18

circRNAs(hsa_circ_00156,hsa_circ _000224和hsa_circ _000520)是肝细胞癌的新型潜在生物标志物

circRNAs (hsa_circ_00156, hsa_circ _000224, and hsa_circ _000520) are novel potential biomarkers in hepatocellular carcinoma

J Cell Biochem.

2.959

埃及开罗武装部队医学院

19

干扰circRNA_100876对食管鳞状细胞癌增殖和转移的影响

Contribution of dysregulated circRNA_100876 to proliferation and metastasis of esophageal squamous cell carcinoma

Onco Targets Ther.

2.656

南方医科大学南方医院

20

CircRNA has_circ_0006427通过调节miR-6783-3p / DKK1轴和灭活Wnt /β-catenin信号通路抑制肺腺癌的进展

CircRNA has_circ_0006427 suppresses the progression of lung adenocarcinoma by regulating miR-6783-3p/DKK1 axis and inactivating Wnt/β-catenin signaling pathway

Biochem Biophys Res Commun.

2.559

宁波市第二医院

21

唾液腺粘液表皮样癌中mRNA,lncRNA和circRNA表达谱的筛选和生物信息学分析

Screening and bioinformatics analysis of mRNA, long non-coding RNA and circular RNA expression profiles in mucoepidermoid carcinoma of salivary gland

Biochem Biophys Res Commun.

2.559

上海第九人民医院

22

先兆子痫人胎盘环状RNA的特征分析

The profile analysis of circular RNAs in human placenta of preeclampsia

Exp Biol Med (Maywood).

2.413

NA

23

CircRNA在哺乳动物眼睛和大脑中固有的基因调节轴

CircRNAs constitute an inherent gene-regulatory axis in the mammalian eye and brain

Can J Physiol Pharmacol.

2.21

路易斯维尔大学医学院

24

食管鳞状细胞癌中的circRNA和ceRNA网络失调

Dysregulated circRNAs and ceRNA network in esophageal squamous cell carcinoma

Front Biosci (Landmark Ed).

NA

淮安第一人民医院