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3月上旬circRNA研究报道汇总
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-03-15 | 49 次浏览 | 分享到:


欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献18篇,下面我们一起来看看circRNA研究有哪些新进展。

 

 

1CircHMGCS1通过调节IGF信号通路和谷氨酰胺酶促进肝母细胞瘤细胞增殖

论文标题:CircHMGCS1 Promotes Hepatoblastoma Cell Proliferation by Regulating the IGF Signaling Pathway and Glutaminolysis

杂志:Theranostics 影响因子:8.537

通讯作者单位:上海同济大学第十人民医院

肝母细胞瘤(HB)是一种源自异常干细胞和肝上皮祖细胞的癌症,是一种常见于婴儿和幼儿的恶性胚胎肝肿瘤,约占小儿肝癌的80%。这种儿童期肝癌由于其初期发展的非特异性症容易忽视,导致许多HB患者的预后不良。该研究分析了人肝母细胞瘤HB组织中circRNA的表达模式,并鉴定出circHMGCS1(3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶1; hsa_circ_0072391)显著上调。具有circHMGCS1高表达的HB患者的总生存期缩短。敲低circHMGCS1抑制HB细胞增殖并诱导细胞凋亡。CircHMGCS1通过海绵样吸附miR-503-5p调节IGF2和IGF1R的表达,并影响下游PI3K-Akt信号通路以调节HB细胞增殖和谷氨酸分解。。该研究共收集了64HB患者样本进行验证,circHMGCS1/miR-503-5p/IGF-PI3K-Akt轴调节HB细胞的增殖,凋亡和谷氨酸分解,意味着circHMGCS1是HB患者有希望的治疗靶点和预后标志物

 

图注:circHMGCS1在HB细胞和组织中显著上调

AcircHMGCS1来源于HMGCS1基因的5,6号外显子;B:qPCR核质分离实验发现circHMGCS1主要在细胞质中高表达;C: qPCR检测circHMGCS1在人正常肝细胞系(L-O2 and HL-7702), 和人 HB (HepG2 and HUH6) and 人肝癌细胞系 (Bel-7404 and SMMC-7721)的表达水平比较;D:37HB组织标本中circHMGCS1HB中高表达;E:ISH检测circHMGCS1HB组织切片中的表达水平;F: Pearson相关性分析表;G:三个放大倍数组织切片中circHMGCS1染色图

 

 

图注:circHMGCS1ROC曲线图AUC面积0.8283,高表达circHMGCS1总生存时间短,说明circHMGCS1HB的潜在诊断和治疗靶标

 

 

2CircSplice新工具全面挖掘癌症特异性circRNA选择性剪切事件

论文标题:Genome-wide identification of cancer-specific alternative splicing in circRNA

杂志:Mol Cancer 影响因子:7.776

通讯作者单位:武汉大学

环状RNA(circRNA)是由RNA环化产生的一组RNA家族,其在不同的癌症中普遍存在。然而,由于在其外显子和内含子中发生的可变剪接,circRNA的内部结构难以确定,尤其,癌症特异性的circRNA可变剪接更难以确定。近日,武汉大学何春江教授团队,开发了一种全新的从头算法工具CircSplice,它可以识别circRNA中的内部选择性剪接,并比较不同条件之间的差异circRNA剪接事件。通过CircSplice对透明细胞肾细胞癌和膀胱癌数据挖掘后,分别在两个数据集中检测到4498和2977个circRNA可变剪接(circ-AS)事件,并通过RT-PCR证实了circ-AS事件的表达。研究者进一步检查了癌症和邻近正常组织中circ-AS的分布和模式,为了进一步了解癌症特异性circ-AS的潜在功能,将这些剪切事件分类为肿瘤抑制因子和癌基因,进行了信号通路富集分析。该研究开发的工具可首次全面了解癌症特异性circRNA选择性剪接,对癌症中circRNA的调控和功能研究有重要贡献。该工具网址链接http://gb.whu.edu.cn/CircSplice或https://github.com/ GeneFeng / CircSplice

 

图注:CircSplice支持鉴定四种circRNA可变剪切事件类型:

SE: skipping exons ,外显子跳跃

RIIntron Retention,内含子保留

A5SS: Alternative 5' splice Site5'端可变剪接

A3SSAlternative 3' splice Site, 3'端可变剪接

3、乳腺癌脑转移的环状RNA谱:潜在生物标志物和治疗靶标的鉴定

论文标题:Circular RNA profile of breast cancer brain metastasis: identification of potential biomarkers and therapeutic targets

杂志:Epigenomics. 影响因子:4.979

通讯作者单位:东南大学医学院中大医院

 

乳腺癌脑转移(BCBM)在晚期乳腺癌患者中是常见现象。中枢神经系统(CNS)复发的诊断在乳腺癌患者并不少见;估计约10%30%的乳腺癌患者将最终会进展为脑转移。乳腺癌脑转移(BCBM)研究除了对乳腺癌组织研究,其中还需包含对大脑进行治疗的研究。BCBM通常通过影响认知和感觉功能来诱导神经损伤预后不良,诊断后1年内死亡率约为80%。 初期脑转移的进展包括肿瘤细胞的迁移,内渗,循环,停滞,外渗和入侵。 然而,BCBM发生发展的分子机制仍然还不清楚。 鉴定调节BCBM关键步骤的关键分子和机制,是预测和诊断BCBM生物标志物开发的先决条件,为未来针对BCBM的创新治疗提供分子目标。该研究选取231-BRMDA-MB-231细胞模型,MDA-MB-231细胞可转移到多个组织器官没有特异性, 231-BR细胞特异性转移到脑部。两组细胞(BC1, BC2, BCBM1 and BCBM2),提取RNA后进行测序鉴定circRNA表达。共鉴定出215个上调的和191个下调的circRNA。随机选择10个差异表达的circRNA进行qPCR鉴定,hsa_circ_0001944,hsa_circ_0001481,hsa_circ_0000646,hsa_circ_0001006和hsa_circ_0000732上调, hsa_circ_0001910,hsa_circ_0008285和hsa_circ_0000002下调。生物信息学分析显示,hsa_circ_0001944可能通过扩散miR-509并干扰其与下游靶标的结合而参与BCBM。

 

 

表注:测序得到的前20个差异最大的circRNA列表(231-BRMDA-MB-231细胞

 

参考文献列表

 

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

CircHMGCS1通过调节IGF信号通路和谷氨酰胺酶促进肝母细胞瘤细胞增殖

CircHMGCS1 Promotes Hepatoblastoma Cell Proliferation by Regulating the IGF Signaling Pathway and Glutaminolysis

Theranostics

8.537

上海同济大学第十人民医院

2

全基因组鉴定circRNA中特异性癌症的选择性剪接

Genome-wide identification of cancer-specific alternative splicing in circRNA

Mol Cancer.

7.776

武汉大学

3

乳腺癌脑转移的环状RNA谱:潜在生物标志物和治疗靶标的鉴定

Circular RNA profile of breast cancer brain metastasis: identification of potential biomarkers and therapeutic targets

Epigenomics.

4.979

东南大学医学院中大医院

4

miRNA,piRNA,circRNA,lncRNA和mRNAs之间的转录组学调控网络调节微囊藻毒素 - 亮氨酸精氨酸(MC-LR)诱导的雄性生殖毒性

A transcriptomic regulatory network among miRNAs, piRNAs, circRNAs, lncRNAs and mRNAs regulates microcystin-leucine arginine (MC-LR)-induced male reproductive toxicity

Sci Total Environ.

4.9

南京大学医学院

5

在毛竹(Phyllostachys edulis)快速生长的枝条中对环形RNA全基因组表达谱分析

Genome-wide profiling of circular RNAs in the rapidly growing shoots of moso bamboo (Phyllostachys edulis)

Plant Cell Physiol.

4.76

福建农林大学生命科学学院

6

环状RNA hsa_circ_0055538通过p53 / Bcl-2 / caspase信号通路调节口腔鳞状细胞癌的恶性生物学行为

Circular RNA hsa_circ_0055538 regulates the malignant biological behavior of oral squamous cell carcinoma through the p53/Bcl-2/caspase signaling pathway

J Transl Med.

4.197

北京大学深圳医院

7

MLL急性白血病中环状RNA研究进展

CircRNAs Are Here to Stay: A Perspective on the MLL Recombinome

Front Genet.

4.145

意大利帕多瓦大学

8

两种不同猪种背最长肌中差异表达mRNA,lncRNA和circRNA及其ceRNA网络的综合分析

Comprehensive Analysis of Differentially Expressed mRNA, lncRNA and circRNA and Their ceRNA Networks in the Longissimus Dorsi Muscle of Two Different Pig Breeds

Int J Mol Sci.

3.687

河南省农业科学院

9

宫颈癌病理中circRNA-miRNA-mRNA网络的重建与分析

Reconstruction and analysis of circRNAmiRNAmRNA network in the pathology of cervical cancer.

Oncol Rep.

2.976

武汉大学中南医院

10

新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后环状RNA表达谱研究

Circular RNA expression profiles in neonatal rats following hypoxic-ischemic brain damage.

Int J Mol Med.

2.784

南京大学附属金陵医院

11

CircRNA has_circ_0001946通过调节miR-135a-5p / SIRT1轴和激活Wnt /β-catenin信号通路促进肺腺癌细胞生长

CircRNA has_circ_0001946 promotes cell growth in lung adenocarcinoma by regulating miR-135a-5p/SIRT1 axis and activating Wnt/β-catenin signaling pathway.

Biomed Pharmacother.

2.759

宁波市第二医院

12

通过模板依赖性多位移扩增的Illumina测序进行环状RNA分析

Circular RNA Profiling by Illumina Sequencing via Template-Dependent Multiple Displacement Amplification

Biomed Res Int.

2.583

印度马杜赖卡玛拉大学

13

circ_0003645高表达与不良预后相关并通过miR-1179 / TMEM14A途径促进非小细胞肺癌的细胞进展

Elevation of circular RNA circ_0003645 forecasts unfavorable prognosis and facilitates cell progression via miR-1179/TMEM14A pathway in non-small cell lung cancer

Biochem Biophys Res Commun.

2.559

齐齐哈尔医科大学附属第三医院

14

肾上腺皮质细胞中NR5A1基因形成的环状RNA研究

Circular IRE-type RNAs of the NR5A1 gene are formed in adrenocortical cells

Biochem Biophys Res Commun.

2.559

福冈大学医学部

15

环状RNA hsa_circ_0001368通过调节miR-6506-5p / FOXO3轴抑制胃癌的进展

Circular RNA hsa_circ_0001368 suppresses the progression of gastric cancer by regulating miR-6506-5p/FOXO3 axis.

Biochem Biophys Res Commun.

2.559

福建医科大学附属医院

16

银屑病皮损中间充质干细胞中环状RNA表达谱的表征

Characterisation of the circular RNA landscape in mesenchymal stem cells from psoriatic skin lesions

Eur J Dermatol.

2.243

太原市中心医院

17

丹酚酸B通过调节mRNA,circRNA和lncRNA的表达在高脂饮食诱导的肥胖小鼠中起抗肥胖作用

Salvianolic acid B plays an anti-obesity role in high fat diet-induced obese mice by regulating the expression of mRNA, circRNA, and lncRNA

PeerJ.

NA

北京中医药大学

18

癌症中circRNA研究进展综述

Circular RNAs in Cancer.

Mol Ther Nucleic Acids.

NA

MD安德森癌症中心