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Frontiers in Genetics | 肝细胞癌中RNA 表达网络分析
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-06-06 | 384 次浏览 | 分享到:

近日,Frontiers in GeneticsIF=4.151)发表了中国科学技术大学生命科学学院单革教授,陈亮博士和中国科学技术大学附属第一医院(原安徽省立医院)许戈良主任为共同通讯作者的文章,报道了肝细胞癌临床标本中各种RNA的共表达网络分析(Sheng, Wang et al. 2019)。单革教授是第五届circRNA研究论坛的特邀嘉宾,欢迎各位届时参加论坛。


本文主要基于高通量测序技术,分析miRNAcircRNAlncRNAmRNA的表达水平,然后进行共表达分析,找出HCC特异性的RNA表达变化状态,基于这些特定RNA分子做通路分析和临床标本验证。



收集新鲜的HCC标本和癌旁组织对照的总RNA,小分子RNA建库测miRNA,去除核糖体RNA后建库做测序分析mRNAlncRNAcircRNA,然后比较四对HCC与癌旁组织中相关分子的变化。

1 HCC标本分析流程 ((Sheng, Wang et al. 2019)

 
Bowtie分析miRNATopHat2Cufflinks分析mRNAlncRNAfind_circ分析circRNA,获得差异表达的各种RNA分子信息。 

2 各种RNA分子的差异表达火山图 ((Sheng, Wang et al. 2019)

 
分别挑选差异最明显的mRNA7种),lncRNA8种),miRNA4种),circRNA4种)设计引物,在21HCC和癌旁组织中做QPCR验证。4circRNA还进行了一代测序的序列验证。

3 差异分子验证 (Sheng, Wang et al. 2019)

 
除了本文研究中分析到的分子,作者还汇总了其他文献中报道的分子,并在本文所用的21HCC与癌旁组织中进行了QPCR验证。在所挑选的8种分子(PLOD3, SF3B4, ADH4, COLEC10, HULC, SNHG7, miR-421, miR-761)中,仅有两种分子有比较一致的变化状态(ADH4 COLEC10)。

4 文献已报道分子验证 (Sheng, Wang et al. 2019)

 
作者基于这些转录组数据进行了lncRNA-mRNA的共表达网络分析。

5 lncRNA-mRNA共表达网络分析 ((Sheng, Wang et al. 2019)

 
circRNA通常通过竞争性结合miRNA发挥作用,作者也进行了ceRNA的网络分析,构建了HCCcircRNAceRNA网络,并针对下游基因做了通路分析。

6 ceRNA网络分析 ((Sheng, Wang et al. 2019)

 
最后,作者通过TCGA数据分析工具UALCAN分析了9mRNAHCC病人中的生存曲线状态,其中7种基因的生存曲线表现出典型的相关性。

7 相关基因生存曲线分析 (Sheng, Wang et al. 2019)

 

 

参考文献

Sheng, Z., X. Wang, G. Xu, G. Shan and L. Chen (2019). "Analyses of a Panel of Transcripts Identified From a Small Sample Size and Construction of RNA Networks in Hepatocellular Carcinoma." Front Genet 10: 431.