标题摘要内容

 技术前沿 

关于我们/About
2019 NAR 生物分子研究在线工具发布了!
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-07-11 | 1268 次浏览 | 分享到:



核酸研究期刊
Nuclear Acid Research 最近发布了
生物信息在线工具分析工具列表,这期主题仍集中以下几个方面:

• DNA & RNA

• 基因组和遗传变异

• 基因集功能富集分析

   上新一款模式生物的软件

• 系统发生的分析与可视化

  今年软件特别丰富

• 蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能

   PSIPERD 二十周年!

• 文本挖掘

   NCBI 二连击!

• 其他领域

   CRISPR/Cas 基因组编辑工具箱上线!

另外,文末附上了任职 13 年的 NAR Web Server Issue 执行主编的退休感言。

下面是 NAR 点名 的一些工具,详细的工具连接请访问原文。另外,对软件描述进行词频统计可以发现,蛋白质的研究仍然一马当先,而结构的研究已经成为目前的主流。



DNA & RNA

1.Web 3DNA 2.0

   能够分析与可视化 DNA 结构 (封面图

2.tRNAviz

    分析 tRNA 序列

3.sRNAbench and sRNAtoolbox 2019

   分析小 RNA

4.RNA workbench 2.0

    RNA 分析工具箱升级版

5.RNAmod

   mRNA 修饰的注释

6.HNADOCK

   RNA/DNA 的 3D 建模


基因组与遗传变异

1.antiSMASH 5.0

   用于检测次级代谢产物的生物合成基因集合

2.CPGAVAS2 与 OGDRAW

   对细胞器(叶绿体与线粒体)基因组的注释与可视化

3.WashU Epigenome Browser

   表观数据的探索


基因集功能富集分析

1.g:Profiler

   使用频率很高的一款软件升级了!

2.WebGestalt 2019

   软件升级

3.modEnrichr

   一款针对模式生物的新软件

4.ChEA3

    针对转录因子的富集分析


系统发生的分析与可视化

1.iTOL v4 / Phylogeny.IO / Evolview v3

   系统发生树的注释与可视化

2.NGPhylogeny.fr

   系统发生分析

3.AutoMLST

   细菌的多位点序列分析


蛋白质&蛋白结构&蛋白互作&蛋白功能

蛋白质工具集合

PSIPRED

结构注释工具集


结构预测

1.IntFOLD

   蛋白结构预测

2.LOMETS2

   基于线程的结构预测

3.DaReUS-Loop

     loop 建模

4.Caver Web

    识别蛋白质结构的沟壑(tunnels & channels)


结构预测模型评估

1.GalaxyRefine2

   蛋白结构精细化

2.VoroMQA

   结构模型质量评估


蛋白互作

1.PIZSA

   基于氨基酸残基表面预测蛋白互作

2.mCSM-PPI2

   预测突变对蛋白互作的影响


其他

1.Yosshi

   利用二硫键对蛋白质的工程化

2.SwissTargetPrediction

   小分子潜在的蛋白质靶

3.PRECOG

   G-蛋白偶联受体的偶联概率预测

4.Aggrescan3D 2.0

   蛋白质溶解度的分析


文本挖掘

1.PubTator Central 与 LitSense

   两个软件都试图对不断扩大的文献迁移任务简化

2.GeneShot

   寻找与研究主题最相关的基因


其他领域

1.NetworkAnalyst 3.0

   基于网络的基因表达分析

2.EpiAlignment

   用序列与表观信息比对基因区域

3.SPADE

   过敏源 IgE 抗原表位的预测

4.Pergola-web

   对时间序列等纵向数据的分析与可视化

5.IEDB-AR

    Immune Epitope Database 提供了新的计算工具

6.CHOPCHOP v3

   CRISPR/Cas 基因组编辑工具集合

7.EMBL-EBI APIs

   生物信息序列分析与文本挖掘网络服务器。