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circRNA研究汇总 | 20200203-0209
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-02-10 | 1484 次浏览 | 分享到:

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计36篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract] 



1circSamd4抑制PUR蛋白的成肌转录活性。

标题:circSamd4 represses myogenic transcriptional activity of PUR proteins.

杂志:Nucleic Acids Res. 

影响因子:11.147

通讯作者:Myriam Gorospe (美国NIH国家衰老研究所)


许多与年龄相关的慢性肌肉骨骼疾病,包括肌少症,骨关节炎,慢性心力衰竭和慢性阻塞性肺疾病,都与异常的肌肉发生有关。该文研究者先前发现随着年龄的增长,猴子骨骼肌中的circRNA表达发生变化,并提出其中一些circRNA可能会影响衰老过程中的肌肉功能。在这篇论文中,作者采用RNA测序分析鉴定了在肌肉分化过程中差异表达并在人类肌肉细胞中保守的circRNA--circSamd4,小鼠C2C12细胞在分化为肌管过程中,circSamd4表达水平显著增加,此外,沉默circSamd4后可延缓成肌过程并降低成肌标记物的表达。对circSamd4的Pulldown产物质谱分析发现,circSamd4与PURA和PURB相关,这两个肌发生抑制因子可抑制肌球蛋白重链(MHC)蛋白家族的转录。沉默circSamd4可以增强PUR蛋白与Mhc启动子的结合,而过表达circSamd4则会干扰PUR蛋白与Mhc启动子的结合。当使用缺少PUR结合位点的circSamd4突变体时,这些作用将被消除。该结果表明,PUR蛋白与circSamd4的缔合通过促成MHC的转录抑制而增强肌肉发生过程。


图注:circSamd4与PUR蛋白相互作用


2、lncRNA和circRNA编码多肽的肿瘤相关新功能。

标题:Emerging role of tumor-related functional peptides encoded by lncRNA and circRNA.

杂志:Molecular Cancer

影响因子:10.679

通讯作者:熊炜教授(中南大学肿瘤研究所)


通常认为非编码RNA不编码蛋白质,在肿瘤发展过程中主要起基因调控功能,它们也是重要的癌症诊断和预后生物标志物。但随着研究的推进,生物信息学和翻译组学已经开始阐明ncRNA编码的功能肽的作用和作用方式。这篇综述汇总了长非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)编码的小肽的最新进展。作者介绍了预测ncRNA编码肿瘤功能多肽的计算和分析方法,还介绍了许多特定的lncRNA和circRNA编码的蛋白,以及它们促进癌症或抑制癌症的分子机制。这些非编码RNA翻译功能多肽的研究信息和思路可能加快发现、开发和优化基于癌症的新型诊断,治疗和预后蛋白质有效的工具。ncRNA编码功能肽的作用在癌症研究中具有广阔的应用前景。这篇综述的目的是促进发现由ncRNA编码的更多功能性肽提供理论基础和相关参考,并进一步开发新的抗癌治疗靶标以及诊断和预后标志物。


图注:一些特定circRNA和lncRNA编码多肽的肿瘤功能


3、circRIP2通过miR-1305 /Tgf-β2/ smad3途径加速膀胱癌的进展。

标题circRIP2 accelerates bladder cancer progression via miR-1305/Tgf-β2/smad3 pathway.

杂志:Molecular Cancer

影响因子:10.679

通讯作者:林天歆和黄健教授(中山大学孙逸仙纪念医院)


环状RNA在癌症中的研究主要分为两个部分,一个是确定其是否有致癌作用,另一个是证明其作为生物标志物的应用。在膀胱癌中,ciRS-7可通过升高p21来抑制膀胱癌的生长。缺氧诱导circELP3的升高可促进膀胱癌的进展和耐药性;环状RNA CEP128通过调节MAPK信号传导促进膀胱癌细胞的增殖和迁移;circHIPK3通过抑制乙酰肝素酶的表达减少肺转移。此外,作为生物标志物,血清和尿液中外泌体中的circPRMT5上调与膀胱癌患者的转移呈正相关。circ-ITCH 和circHIPK3 在膀胱癌组织中表达较低,并且与膀胱癌患者的分级,分期以及淋巴结转移呈负相关。综上所述,这些结果暗示了环状RNA在调节膀胱癌行为中的重要作用,并可作为膀胱癌的新型生物标志物。为了鉴定膀胱癌中更多的环状RNA,该研究重新分析了先前在2对成对的膀胱癌组织中的RNA-seq测序数据,发现circRIP2在膀胱癌组织中显著下调,并且与膀胱癌的分级,分期,转移以及患者预后更好相关。体外和体内研究表明,circRIP2通过Tgf-β2/ smad3刺激的EMT途径促进膀胱癌的增殖,侵袭和迁移。简而言之,该研究提供了第一个证据,证明circRIP2在膀胱癌中差异表达,并可预测癌症进展。有效的circRIP2活性通过激活miR-1305 /Tgf-β2/ smad3途径诱导EMT来加速膀胱癌的发展。该研究表明,circRIP2可能是膀胱癌患者的潜在生物标志物和治疗靶标。



图注:circRIP2在膀胱癌中表达及预后情况




参考文献列表

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

UPF1和G3BP1通过结构介导的RNA衰减。

Structure-Mediated RNA Decay by UPF1 and G3BP1.

Mol Cell

14.548

约翰斯·霍普金斯大学

2

circSamd4抑制PUR蛋白的成肌转录活性。

circSamd4 represses myogenic transcriptional activity of PUR proteins.

Nucleic Acids Res.

11.147

美国国立卫生研究院

3

lncRNA和circRNA编码多肽的肿瘤相关新功能。

Emerging role of tumor-related functional peptides encoded by lncRNA and circRNA.

Mol Cancer

10.679

中南大学肿瘤研究所等

4

circRIP2通过miR-1305 /Tgf-β2/ smad3途径加速膀胱癌的进展。

circRIP2 accelerates bladder cancer progression via miR-1305/Tgf-β2/smad3 pathway.

Mol Cancer

10.679

中山大学孙逸仙纪念医院

5

环状非编码RNA NR3C1充当miR-382-5p海绵,通过调节PTEN/AKT/mTOR信号通路来保护RPE功能。

Circular Noncoding RNA NR3C1 Acts as a miR-382-5p Sponge to Protect RPE Functions via Regulating PTEN/AKT/mTOR Signaling Pathway.

Mol Ther

8.402

南京医科大学附属第一医院

6

Circ-calm4可作为miR-337-3p海绵来调节Myo10(肌球蛋白10)并促进肺动脉平滑肌增殖。

Circ-calm4 Serves as an miR-337-3p Sponge to Regulate Myo10 (Myosin 10) and Promote Pulmonary Artery Smooth Muscle Proliferation.

Hypertension

7.017

哈尔滨医科大学等

7

CircAST:环状RNA中全长剪接异构体的全长组装和定量。

CircAST: Full-length Assembly and Quantification of Alternatively Spliced Isoforms in Circular RNAs.

Genomics Proteomics Bioinformatics

6.597

南京航空航天大学

8

外泌体传递的环状RNA hsa_circ_0051443抑制肝细胞癌的进展。

Exosome-transmitted circular RNA hsa_circ_0051443 suppresses hepatocellular carcinoma progression.

Cancer Lett

6.508

中山大学孙逸仙纪念医院等

9

circATRNL1的上调导致口腔鳞状细胞癌对辐射敏感。

Upregulation of Circular RNA circATRNL1 to Sensitize Oral Squamous Cell Carcinoma to Irradiation.

Mol Ther Nucleic Acids

5.919

中山大学附属口腔医院

10

睾丸活组织检查中微阵列分析显示circRNA参与了非阻塞性无精子症的发病机制。

Testicular biopsies microarray analysis reveals circRNAs are involved in the pathogenesis of non-obstructive azoospermia.

Aging (Albany NY)

5.515

中南大学基础医学院

11

盐酸异丙肾上腺素诱导的心肌肥大中的环状RNA表达。

Circular RNA expression in isoproterenol hydrochloride-induced cardiac hypertrophya.

Aging (Albany NY)

5.515

北京大学第三医院等

12

秀丽隐杆线虫的全转录组调控与线粒体多态性和衰老有关。

The whole transcriptome regulation as a function of mitochondrial polymorphisms and aging in Caenorhabditis elegans.

Aging (Albany NY)

5.515

徐州医科大学

13

使用逆转录-滚环扩增法直接检测现实样品中的circRNA。

Direct detection of circRNA in real samples using reverse transcription-rolling circle amplification.

Anal Chim Acta

5.256

武汉大学生物医用高分子材料教育部重点实验室

14

基于环状RNA circPDK1的肺鳞癌切除预后模型。

Prognostic model based on circular RNA circPDK1 for resected lung squamous cell carcinoma.

Transl Lung Cancer Res

4.806

青岛大学附属医院

15

Circ-ZKSCAN1通过靶向miR-330-5p调节FAM83A表达并失活MAPK信号传导来促进非小细胞肺癌的发展。

Circ-ZKSCAN1 regulates FAM83A expression and inactivates MAPK signaling by targeting miR-330-5p to promote non-small cell lung cancer progression.

Transl Lung Cancer Res

4.806

青岛大学附属医院

16

CircPRMT5通过海绵化miR-377诱导E2F3表达来促进结直肠癌的增殖。

CircPRMT5 circular RNA promotes proliferation of colorectal cancer through sponging miR-377 to induce E2F3 expression.

J Cell Mol Med

4.658

四川大学华西公共卫生学院

17

在自闭症谱系障碍的BTBR小鼠模型海马组织中环状RNA的差异表达。

Differential Expression of Hippocampal Circular RNAs in the BTBR Mouse Model for Autism Spectrum Disorder.

Mol Neurobiol

4.586

罗马萨皮恩扎大学

18

circ-CEP85L通过miR-942-5p调节NFKBIA表达,从而抑制胃癌的增殖和侵袭。

circ-CEP85L suppresses the proliferation and invasion of gastric cancer by regulating NFKBIA expression via miR-942-5p.

J Cell Physiol

4.522

福建医科大学附属协和医院

19

环状RNA CDR1as在类固醇诱导的股骨头坏死中促进脂肪形成并抑制BMSC的成骨分化。

Circular RNA CDR1as promotes adipogenic and suppresses osteogenic differentiation of BMSCs in steroid-induced osteonecrosis of the femoral head.

Bone

4.36

吉林大学第二医院

20

整合重启式随机游走和k最近邻算法识别新型circRNA-疾病关联。

Integrating random walk with restart and k-Nearest Neighbor to identify novel circRNA-disease association.

Sci Rep

4.011

陕西师范大学计算机科学学院

21

circRNA_100290的过表达通过miR-136-5p/RAP2C轴促进喉鳞状细胞癌的进展。

Overexpression of circRNA_100290 promotes the progression of laryngeal squamous cell carcinoma through the miR-136-5p/RAP2C axis.

Biomed Pharmacother

3.743

首都医科大学附属北京友谊医院

22

膀胱癌circRNA-miRNA-mRNA调控网络潜在功能鉴定,助于发病机理和可能生物标记研究。

Identification of a potentially functional circRNA-miRNA-mRNA regulatory network for investigating pathogenesis and providing possible biomarkers of bladder cancer.

Cancer Cell Int

3.439

南京医科大学附属第一医院

23

circGFRA1通过海绵化miR-188-3p增强NSCLC进程。

circGFRA1 Enhances NSCLC Progression by Sponging miR-188-3p.

Onco Targets Ther

3.046

浙江乐清市人民医院

24

circHUWE1被上调并通过miR-486促进结直肠癌中的细胞增殖,迁移和侵袭。

Circular RNA circHUWE1 Is Upregulated and Promotes Cell Proliferation, Migration and Invasion in Colorectal Cancer by Sponging miR-486.

Onco Targets Ther

3.046

首都医科大学附属北京朝阳医院

25

血浆circBNC2作为上皮性卵巢癌诊断生物标志物的实用性。

Utility Of Plasma circBNC2 As A Diagnostic Biomarker In Epithelial Ovarian Cancer.

Onco Targets Ther

3.046

北京协和医学院

26

circHIAT1通过下调miR-21抑制胃癌细胞系的增殖和上皮-间质转化。

Circular RNA circHIAT1 inhibits proliferation and epithelial-mesenchymal transition of gastric cancer cell lines through downregulation of miR-21.

J Biochem Mol Toxicol

2.965

解放军海军第971医院

27

miRNA,lncRNA和circRNA可调控小鼠黑素细胞和皮肤发育。

The comprehensive detection of miRNA, lncRNA, and circRNA in regulation of mouse melanocyte and skin development.

Biol Res

2.482

山西农业大学

28

低表达的circPVT1通过microRNA-3666下调SIRT7来限制肝细胞癌的细胞生长。

Downregulation of circular RNA circPVT1 restricts cell growth of hepatocellular carcinoma through downregulation of SIRT7 via microRNA-3666.

Clin Exp Pharmacol Physiol

2.336

西安交通大学附属第二医院

29

UBAP2的抑制通过microRNA-422a/Rab10轴抑制食管鳞状细胞癌的恶性行为。

Knockdown of circular RNA UBAP2 inhibits the malignant behaviors of esophageal squamous cell carcinoma by microRNA-422a/Rab10 axis.

Clin Exp Pharmacol Physiol

2.336

陕西省人民医院

30

环状RNA HIPK3通过使miR-338-3p海绵化以上调HIF-1α来促进宫颈癌的EMT。

Circular RNA HIPK3 Promotes EMT of Cervical Cancer Through Sponging miR-338-3p to Up-Regulate HIF-1α.

Cancer Manag Res

2.243

连云港市第一人民医院

31

circRNA_104433通过靶向miR-497-5p调控胃癌中的细胞生长。

Circular RNA Profiling Reveals That circRNA_104433 Regulates Cell Growth by Targeting miR-497-5p in Gastric Cancer.

Cancer Manag Res

2.243

广西医科大学附属肿瘤医院

32

circMAN2B2通过下调miR-145促进胃癌细胞的生长和迁移。

Circular RNA circMAN2B2 promotes growth and migration of gastric cancer cells by down-regulation of miR-145.

J Clin Lab Anal

1.728

解放军海军第971医院

33

cirRNA在生殖细胞发育中的作用。

The roles of cirRNA in the development of germ cells.

Acta Histochem

1.719

桂林医科大学

34

母体胎儿来源的circRNA的差异表达谱研究和基因功能分析用于筛查唐氏综合症。

Differential expression profile study and gene function analysis of maternal foetal-derived circRNA for screening for Down's syndrome.

Exp Ther Med

1.448

解放军联勤保障部队第924医院

35

通过测序分析鉴定潜在的与脊髓损伤相关的环状RNA-microRNA网络。

[Identification of potential traumatic spinal cord injury related circular RNA-microRNA networks by sequence analysis].

Zhongguo Xiu Fu Chong Jian Wai Ke Za Zhi

Not Found

四川大学华西医院

36

环状RNA与心血管疾病关系的研究进展

[Research progress on the relationship between circular RNA and cardiovascular diseases].

Zhonghua Xin Xue Guan Bing Za Zhi

Not Found

中山大学附属第八医院