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 技术前沿 
技术前沿
circRNA课题技术服务八大模块
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-08-14 | 911 次浏览 | 分享到:

吉赛生物拥有高通量测序、生物信息学、分子生物学、细胞生物学等技术平台,专注于circRNA相关技术与产品的研发。随着circRNA研究越来越系统全面,吉赛生物根据不同的需求与角度,将circRNA研究分为八大模块。

 

1. circRNA表达分析板块

1.1  全转录组测序

组织或细胞中总RNA去除rRNA后进行高通量测序分析

1.2  circRNA测序

样品经过RNase R消化去除线性RNA后,进行高通量测序分析

1.3外泌体测序

外泌体样品全转录组测序服务

1.4  高通量数据分析

已完成的高通量测序或芯片数据,或在线高通量测序或芯片数据的表达分析,组织/疾病特异性表达信息挖掘。

1.5  circRNA的QPCR检测

特定circRNA分子的QPCR检测服务,包括QPCR引物设计,QPCR检测。

1.6  circRNA的鉴定

特定circRNA分子的全长鉴定,RNase R耐受性测试等。

2.  circRNA功能分析板块

2.1  circRNA过表达

特定circRNA分子的过表达载体构建,可进行序列插入、缺失、点突变等。包含表达载体、慢病毒等。

2.2  circRNA干扰

设计与验证circRNA的siRNA,shRNA载体。

2.3  细胞功能研究

细胞增殖实验(CCK-8、MTT生长曲线分析、克隆形成);迁移侵袭能力测试(划痕实验、Transwell实验);细胞周期检测;细胞凋亡检测。

2.4  常规动物实验

过表达或干扰特定circRNA的肿瘤细胞系,裸鼠成瘤能力测试、瘤转移能力测试、耐药动物实验等。

2.5  定制型circRNA功能研究内容

细胞自噬功能模型、铁死亡检测、细胞焦亡检测等。

 

3.  circRNA表观转录组板块

3.1  circRNA m6A修饰分析技术

meRIP-seq测序与分析

 

4.  circRNA翻译-验证研究板块

4.1  circRNA中ORF预测分析与验证

circRNA中潜在的ORF、IRES元件序列分析;构建载体验证ORF的翻译情况。

4.2  翻译组学测序与分析

Ribosome Profiling分析(Ribo-seq),RNC-seq测。 

 

5.  circRNA相互作用组学研究板块

5.1  circRNA-miRNA互作体系

miRNA 结合预测分析:从circRNA预测miRNA,从miRNA预测circRNA,circRNA-miRNA互作网络分析。

circRNA-miRNA相互作用的验证:anti-AGO2 RIP检测,标签法circRNA pull-down检测,FISH共定位分析。

5.2  circRNA-蛋白互作体系

RBP结合预测分析,标签法 circRNA pull-down蛋白质谱检测或westernblot检测,PPI互作网络分析。

5.3  circRNA-lncRNA互作体系

标签法 circRNA pull-down测序分析或QPCR分析,FISH共定位分析。

 

6.  功能circRNA筛选验证板块

6.1  高通量circRNA shRNA文库

SCL-1文库,筛选模型设计验证;高通量文库筛选功能分子;

其他通用型shRNA文库。

6.2  定制化高通量circRNA shRNA文库

文库分子确认,定制shRNA文库,筛选模型设计验证,高通量文库筛选功能分子。

 

7.  circRNA定位分析板块

FISH定位分析,细胞组分分离后QPCR检测。

8.  circRNA高级结构分析板块

在线工具预测circRNA的二级结构