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技术前沿
circRNA研究汇总 | 20210207-0221
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2021-02-22 | 247 次浏览 | 分享到:

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计63篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract]

 

1、RNA出核因子Nxt1在确保果蝇肌肉完整性和正常RNA表达中的作用

标题:Roles for RNA export factor, Nxt1, in ensuring muscle integrity and normal RNA expression in Drosophila

杂志:G (Bethesda). 影响因子:2.781

通讯作者:Helen White-Cooper英国卡迪夫大学

mRNA输出途径负责将mRNA从细胞核转运到细胞质,因此对于蛋白质生产和正常的细胞功能至关重要。果蝇mRNA出因子Nxt1的等位基因部分功能丧失,则表现为个体活力降低和不育性。先前的研究表明,雄性育性缺陷是由于转录和RNA稳定性缺陷所致,表明mRNA输出途径可能与已知的mRNA转运功能有关。在这里,研究者研究了Nxt1功能突变体,果蝇个体活力降低,并描述了幼虫肌肉生长和维持中的缺陷,导致肌肉变性。 RNA-seq测序结果揭示了一组mRNA的表达减少,尤其是来自Nxt1突变体尸体中具有长内含子的基因的表达。研究者还检测到circRNA的差异表达,并且突变体中表达的不同circRNA明显更少。尽管基因表达存在广泛的缺陷,但肌肉中的costamere component tn (abba)的表达增加可以挽救肌肉变性。这是mRNA出途径基因Nxt1在维持肌肉完整性中的作用的首次报道。该研究数据还将mRNA输出途径与体内常见前体基因的mRNA和circRNA表达中的特定作用联系起来。

 

 图注:Nxt1反式杂合子的形态缺陷和3龄幼虫的活动性降低


 

2、TTN环状RNA创建了SRSF10剪接必不可少的反向剪接基序。

标题:TTN Circular RNAs Create A Backsplice Motif Essential for SRSF10 Splicing

杂志:Circulation. 影响因子:23.603

通讯作者:Anke J. Tijsen阿姆斯特丹大学医学院

 

研究背景:人类中最大的蛋白质Titin(TTN)形成分子弹簧,该分子弹簧跨越了整个肌小节的一半,为心肌细胞提供了被动的弹性。中断TTN转录的突变是遗传性心力衰竭的最常见原因。我们之前证明了TTN产生一类依赖于RBM20形成的环状RNA(circRNA)。在这项研究中,我们表明由此类circRNA形成的反向剪接连接产生了独特的基序,该基序与SRSF10结合以使其能够调节剪接。此外,我们显示这些circRNA(cTTN1)之一扭曲了RBM20的定位和剪接。研究方法:我们计算了从gnomAD数据库收集的125.748个外显子组中识别出的基序的遗传限制。此外,我们专注于人类心脏中表达最高的RBM20依赖性circRNA,我们将其命名为cTTN1。我们使用针对后剪接点的shRNA,在人诱导的多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CM)中诱导cTTN1的选择性丢失。研究结果:人类遗传学提示所生成基序的遗传耐受性降低,表明该基序中的突变可能导致疾病。RNA免疫沉淀证实具有此基序的circRNA与SRSF10结合。hiPSC-CM中cTTN1的选择性缺失导致工程心脏组织中的结构异常,凋亡和收缩力降低。与其SRSF10结合相符,cTTN1的缺失导致重要的心肌细胞SRSF10标(如MEF2A和CASQ2)的异常剪接。令人惊讶的是,cTTN1的丢失也引起TTN本身的异常剪接。从机制上讲,我们表明cTTN1的丢失会扭曲RBM20的定位和剪接。结论:我们证明了由TTN形成的circRNA通过启用剪接调节子RBM20和SRSF10,转录本对于关键肌肉基因的正常剪接至关重要。这表明,TTN转录本除了其众所周知的信号传导和结构功能外,还具有调节作用。此外,我们证明了由这些circRNA的反向剪接连接产生的特定序列具有重要功能。这突出了功能上重要的序列的存在,这些序列在人类基因组中无法被识别,但为功能序列变异提供了一个尚未被认识的来源。

 

 

3、CircTulp4通过调节其亲本基因Tulp4在阿尔茨海默氏病发病机理中发挥作用

标题:CircTulp4 functions in Alzheimer's disease pathogenesis by regulating its parental gene, Tulp4

杂志:Mol Ther. 影响因子:8.986

通讯作者:Jun WanWei Zhang深圳湾实验室

阿尔茨海默氏病(AD)是全球最常见的神经退行性疾病之一,会损害人类认知,记忆和语言能力,并导致痴呆。但是,AD的发病机理仍然不清楚。最近,人们发现了AD与环状RNA(circRNA)之间的潜在联系,但仅发现了可能与AD相关的少数circRNA。在这里,我们通过高通量RNA测序系统研究APP/PS1模型小鼠大脑中的circRNA。我们报告说,circRNAs在大脑中明显富集,并且几种circRNAs在野生型和APP/PS1小鼠之间表现出差异表达。我们表征了一种丰富的circRNA,circTulp4,其衍生自基因Tulp4的Intron1。我们的结果表明,circTulp4主要位于细胞核中,并与U1 snRNP和RNA聚合酶II相互作用,以调节其亲本基因Tulp4的转录,从而调节神经系统的功能,并可能参与AD的发展。


 

图注:CircTulp4通过调节其亲本基因Tulp4在阿尔茨海默氏病作用机理示意图

 

 

文献列表:

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

RNA出核因子Nxt1在确保果蝇肌肉完整性和正常RNA表达中的作用

Roles for RNA export factor, Nxt1, in ensuring muscle integrity and normal RNA expression in Drosophila

G (Bethesda).

2.781

英国卡迪夫大学等

2

TTN环状RNA创建了SRSF10剪接必不可少的反向剪接基序。

TTN Circular RNAs Create A Backsplice Motif Essential for SRSF10 Splicing

Circulation.

23.603

阿姆斯特丹大学医学院等

3

CircTulp4通过调节其亲本基因Tulp4在阿尔茨海默氏病发病机理中发挥作用

CircTulp4 functions in Alzheimer's disease pathogenesis by regulating its parental gene, Tulp4

Mol Ther.

8.986

深圳湾实验室等

4

骨肉瘤中的非编码RNA:对耐药性的影响

Noncoding RNAs in osteosarcoma: Implications for drug resistance

Cancer Lett.

7.36

中南大学湘雅第二医院等

5

环状RNA在哺乳动物脑中的表达和功能

Expression and function of circular RNAs in the mammalian brain

Cell Mol Life Sci.Review

6.496

中国科学院昆明动物研究所等

6

环状RNA circ_103820通过使miR-200b-3p海绵化释放LATS2和SOCS6抑制肺癌的发生

Circular RNA circ_103820 suppresses lung cancer tumorigenesis by sponging miR-200b-3p to release LATS2 and SOCS6

Cell Death Dis.

6.304

上海市浦东新区公利医院等

7

circST6GALNAC6通过海绵化miR-200a-3p调节STMN1/EMT轴来抑制膀胱癌的转移

circST6GALNAC6 suppresses bladder cancer metastasis by sponging miR-200a-3p to modulate the STMN1/EMT axis

Cell Death Dis.

6.304

中南大学湘雅第二医院等

8

综述:环状RNA及其对癌症作用的新见解

Review on circular RNAs and new insights into their roles in cancer

Comput Struct Biotechnol J.Review

6.018

南京市中医院等

9

环状RNA circHECTD1通过调节miR-296-3p/SLC10A7轴促进神经胶质瘤进展

Circular RNA circHECTD1 facilitates glioma progression by regulating the miR-296-3p/SLC10A7 axis

J Cell Physiol.

5.546

哈尔滨医科大学附属肿瘤医院等

10

长和短的非编码RNA和放射应答:综述

Long and short non-coding RNA and radiation response: a review

Transl Res.Review

5.411

美国国家癌症研究所等

11

表观遗传学调控在骨代谢和骨质疏松中的作用

The Roles of Epigenetics Regulation in Bone Metabolism and Osteoporosis

Front Cell Dev Biol.Review

5.201

上海中医药大学附属曙光医院等

12

环状RNA CircCOL5A1海绵化MiR-7-5p/Epac1轴调节PI3K/Akt信号通路从而促进瘢痕loid的进程

Circular RNA CircCOL5A1 Sponges the MiR-7-5p/Epac1 Axis to Promote the Progression of Keloids Through Regulating PI3K/Akt Signaling Pathway

Front Cell Dev Biol.

5.201

武汉同济医院等

13

基于环状RNA相关竞争内源RNA机制的术后乳头状甲状腺癌进展风险评估

Progression Risk Assessment of Post-surgical Papillary Thyroid Carcinoma Based on Circular RNA-Associated Competing Endogenous RNA Mechanisms

Front Cell Dev Biol.

5.201

北京协和医院等

14

Circ-AASDH通过靶向miR-140-3p激活E2F7表达,可作为早期肺腺癌的进展

Circ-AASDH functions as the progression of early stage lung adenocarcinoma by targeting miR-140-3p to activate E2F7 expression

Transl Lung Cancer Res.

5.132

青岛大学医学院附属医院等

15

环形RNA TTC3通过miR-372-3p/TLR4轴调节脑梗死中的脑缺血-再灌注损伤和神经干细胞

Circular RNA TTC3 regulates cerebral ischemia-reperfusion injury and neural stem cells by miR-372-3p/TLR4 axis in cerebral infarction

Stem Cell Res Ther.

5.116

锦州医科大学附属第一医院等

16

Sebastes schlegelii Following Edwardsiella tarda Challenge肠中的circRNA-miRNA-mRNA调控网络的综合分析。

Integrated Analysis of circRNA-miRNA-mRNA Regulatory Networks in the Intestine of Sebastes schlegelii Following Edwardsiella tarda Challenge

Front Immunol.

5.085

青岛农业大学等

17

CircRNA作为骨髓增生异常综合征患者新型生物标志物和潜在功能性CeRNA网络的鉴定

Identification of CircRNA as Novel Biomarkers and potentially Functional CeRNA Network for Myelodysplastic syndrome patients

Cancer Sci.

4.966

复旦大学附属华山医院等

18

全基因组的环状RNA的分布,剪接和R-环在毛果杨的茎分化木质部中的分布

Genome-wide profiling of circular RNAs, alternative splicing, and R-loops in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa

J Integr Plant Biol.

4.885

福建农林大学等

19

环状RNA circ_0014717通过调节miR-668-3p/BTG2轴抑制肝细胞癌的发生

Circular RNA circ_0014717 Suppresses Hepatocellular Carcinoma Tumorigenesis Through Regulating miR-668-3p/BTG2 Axis

Front Oncol.

4.848

右江民族医学院附属医院等

20

Hsa_circ_0107593通过海绵化hsa-miR-20a-5p/93-5p/106b-5p抑制宫颈癌的进展

Hsa_circ_0107593 Suppresses the Progression of Cervical Cancer via Sponging hsa-miR-20a-5p/93-5p/106b-5p

Front Oncol.

4.848

广西医科大学附属第一医院等

21

Circ_0115744作为miR-144海绵来促进和预测结直肠癌的转移

Circ_ 0115744 acts as miR-144 sponge to promote and predict the metastasis of colorectal cancer

Aging (Albany NY).

4.831

苏州大学第二附属医院等

22

新型鉴定的RCAN2,circ-RCAN2的圆形转录本,在猪再灌注的梗死心肌和缺氧性猪心脏祖细胞中显示出偏离的表达模式

Novel Identified Circular Transcript of RCAN2, circ-RCAN2, Shows Deviated Expression Pattern in Pig Reperfused Infarcted Myocardium and Hypoxic Porcine Cardiac Progenitor Cells In Vitro

Int J Mol Sci.

4.556

维也纳医科大学等

23

环状RNA在结直肠肿瘤微环境中的作用

Role of circular RNAs in colorectal tumor microenvironment

Biomed Pharmacother.Review

4.545

英国索尔福德大学等

24

环状RNA CDR1as通过调节胰腺癌中的miR-432-5p/E2F3轴促进肿瘤进展

Circular RNA CDR1as promotes tumor progression by regulating miR-432-5p/E2F3 axis in pancreatic cancer

Cancer Cell Int.

4.175

武汉大学人民医院等

25

Circ_0004872通过miR-513a-5p/TXNIP轴促进血小板衍生的生长因子-BB诱导的HA-VSMC中的增殖,迁移和去分化

Circ_0004872 promotes platelet-derived growth factor-BB-induced proliferation, migration and dedifferentiation in HA-VSMCs via miR-513a-5p/TXNIP axis

Vascul Pharmacol.

4.152

郑州大学第一附属医院等

26

环状RNA cIARS通过与RNA结合蛋白ALKBH5相互作用调节HCC细胞中的肥大症

Circular RNA cIARS regulates ferroptosis in HCC cells through interacting with RNA binding protein ALKBH5

Cell Death Discov.

4.114

山东省千佛山医院等

27

非编码RNA在上皮癌中的作用

The role of noncoding RNAs in epithelial cancer

Cell Death Discov.Review

4.114

英国剑桥大学等

28

circRNA翻译中的信号和噪声

Signal and noise in circRNA translation

Methods.

3.812

丹麦奥尔胡斯大学等

29

从非聚腺苷酸化RNA-seq数据集进行circRNA注释和定量的CIRCexplorer管道

CIRCexplorer pipelines for circRNA annotation and quantification from non-polyadenylated RNA-seq datasets

Methods.

3.812

中国科学院上海营养与健康研究所等

30

使用无酶数字计数方法分析circRNA

Profiling of circRNAs using an enzyme-free digital counting method

Methods.

3.812

丹麦奥尔胡斯大学等

31

检测纯化的剪接体P复合物中的circRNA

Detecting circRNA in purified spliceosomal P complex

Methods.

3.812

科罗拉多大学安舒茨医学分校等

32

通过SHAPE-MaP绘制活细胞中的环状RNA结构图

Mapping circular RNA structures in living cells by SHAPE-MaP

Methods.

3.812

中国科学院生物化学与细胞生物学研究所等

33

非编码RNA在中枢神经系统轴突再生中的作用。

Roles of Non-coding RNAs in Central Nervous System Axon Regeneration

Front Neurosci.Review

3.707

中国医科大学附属盛京医院等

34

circRNA在乳头状甲状腺癌的发生发展中的作用

Advances on circRNAs Contribute to Carcinogenesis and Progression in Papillary Thyroid Carcinoma

Front Endocrinol (Lausanne).Review

3.644

山西省肿瘤医院等

35

circRNA_000684的抑制通过miR-145介导的KLF5抑制胰腺导管腺癌细胞的恶性表型

Repression of circRNA_000684 inhibits malignant phenotypes of pancreatic ductal adenocarcinoma cells via miR-145-mediated KLF5

Pancreatology.

3.629

吉林大学第二医院等

36

弥漫性大B细胞淋巴瘤中循环RNA生物标志物:系统评价

Circulating RNA biomarkers in diffuse large B-cell lymphoma: a systematic review

Exp Hematol Oncol.Review

3.492

比利时根特大学等

37

新型环状RNA circ-PGAP3通过调节miR-769-5p/p53轴来延迟宫颈癌的生长

The novel circular RNA circ-PGAP3 retards cervical cancer growth by regulating the miR-769-5p/p53 axis

Hum Cell.

3.463

河南大学淮河医院等

38

使用非编码RNA治疗糖尿病性心肌病的现状和潜在的治疗策略

Current Status and Potential Therapeutic Strategies for Using Non-coding RNA to Treat Diabetic Cardiomyopathy

Front Physiol.Review

3.367

美国俄亥俄州立大学等

39

Circ SMARCA5通过与SND1相互作用并下调YWHAB基因在宫颈癌中抑制肿瘤转移

Circ SMARCA5 Inhibited Tumor Metastasis by Interacting with SND1 and Downregulating the YWHAB Gene in Cervical Cancer

Cell Transplant.

3.341

郑州大学第二附属医院等

40

CircRNA Circ-ITCH通过靶向miR-106a-5p/SASH1轴抑制胶质瘤细胞的增殖和侵袭

CircRNA Circ-ITCH Inhibits the Proliferation and Invasion of Glioma Cells Through Targeting the miR-106a-5p/SASH1 Axis

Cell Transplant.

3.341

南京市第一医院等

41

环状RNA circARPP21充当miR-543的海绵,通过调节LIFR抑制肝细胞癌

Circular RNA circARPP21 Acts as a Sponge of miR-543 to Suppress Hepatocellular Carcinoma by Regulating LIFR

Onco Targets Ther.

3.337

江苏省人民医院等

42

槲皮素治疗宫颈癌候选基因的筛选及其调控网络分析

Screening of Therapeutic Candidate Genes of Quercetin for Cervical Cancer and Analysis of Their Regulatory Network

Onco Targets Ther.

3.337

陕西中医药大学第二附属医院等

43

环状RNA circ_104640在早期肺腺癌中的作用和机制:潜在的诊断和治疗靶点

The roles and mechanisms of the circular RNA circ_104640 in early-stage lung adenocarcinoma: a potential diagnostic and therapeutic target

Ann Transl Med.

3.297

苏州大学附属第一医院等

44

环状RNA circANKS1B充当miR-152-3p的海绵,并通过上调TGF-α表达来促进前列腺癌的进展

Circular RNA circANKS1B acts as a sponge for miR-152-3p and promotes prostate cancer progression by upregulating TGF-伪 expression

Prostate.

3.279

安徽医科大学第一附属医院等

45

实验性颞叶癫痫向复发性自发性癫痫的转变中环状RNA表达失调富集

Enrichment of Circular RNA Expression Deregulation at the Transition to Recurrent Spontaneous Seizures in Experimental Temporal Lobe Epilepsy

Front Genet.

3.258

荷兰乌得勒支大学等

46

重度急性胰腺炎小鼠lncRNA,circRNA和mRNA差异表达及其ceRNA网络的综合分析

Comprehensive Analysis of Differentially Expressed lncRNA, circRNA and mRNA and Their ceRNA Networks in Mice With Severe Acute Pancreatitis

Front Genet.

3.258

中国人民解放军西部战区总医院等

47

与前列腺癌相关的代谢途径中的五个环状RNA

Five Circular RNAs in Metabolism Pathways Related to Prostate Cancer

Front Genet.

3.258

北京医院国家老年医学中心等

48

DeCban:使用双嵌入和跨分支网络预测circRNA-RBP相互作用位点

DeCban: Prediction of circRNA-RBP Interaction Sites by Using Double Embeddings and Cross-Branch Attention Networks

Front Genet.

3.258

上海交通大学等

49

环状RNA hsa_circ_0007534的下调通过调节骨肉瘤中的miR-219a-5p/SOX5轴抑制细胞生长

Down-regulation of circular RNA hsa_circ_0007534 suppresses cell growth by regulating miR-219a-5p/SOX5 axis in osteosarcoma

J Bone Oncol.

3.066

襄阳市中心医院等

50

环状RNA circANKIB1通过调节miR-217/PAX3轴促进骨肉瘤的进展

Circular RNA circANKIB1 promotes the progression of osteosarcoma by regulating miR-217/PAX3 axis

J Bone Oncol.

3.066

宁夏医科大学总医院等

51

丙泊酚通过靶向circVPS13C/miR-145轴抑制MEK/ERK信号传导,从而抑制卵巢癌细胞的生存能力,细胞周期进程和运动能力,并诱导卵巢癌细胞凋亡

Propofol suppresses cell viability, cell cycle progression and motility and induces cell apoptosis of ovarian cancer cells through suppressing MEK/ERK signaling via targeting circVPS13C/miR-145 axis

J Ovarian Res.

2.989

福建省妇幼保健院等

52

circ_SLIT3/miR-223-3p/CXCR4轴对Celastrol对肝细胞癌的抗肿瘤作用

Anti-Tumor Effect of Celastrol on Hepatocellular Carcinoma by the circ_SLIT3/miR-223-3p/CXCR4 Axis

Cancer Manag Res.

2.886

陕西中医药大学附属医院等

53

CircRNA ZNF609沉默通过miR-623/FOXM1轴抑制非小细胞肺癌的发展

CircRNA ZNF609 Knockdown Represses the Development of Non-Small Cell Lung Cancer via miR-623/FOXM1 Axis

Cancer Manag Res.

2.886

淄博市第四人民医院等

54

Hsa_circ_0043278在大肠癌中抑制肿瘤发生并下调

Hsa_circ_0043278 Inhibits Tumorigenesis and is Downregulated in Colorectal Cancer

Cancer Manag Res.

2.886

宁波大学医学院附属医院等

55

外泌体circ_PIP5K1A通过miR-101/ABCC1轴调控非小细胞肺癌的进展和顺铂敏感性

Exosomal circ_PIP5K1A regulates the progression of non-small cell lung cancer and cisplatin sensitivity by miR-101/ABCC1 axis

Mol Cell Biochem.

2.795

山东省立医院等

56

与健康对照组相比,颅内动脉瘤组差异表达的环状RNA谱。

Differentially Expressed Circular RNA Profile in an Intracranial Aneurysm Group Compared with a Healthy Control Group

Dis Markers.

2.738

北京天坛医院

57

circRNA的编码潜力:新发现和新挑战

Coding potential of circRNAs: new discoveries and challenges

PeerJ.

2.379

中国人民解放军联勤保障部队第901医院等

58

非编码circ-SHPRH编码的隐藏肽SHPRH-146aa的结构表征,以作为肿瘤抑制因子

Structural Characterization of the Hidden Peptide SHPRH-146aa Encoded by Non-Coding circ-SHPRH to Act as Tumor Suppressor

Appl Biochem Biotechnol.

2.277

印度卡利亚尼大学等

59

CircPPP1R12A通过刺激miR-375调节CTNNB1促进结肠癌的发展

CircPPP1R12A promotes the progression of colon cancer through regulating CTNNB1 via sponging miR-375

Anticancer Drugs.

2.26

荆门市第一人民医院等

60

环状RNA谱和hsa_circ_0001360表达下调可能与皮肤鳞状细胞癌的发生有关

Circular RNA profiles and the potential involvement of down-expression of hsa_circ_0001360 in cutaneous squamous cell carcinogenesis

FEBS Open Bio.

2.231

广东省皮肤病防治研究所等

61

NFIB通过上调circMAP7D1稳定HER2 mRNA促进胃癌的发展

NFIB promotes the progression of gastric cancer by聽upregulating circMAP7D1 to stabilize HER2 mRNA

Mol Med Rep.

2.1

重庆市肿瘤医院等

62

Circ_0000735通过调节miR-635/FAM83F轴增强非小细胞肺癌的增殖,转移和糖酵解

Circ_0000735 enhances the proliferation, metastasis and glycolysis of non-small cell lung cancer by regulating the miR-635/FAM83F axis

Exp Lung Res.

1.702

江苏省盱眙县人民医院等

63

阐明冠状动脉疾病的表观遗传景观:个性化医学的基本概念综述。

Elucidation of Epigenetic Landscape in Coronary Artery Disease: A Review on Basic Concept to Personalized Medicine

Epigenet Insights Review

0

印度德里大学等