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circRNA测序及数据挖掘入门培训班
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-06-17 | 247 次浏览 | 分享到:

 circRNA测序及数据挖掘入门培训班


        CircRNA数量众多,目前已证实存在于人体的circRNA数量高达十几万种,在如此多的circRNA分子中筛选出疾病特异性的circRNA,circRNA-seq高通量测序技术是首要最佳选择,快速理解掌握circRNA-seq数据分析技能,必将加速项目研究进度。

        本期培训班由具有多年circRNA-seq高通量测序及数据分析经验,以丁向明博士领衔的专业讲师团队授课。讲师成员在circRNA测序及数据挖掘方面具有深厚研究功底,团队打造的人类circRNA综合数据库——circBank,贴近circRNA实际科研需求,上线短短两个月即被多篇Molcular Cancer、Aging-US等国际知名期刊文章引用。

        授课讲师结合团队多年研究经验精心准备,从circRNA-seq实际案例出发,手把手教您通过R语言和生信工具实现circRNA差异统计分析、基因富集分析和热图、火山图、RCircos图、分子调控网络图绘制等。培训内容以基础教学为主,为零经验、想入门生信分析的您提供最佳学习路径。

 


课程特色

课程贯穿circRNA-seq测序实验原理和数据分析全流程;

快速入门强大的数据处理及统计工具——R语言;

案例教学,在实际应用场景中学习circRNA数据分析,通俗易懂;

理论为纲,实操为主,结合circRNA分析典型案例,实现快速上手;

常用circRNA数据库及在线工具使用介绍,全面助力科学研究;

 

适用人群:

本次课程定位circRNA测序分析基础入门,面向对circRNA测序数据分析感兴趣的科研人员、博士、研究生和有科研需求的临床医生/企事业单位的研发技术人员。

 

主讲人简介

丁向明(首席科学家)

加州大学洛杉矶分校测序中心资深生信科学家,美国生物化学学会会员,师从美国医学科学院王存玉院士。从事非编码RNA在肿瘤转移中的作用及肿瘤生物信息学的研究。2014年在加州大学洛杉矶分校负责二代测序信息学分析平台及大规模数据库的建立,2016年加入密码子基因,任首席技术官,参与多项美国NIH资助的研究项目,多篇文章发表于Science Signaling, Cancer Cell, RNA biology等国际一流杂志,被引用超过620多次。曾为Cancer Letters, International Journal of Cancer, PLOS one等著名杂志担任审稿人。创立并开发circBank数据库。

 

申健(生信部负责人)

毕业于暨南大学,10年行业经验,长期从事miRNA, circRNA等产品开发和推广工作,申请专利多项,参与国自然、省、市科学基金10余项。多篇文章发表于RNA biology, BBRC, Journal of Biology等国内外专业期刊。擅长R语言统计分析及绘图,circBank数据库开发者之一,目前主要从事circRNA数据挖掘在肿瘤诊断标志物和治疗靶点开发中的应用。

 

张金文(生信部高级工程师)

哈尔滨医科大学生物信息学院2014级硕士,擅长运用shell, R等编程语言进行生物数据挖掘。曾参与多个非编码 RNA 与复杂疾病的项目并发表文章;毕业后主要从事生物学信息学平台的搭建、流程开发以及项目分析等工作,熟悉多种二代测序(包括RNA-seq, ChIP-seq, RIP-seq, CLIP-seq等)。

 

 孙萍(高通量测序部负责人
华南农业大学生物学硕士,发表过多篇SCI及核心期刊文章;5年二代测序领域研究经验,参与多项circRNA相关测序项目研发及专利撰写;现主要从事高通量测序建库方法优化、项目开发、技术支持等工作,擅长不同测序样本抽提质检及文库构建,对外泌体、血清血浆、RIP/ChIP实验来源的微量样本有丰富的抽提与建库经验。



课程内容
:

时间

内容

介绍

类型

第1天

上午

 

 

 

 

08:00-09:00

报道和领取资料

 

 

 

09:00-10:20

circRNA数据挖掘介绍

1、circRNA数据挖掘概述
2、高通量测序技术在circRNA研究中的应用

理论

 

10:35-12:00

circRNA测序文库构建及数据质控

1、circRNA测序文库构建原理及关键质控剖析
2、circRNA测序原始数据质控及鉴定流程

理论

 

下午

 

 

 

 

13:30-15:15

R语言入门

1、R语言基础:概念,R包安装,常用函数;
2、数据操作:数据读取、清理、变换、塑形等

实操

 

15:30-17:00

R语言基础绘图

1、ggplot2绘图语法
2、常用散点图、柱状图、箱线图和折线图绘制

实操

第2天

上午

 

 

 

 

08:30-10:20

circRNA差异分析

1、差异分析统计原理
2、案例:R语言进行差异circRNA分析;

理论

实操

 

10:35-12:00

circRNA差异结果可视化

1、R语言绘制:主成分图、热图、火山图和RCircos图
2、富集分析结果作图:柱状图,气泡图

实操

 

下午

 

 

 

 

13:30-15:00

分子互作网络图绘制

1、circRNA结合miRNA预测,构建circRNA-miRNA互作网络;
2、cytoscape实操入门:数据准备,配置点属性,配置边属性,布局与图像导出

实操

 

15:15-17:00

锁定核心circRNA

1、cirRNA潜在功能预测:miRNA,RBP,翻译,保守性;
2、多个在线circRNA数据库数据资源整合使用;

实操

 

17:00-17:30

学员提问及讨论

 




报名须知:

培训时间:201981-2日(周四、五)

地点:广州歌尔爵斯酒店广州市禺东西路40-2号,广州火车东站附近)

注:

1. 本次培训班名额有限,限报30人,报完即止!

2. 请学员自带电脑,请使用windows 10系统或者mac系统,授课用win10系统进行讲解;电脑配置推荐8G及以上内存。


3. 为了提高学习效率,本次课程会提前发软件安装教程和资料,方便学员提前进行预习。

付款方式:

培训费用:3000元(交通费与食宿费自理)

付款方式:对公转账

账户:广州密码子基因科技有限公司
开户行:中国工商银行股份有限工商广州科学城支行

账号:3602090709200253395


优惠政策:

2019715日前报名(以汇款到账日期为准),优惠500元;

10名报名者(以汇款到账日期为准),每人免“第五届circRNA研究论坛”注册费;

团购优惠:2人组团报名,每人可优惠100

3人组团报名,每人可优惠200

4人及以上组团报名,每人可优惠300

 

报名方式:

1、长按图片识别二维码,填写信息报名(二维码见下方)

2、发送姓名、单位、电话到邮箱,主题注明报名circRNA测序分析培训班”

3、报名流程:初步提交报名信息——转账——报名成功

联系人:陈老师

电话:13302232899

邮箱:cq@geneseed.com.cn

 

 

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