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RNA sequencing
circRNA研究汇总 | 20200210-0216
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-02-17 | 292 次浏览 | 分享到:

欢迎各位来到“circRNA研究报道汇总”栏目,本期从pubmed中检索收集最新发布的circRNA文献共计38篇,下面我们一起来看看,circRNA研究最近有哪些新进展。

检索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract] 



1子宫内膜癌的蛋白质组学表征

标题:Proteogenomic Characterization of Endometrial Carcinoma.

杂志:Cell

影响因子:36.216

通讯作者:  Rodland KD(俄勒冈健康与科学大学)等


研究亮点:

 蛋白质组学为子宫内膜癌的致癌信号提供新见解;

● 全面确定了蛋白质乙酰化和磷酸化修饰组学的新调控机制;

 QKI,circRNA和miRNA形成潜在的反馈环以促进癌症EMT过程;

 抗原呈递缺陷可能使微卫星不稳定性和免疫检查点阻断抵抗;


该研究对收集的95个子宫内膜癌进行了全面的蛋白质组学表征,包括83个子宫内膜样癌和12个浆液性肿瘤。这项研究分析揭示了蛋白组扰动对p53和Wnt /β-catenin途径的可能新结果,确定了circRNA在上皮-间充质转化中的潜在作用,并提供了有关临床和肿瘤基因组亚组的蛋白质组学标志物的新信息,包括与已知可药物化途径的关系。广泛的全基因组乙酰化调查对连接Wnt信号传导和组蛋白乙酰化的调控机制产生了深刻见解。该研究还表征了肿瘤免疫状况的各个方面,包括免疫原性改变,新抗原,常见的癌症/睾丸抗原和免疫微环境,所有这些都可以为免疫治疗决策提供依据。总的来说,该项多组学分析为研究人员和临床医生提供了宝贵的资源,发现了在子宫内膜癌发展中具有潜在重要意义的新分子关联,并提出了确定潜在治疗靶点的新方法。


图注:研究摘要图示


2、小鼠雄性生殖细胞中m6a修饰促进circRNA生成。

标题:m6A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells

杂志:Cell Research

影响因子:17.848

通讯作者:Wei Yan和Chong Tang(内华达大学里诺医学院)


该研究发现在精子发生过程中减数分裂后的粗线期到圆形细胞的时期会生成大量circRNA,其中一些circRNA的反向拼接位点(junction point)两侧往往携带高水平的m6A修饰,而m6A经常会富集在mRNA的ORF起始密码子和终止密码子周围。有趣的是,作者发现,近半数的这类circRNA携带较长的ORF,这些ORF的起始密码子被m6A修饰,可结合核糖体。作者利用液质联用证明了上百种这类circRNA跨接口ORF的翻译产物。这一发现不仅证明了m6A可以介导circRNA的生成,还发现了一种全新的依赖circRNA实现线性RNA丢失后蛋白产物的稳定表达机制。该文献详细解读见本公众号往期文章:重要进展!m6A介导可翻译circRNA的生成


图注:精子发生过程中circRNA表达增高


3、环状RNA在人类癌症中的翻译和功能作用。

标题:Translation and functional roles of circular RNAs in human cancer.

杂志:Mol Cancer

影响因子:10.679

通讯作者:郑骏年 和 董东 教授(徐州医科大学)


环状RNA(circRNA)在各种生物学功能中起着重要作用,例如microRNA海绵,转录调节剂以及与RNA结合蛋白的结合。最近的研究表明,一些胞质circRNA可以有效地翻译成可检测的肽,这使我们对circRNA在细胞生理功能中的重要性有了启发。内部核糖体进入位点(IRES)和m6A介导的不依赖帽的翻译起始被认为是circRNA翻译的潜在机制。迄今为止,已发现几种翻译的circRNA在人类癌症中起关键作用。在这篇综述中,作者介绍了circRNA的特性和功能,并描述了翻译起始的可能机制和circRNA的翻译能力的复杂性,并总结了circRNA编码的蛋白质在人类癌症中的新兴功能。circRNA翻译的工作将打开一个隐藏的人类蛋白质组,并增强我们对circRNA在人类癌症中的重要性的了解,到目前为止,涉及该领域研究还很少,值得深入探讨。



图注:circRNA非帽依赖翻译机制示意图



参考文献列表

序号

主要内容

论文标题

杂志

IF

单位

1

子宫内膜癌的蛋白质组学表征。

Proteogenomic Characterization of Endometrial Carcinoma.

Cell

36.216

俄勒冈健康与科学大学等

2

小鼠雄性生殖细胞中m6a修饰促进circRNA生成

m6A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells

Cell Res.

17.848

内华达大学里诺医学院

3

环状RNA在人类癌症中的翻译和功能作用。

Translation and functional roles of circular RNAs in human cancer.

Mol Cancer

10.679

徐州医科大学

4

雄激素受体调节的circFNTA激活KRAS信号传导,从而促进膀胱癌的侵袭。

Androgen receptor-regulated circFNTA activates KRAS signaling to promote bladder cancer invasion.

EMBO Rep

8.383

罗切斯特大学医学院

5

拮抗circRNA_002581-miR-122-CPEB1轴可通过恢复PTEN-AMPK-mTOR途径调控的自噬减轻NASH。

Antagonizing circRNA_002581-miR-122-CPEB1 axis alleviates NASH through restoring PTEN-AMPK-mTOR pathway regulated autophagy.

Cell Death Dis

5.959

浙江大学医学院附属第一医院

6

circRNA_0000140通过靶向miR-31抑制Hippo信号通路来抑制口腔鳞状细胞癌的生长和转移。

circRNA_0000140 suppresses oral squamous cell carcinoma growth and metastasis by targeting miR-31 to inhibit Hippo signaling pathway.

Cell Death Dis

5.959

海口市人民医院

7

circRASSF2充当ceRNA,并通过miR-1178 / TLR4信号通路促进乳头状甲状腺癌的进展。

circRASSF2 Acts as ceRNA and Promotes Papillary Thyroid Carcinoma Progression through miR-1178/TLR4 Signaling Pathway.

Mol Ther Nucleic Acids

5.919

山东大学附属省立医院

8

环状RNA分析揭示乳突状甲状腺癌中外泌体circ_0006156作为一种新型生物标记物。

Circular RNA Profiling Reveals Exosomal circ_0006156 as a Novel Biomarker in Papillary Thyroid Cancer.

Mol Ther Nucleic Acids

5.919

山东大学附属省立医院

9

环状RNA circHUWE1可以调节miR-29b-AKT3轴,从而调节成肌细胞的发育。

The Circular RNA circHUWE1 Sponges the miR-29b-AKT3 Axis to Regulate Myoblast Development.

Mol Ther Nucleic Acids

5.919

西北农林科技大学

10

人间充质基质细胞早期成骨和软骨分化过程中circRNA,miRNA和piRNA的差异调节。

Differential Regulation of circRNA, miRNA, and piRNA during Early Osteogenic and Chondrogenic Differentiation of Human Mesenchymal Stromal Cells.

Cells

5.656

达沃斯AO(骨科)研究所

11

环状RNA hsa_circ_0056836通过调节miR-766-3p/FOSL2轴在肝细胞癌中发挥致癌基因的作用。

Circular RNA hsa_circ_0056836 functions an oncogenic gene in hepatocellular carcinoma through modulating miR-766-3p/FOSL2 axis.

Aging (Albany NY)

5.515

郑州大学第一附属医院

12

基于DNA甲基化介导的特征海绵功能的乳腺癌circRNA预测。

Prediction of circRNAs Based on the DNA Methylation-Mediated Feature Sponge Function in Breast Cancer.

Front Bioeng Biotechnol

5.122

哈尔滨医科大学等

13

类风湿关节炎的非编码RNA研究。

Non-coding RNAs in Rheumatoid Arthritis: From Bench to Bedside.

Front Immunol

4.716

山东诸城市人民医院

14

STAT1及其相关分子作为结核分枝杆菌感染的潜在生物标志物。

STAT1 and its related molecules as potential biomarkers in Mycobacterium tuberculosis infection.

J Cell Mol Med

4.658

山东潍坊医学院

15

MicroRNA-206上调可缓解circTCF25诱导的骨肉瘤细胞增殖和迁移。

MicroRNA-206 upregulation relieves circTCF25-induced osteosarcoma cell proliferation and migration.

J Cell Physiol

4.522

吉林大学中日联谊医院

16

环状RNA has_circ_0014130通过使miR-136-5p海绵化并上调BCL2来抑制非小细胞肺癌的凋亡。

Circular RNA has_circ_0014130 inhibits apoptosis in non-small cell lung cancer by sponging miR-136-5p and upregulating BCL2.

Mol Cancer Res

4.484

齐齐哈尔医科大学附属第三医院。

17

环状RNA cZNF292沉默通过上调大鼠神经干细胞(NSCs)中的miR-22减轻OGD/R诱导的损伤。

Circular RNA cZNF292 silence alleviates OGD/R-induced injury through up-regulation of miR-22 in rat neural stem cells (NSCs).

Artif Cells Nanomed Biotechnol

4.462

周口市中心医院

18

人脂肪来源的干细胞在成骨分化过程中的差异环状RNA表达谱。

Differential circular RNA expression profiling during osteogenic differentiation in human adipose-derived stem cells.

Epigenomics

4.404

中国医科大学

19

CircRNA hsa_circ_0004771通过miR-339-5p/CDC25A轴促进食管鳞状细胞癌进展。

CircRNA hsa_circ_0004771 promotes esophageal squamous cell cancer progression via miR-339-5p/CDC25A axis.

Epigenomics

4.404

汕头大学医学院附属第二医院

20

冠心病的环状RNA表达谱和生物信息学分析。

Circular RNA expression profiles and bioinformatic analysis in coronary heart disease.

Epigenomics

4.404

山东大学齐鲁医院

21

环状RNA在中枢神经系统损伤中的新兴作用。

The emerging roles of circular RNAs in CNS injuries.

J Neurosci Res

4.139

第二军医大学长征医院

22

MicroRNA-99a通过靶向FGFR3抑制乳腺癌进展。

MicroRNA-99a Suppresses Breast Cancer Progression by Targeting FGFR3.

Front Oncol

4.137

武汉大学中南医院

23

CircRBM33通过靶向miR-149调节IL-6以促进胃癌的进展。

CircRBM33 regulates IL-6 to promote gastric cancer progression through targeting miR-149.

Biomed Pharmacother

3.743

无锡市第二人民医院

24

来自MDM2基因座的环状RNA通过抑制p53水平来控制细胞周期进程。

A circular RNA from the MDM2 locus controls cell cycle progression by suppressing p53 levels.

Mol Cell Biol

3.735

美国国立癌症研究所

25

lncRNA和circRNA的表达谱会影响盘状红斑狼疮的进展吗?-meta分析。

Do lncRNAs and circRNAs expression profiles influence discoid lupus erythematosus progression?-a comprehensive analysis.

Ann Transl Med

3.689

上海交通大学医学院附属第九人民医院

26

环状RNA-0072309通过靶向microRNA-665在Hep3B细胞系中具有抗肿瘤作用。

Circular RNA-0072309 has antitumor influences in Hep3B cell line by targeting microRNA-665.

Biofactors

3.598

宁波华美医院

27

mecciRNA的鉴定及其在蛋白质线粒体进入中的作用。

Identification of mecciRNAs and their roles in the mitochondrial entry of proteins.

Sci China Life Sci

3.583

安徽省立医院

28

从胃癌患者的组织和血浆中鉴定出下调的circRNA,并构建circRNA-miRNA-mRNA网络。

Identification of downregulated circRNAs from tissue and plasma of patients with gastric cancer and construction of a circRNA-miRNA-mRNA network.

J Cell Biochem

3.448

福建省肿瘤医院

29

Circ-HOMER1增强miR-1322对CXCL6的抑制作用,从而调节肝癌细胞的生长和侵袭性。

Circ-HOMER1 enhances the inhibition of miR-1322 on CXCL6 to regulate the growth and aggressiveness of hepatocellular carcinoma cells.

J Cell Biochem

3.448

齐齐哈尔医科大学附属第三医院

30

Circ-0001313 / miRNA-510-5p / AKT2轴促进结肠癌的发展和进展。

Circ-0001313/miRNA-510-5p/AKT2 axis promotes the development and progression of colon cancer.

Am J Transl Res.

3.266

江苏省淮安市涟水县人民医院

31

环状RNA circ-Ttc3通过下调miR-449a保护HaCaT细胞免受低氧损伤。

Circular RNA circ-Ttc3 protects HaCaT cells from hypoxic injury by downregulation of miR-449a.

IUBMB Life

3.051

青岛第六人民医院

32

环状RNA ciRS-7通过下调miR-26a-5p促进微血管内皮细胞的管形成。

Circular RNA ciRS-7 promotes tube formation in microvascular endothelial cells through downregulation of miR-26a-5p.

J Biochem Mol Toxicol

2.965

济宁市第一人民医院

33

CircHIPK3通过调节miR-1207-5p / FMNL2信号促进结直肠癌细胞的增殖和转移。

CircHIPK3 promotes colorectal cancer cells proliferation and metastasis via modulating of miR-1207-5p/FMNL2 signal.

Biochem Biophys Res Commun

2.705

中国医学科学院肿瘤医院

34

环状淋球菌EIF3K通过miR-139-5p靶向淋病奈瑟氏球菌引起的输卵管炎,并调节MAPK /NF-κB信号通路来促进凋亡和自噬细菌细胞。

Neisseria gonorrhoeae-induced salpingitis is targeted by circular RNA EIF3K via miR-139-5p and regulating MAPK/NF-κB signaling pathway to promotes apoptosis and autophagy bacterial cells.

Microb Pathog

2.581

枣庄市立医院

35

环状RNA-ITCH通过下调lncRNA HULC抑制卵巢癌的增殖。

Circular RNA-ITCH Inhibits the Proliferation of Ovarian Carcinoma by Downregulating lncRNA HULC.

Reprod Sci

2.559

临沂市中心医院

36

Hsa_circ_CSPP1 / MiR-361-5p / ITGB1通过调节PI3K-Akt信号通路调节宫颈癌(CC)的增殖和迁移。

Hsa_circ_CSPP1/MiR-361-5p/ITGB1 Regulates Proliferation and Migration of Cervical Cancer (CC) by Modulating the PI3K-Akt Signaling Pathway.

Reprod Sci

2.559

江西省妇幼保健院

37

环状RNA表达谱及其在人类腹主动脉瘤中的潜在调控作用。

Circular RNA expression profile and its potential regulative role in human abdominal aortic aneurysm.

BMC Cardiovasc Disord

1.947

复旦大学附属中山医院

38

环状RNA PVT1通过上皮性卵巢癌中的microRNA-149海绵化增强细胞增殖,但抑制细胞凋亡。

Circular RNA PVT1 enhances cell proliferation but inhibits apoptosis through sponging microRNA-149 in epithelial ovarian cancer.

J Obstet Gynaecol Res

1.122

湖南中医药大学医学院




高通量测序