标题摘要内容
RNA sequencing
Exosome RNA测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 9191 次浏览 | 分享到:


        Exosome
(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质、脂质和各类核酸分子,尤其是miRNAlncRNAExosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。

        
吉赛生物提供外泌体提取试剂盒,能够快速分离提取exosome RNA进行建库测序,满足外泌体mRNAlncRNAcircRNAmiRNA的不同研究需求。

技术路线



样本要求

        样品类型:血清、血浆、尿液、或细胞上清液

        物种:人、大小鼠(特殊物种详询技术支持)

        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

 

测序方案

        分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA

        测序模式 PE150

        测序数据量 10 Gb


        分析对象:
miRNA

        测序模式 PE150

        测序数据量 10 M reads

生物信息分析内容

长链转录组分析内容

        1 原始数据质控检查   

        2 比对结果质控检查

        3 基于基因表达的样品主成分分析

        4 差异基因表达及相关通路富集分析

        5 circRNA预测及鉴定

        6 circRNA差异分析

        7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析

        8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析

        9 长链非编码RNA差异分析

        10 基于基因表达的通路活性分析

        11 转录调控活性分析及通路互作分析

        12 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

        13 circRNA及靶向miRNA网络调控制图

 

miRNA分析内容  

        1 miRNA测序分析

        2 原始数据质控检查

        3 比对结果质控检查

        4 miRNA预测

        5 ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA

        6 基于miRNA表达的样品主成分分析

        7 miRNA差异分析

        8 差异miRNA靶基因GO功能分析

        9 差异miRNA靶基因通路分析

        10 差异miRNA与差异表达基因调控分析(如果有mRNA测序结果)

        11 差异miRNA与差异表达基因网络绘图(如果有mRNA测序结果)


高通量测序