标题摘要内容
RNA sequencing
Exosome RNA测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 6027 次浏览 | 分享到:

Exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质、脂质和各类核酸分子,尤其是miRNAlncRNAExosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。
       
吉赛生物提供外泌体提取试剂盒,能够快速分离提取exosome RNA进行建库测序,满足外泌体mRNAlncRNAcircRNAmiRNA的不同研究需求。





技术路线

 

 

样本要求

• 样品类型:血清、血浆、尿液、或细胞上清液

• 物种:人、大小鼠(特殊物种详询技术支持)

具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

 

测序方案

分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA

测序模式 PE150

测序数据量 6-8 Gb

分析对象:miRNA

测序模式 PE150

测序数据量 10 M reads



生物信息分析内容

长链转录组分析内容

原始数据质控检查   

比对结果质控检查

基于基因表达的样品主成分分析

差异基因表达及相关通路富集分析

5 circRNA预测及鉴定

6 circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的通路富集分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

长链非编码RNA差异分析

10 基于基因表达的通路活性分析

11 转录调控活性分析及通路互作分析

12 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

13 circRNA及靶向miRNA网络调控制图

 

miRNA分析内容  

1 miRNA测序分析

原始数据质控检查

比对结果质控检查

miRNA预测

5 ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA

基于miRNA表达的样品主成分分析

7 miRNA差异分析

差异miRNA靶基因GO功能分析

差异miRNA靶基因通路分析

10 差异miRNA与差异表达基因调控分析(如果有mRNA测序结果)

11 差异miRNA与差异表达基因网络绘图(如果有mRNA测序结果)



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