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RNA sequencing
小RNA测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 2911 次浏览 | 分享到:

RNA是指一类高度保守的长度为18-32ntRNA分子,主要包括miRNAsiRNAsnoRNApiRNA等,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。研究表明, 包括癌症、心血管疾病、免疫系统疾病在内的多种疾病与miRNA 的调控作用密切相关。近年来, 由于小RNA测序技术的应用,越来越多的miRNA被发现和功能鉴定,并将广泛应用于疾病诊断、个性化治疗和预后等领域。

 

技术路线

 

• Total RNA提取:根据不同的样品类型采用不同的提取方案,获得高质量的Total RNA

• RNA质量检测:Nanodrop检测RNA样品浓度及纯度;琼脂糖凝胶电泳及Agilent 2100 Bioanalyzer检测RNA样品完整性。

• 3’接头连接

• RT引物杂交:RT引物封闭剩余的3’adapter,避免形成接头自连。

• 5’接头连接

• cDNA合成:随机引物反转录合成cDNA第一链。

• PCR扩增:PCR富集文库,并引入测序接头序列及index序列。

• 文库片段选择:通过PAGE凝胶电泳选择目标文库片段(138-160bp)。

• 文库质检:Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库大小分布,Qubit 3.0或荧光定量PCR测定文库浓度。

• 上机测序:根据数据量要求将文库pooling上机测序。

• 数据分析:下机数据由专业生物信息分析团队进行数据分析,提供全面数据分析报告。

 

样品要求

 

• 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

• 样品量:细胞样品请提供至少1×106个细胞,组织样品请提供至少100 mg的组织块或切片,RNA样品请提供5 μg以上的总RNA对于特殊的微量RNA样本,如血清、血浆、免疫共沉淀或外泌体等来源的小RNA总量200 ng以上。

样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNAOD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥500 ng/μL28S:18S ≥ 1.5RIN ≥ 7

样品保存:

    细胞样品:收集细胞至RNase Free 1.5 mL EP管,弃去培养基,用PBS洗一次,弃去PBS,把细胞沉淀保存在-80℃

    组织样品:组织样品离体后放在冻存管中,迅速置于液氮下速冻1分钟以上,然后保存在-80℃

    RNA样品:可将RNA溶于RNase Free 的超纯水中,-80℃保存。

    样品保存期间避免反复冻融。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。

 

测序方案

测序模式 SE50

测序数据量 10M reads

 

生物信息分析内容

 

1 miRNA测序分析

2 原始数据质控检查;

3 比对结果质控检查

4 miRNA预测

5 ncRNA注释(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA /piRNA

6 基于miRNA表达的样品主成分分析

7 miRNA差异分析

8 差异miRNA靶基因GO功能分析

9 差异miRNA靶基因通路分析

10 差异miRNA与差异表达基因调控分析(如果有mRNA测序结果)

11 差异miRNA与差异表达基因网络绘图(如果有mRNA测序结果)


高通量测序