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RNA sequencing
RNA免疫共沉淀测序(RIP seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 19254 次浏览 | 分享到:


        RNA
免疫共沉淀(RNA ImmunoprecipitationRIP )是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。 RIP这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

技术路线

 

图释:RIP-sequencing实验流程(Zhao et al.  Mol Cell2010

样本要求

        样品类型:RIP实验分离的RNA样品

        物种:人、大小鼠(特殊物种详询技术支持)

        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

测序方案

        测序模式PE150

        测序数据量10Gb

生物信息分析内容

        1 原始数据质控检查

        2 比对结果质控检查

        3 测序reads全转录组分布图

        4 富集基因的鉴定及定量

        5 富集基因表达及相关通路分析

        6 富集环状RNA的预测及鉴定

        7 富集环状RNA宿主基因的通路分析
        
8 富集长链非编码RNA表达分析



高通量测序附录

高通量测序