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RNA sequencing
RNA免疫共沉淀测序(RIP seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 5568 次浏览 | 分享到:

RNA免疫共沉淀(RNA ImmunoprecipitationRIP )是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。 RIP这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

 

技术路线

 

图释:RIP-sequencing实验流程(Zhao et al.  Mol Cell2010

 

样本要求

• 样品类型:RIP分离的RNA样品(吉赛生物可提供RIP技术服务,详见服务手册)

• 样品量:RNA总量100ng以上。

样品保存:RNA溶于RNase Free 的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。

 

测序方案

测序模式 SE50PE150(根据客户需求)

测序数据量 20M reads 5Gb clean data(根据客户需求)

 

生物信息分析内容

1 原始数据质控检查

2 比对结果质控检查

3 测序reads全转录组分布图

4 结合峰鉴定

5 结合峰基因元件分布

6 差异结合峰检测

7 差异结合峰相关基因GO功能富集分析

8 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析


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高通量测序