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RNA sequencing
FFPE降解RNA测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 2892 次浏览 | 分享到:

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-EmbeddedFFPE)的组织样品广泛保存在世界各地的医院及组织样品库中,是用于疾病诊断和科学研究的最为常见的生物学资源之一。然而,在FFPE组织标本的制备和贮存过程中,组织经福尔马林固定、石蜡包埋后很容易引起RNA的交联和降解,科研人员很难获得足量高质量的RNA样本。

吉赛生物拥有强大的专业技术团队,丰富的核酸抽提经验,能够获得满足后续建库需求的RNA样品。

 

技术路线

 

样本要求

• 样品类型:FFPE样品

• 样品固定:组织样本切成小块后,一个小时内固定,固定时间约24h,不宜过长。

样品保存:无切面存储,避免氧气、水及其他环境因素的影响,4℃保存。

• 样品量:10 μm切片8-10片。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷冻运输。

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 10Gb clean data

 

生物信息分析内容

基础分析  

原始数据质控检查

比对结果质控检查

基于基因表达的样品主成分分析

差异基因表达及相关通路富集分析

5 circRNA预测及鉴定

6 circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的通路富集分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

长链非编码RNA差异分析

 

高级分析 

10 基于基因表达的通路活性分析

11 转录调控活性分析及通路互作分析

12 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

13 circRNA及靶向miRNA网络调控制图


高通量测序