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RNA sequencing
翻译组测序(Ribosome Profiling)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-08-15 | 535 次浏览 | 分享到:

       广义的翻译组指的是直接参与翻译过程的所有元件,包括但不限于核糖体、正在翻译的mRNA、调控性RNA、新生肽链及各种翻译因子等;狭义的翻译组特指正在翻译的mRNA核糖体印迹测序(ribosome profiling,或ribo-seq)是指对被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段进行深度测序分析,是目前研究翻译组学的主要技术手段之一。



技术路线


样品要求

• 样品类型:细胞组织裂解产物

• 物种:哺乳动物细胞或组织(有参考基因组且注释信息完整)

具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请咨询技术支持。

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 15Gb raw data

案例展示

人类心脏翻译组学研究

The Translational Landscape of the Human Heart

Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010  IF36.216

测序策略:Ribo-seq & mRNA-seq

样本分组:80例心脏组织,65例心肌病,15例正常对照


本研究对65例扩张性心肌病(DCM)患者左心室心肌组织和15例正常对照者的左心室心肌组织进行mRNA测序(mRNA-seq)及核糖体印迹测序(ribo-seq),分析了DCM与健康对照组被翻译的RNA分子总体情况,结合之前一项心脏组织蛋白质组学的数据,系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF和对应的蛋白或多肽的总体信息。共发现1090uORF20763个传统的ORF以及74dORF。还包括了来自于169lncRNA 339sORF(图1)。此外,本文通过分析ribo-seq数据中被核糖体捕获的circRNA接口序列找到了40个可翻译的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的条件是不少于9nt的跨接口碱基,在不少于3个样本且总Reads数不少于5个的才算有效的可翻译circRNA(图2)。 40circRNA来自39个基因,其中有6circRNA的翻译产物在早期的蛋白质组学研究中有对应的质谱线索。40circRNA中也不乏大家耳熟能详的明星分子,包括CDR1as等等。其中circCFLARcircSLC8A1circMYBPC3circRYR2是首次发现的心肌中可被翻译的circRNA分子。



1   心脏翻译组学研究概览

2 Ribo profiling分析可翻译的circRNA分子

 


Ribo-seq实验及分析思路重新画

Ribo-seq主要生信分析内容:

1. 原始数据

2. 质量控制

3. 序列长度选择

4. 比对到参考基因组

5. Reads分布统计

6. 翻译/非翻译uORFs特征分析

7. TE翻译效率分析

8. 差异TE基因表达分析

9. 差异TE基因聚类分析

10. 差异TE基因GO/KEGG富集分析

 

注:Ribo-seq的翻译效率的分析需要结合RNA-seq的数据进行分析。


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