标题摘要内容
RNA sequencing
RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-04-29 | 489 次浏览 | 分享到:


        m6A(N6-methyladenosine,6-甲基
腺苷)是真核生物中最常见最丰富的RNA修饰作为一种可逆修饰,RNA既可以在甲基化转移酶METTL3/14 等酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下发生去甲基化修饰;另外,它能够通过YTHDC1/2 m6A 识别因子发挥重要功能,例如目前已发现 m6A 在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色 。    

         
circRNA 作为一类新的 RNA 分子,也被发现存在大量 m6A 修饰,并且与线性 RNA 共享相同的 Writers 和 Readers 但具有不同的表达模式m6A 对 circRNA 的生命活动具有重要的调控功能,包括m6A 能够介导 circRNA 的形成

        目前对m6A的转录组研究的主要方法为MeRIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing),其原理是通过m6A特异性抗体识别并结合具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。


技术路线

 


样品要求

        样品类型:细胞或组织total RNA

        物种:哺乳动物细胞或组织(有参考基因组且注释信息完整)

        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请咨询技术支持。


测序方案

        测序模式 PE150

        测序数据量 12Gb raw data


生物信息分析流程

 

 

 部分结果展示

 

RIP 富集分布分析

m6A基因组特征分布分析

 

m6A 全基因组分布分析

 

m6A的元基因分析


 

m6A 特定基因丰度展示


 

KEGG通路富集分析


 

Motif分析

 

m6A和转录组关联分析

经典案例

案例1



案例2



参考文献
  1.  Niu, Yamei, et al. "N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: an old modification with a novel epigenetic function." Genomics, proteomics & bioinformatics 11.1 (2013): 8-17.
  2.  Shi, Hailing, Jiangbo Wei, and Chuan He. "Where, when, and how: context-dependent functions of RNA methylation writers, readers, and erasers." Molecular cell 74.4 (2019): 640-650.
  3.  Meyer, Kate D., and Samie R. Jaffrey. "Rethinking m6A readers, writers, and erasers." Annual review of cell and developmental biology 33 (2017): 319-342.
  4.  Zhou, Chan, et al. "Genome-wide maps of m6A circRNAs identify widespread and cell-type-specific methylation patterns that are distinct from mRNAs." Cell reports 20.9 (2017): 2262-2276.
  5.  Tang, Chong, et al. "m 6 A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells." Cell Research 30.3 (2020): 211-228.
  6.  Meyer, Kate D., et al. "Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons." Cell 149.7 (2012): 1635-1646.



高通量测序