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DNA sequencing
微生物宏基因组测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 5910 次浏览 | 分享到:



        宏基因组(
Metagenome)是环境中全部微小生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过测序数据分析特定环境中微生物群体基因组成及功能,研究微生物多样性、种群结构、生物进化与环境之间的关系,解读微生物群体多样性与丰度,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质。

 

技术路线

 

样品要求

• 样品类型:Meta样品,如粪便、土壤等或Meta DNA样品。

• 物种常见有参微生物(详询技术支持)

具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录二。

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 10Gb

生物信息分析内容

 

基础分析  

1 物种组成和丰度统计;

2 样品复杂度分析;

3 样品间物种丰度差异分析;

4 基因组组装;

5 基因组组分分析;

6 基因功能GO-COG注释

7 基因功能KOGKEGG注释

高级分析 

8 多样品显著相关因子分析;

9 与疾病相关的基因的深度分析;

10 菌群共生关系网络构建;
11 系统进化树构建;



高通量测序附录

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高通量测序