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DNA sequencing
微生物宏基因组测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 3394 次浏览 | 分享到:

宏基因组(Metagenome)是环境中全部微小生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过测序数据分析特定环境中微生物群体基因组成及功能,研究微生物多样性、种群结构、生物进化与环境之间的关系,解读微生物群体多样性与丰度,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质。

 

技术路线

 

宏基因组DNA提取:根据不同的样品类型采用不同的提取方案,获得高质量的宏基因组DNA

• DNA质量检测:Nanodrop检测DNA样品浓度及纯度;琼脂糖凝胶电泳检测DNA样品完整性。

• DNA片段化:采用超声波打断的方法,将DNA片段化至200-300bp

• 末端修复,加A,接头连接:DNA分子两端引入接头序列及index序列。

• PCR富集:PCR扩增富集文库片段,文库大小300-400bp

文库质检:Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库大小分布,Qubit 3.0或荧光定量PCR测定文库浓度。

• 上机测序:根据数据量要求将文库pooling上机测序。

• 数据分析:下机数据由专业生物信息分析团队进行数据分析,提供全面数据分析报告。

 

样品要求

 

• 样品类型:Meta样品,如粪便、土壤等或Meta DNA样品。

• 样品量:Meta样品请提供2g以上,DNA样品4μg以上。

• 样品质量:DNA无明显降解,无蛋白污染,OD260/280≥1.5OD260/230≥1.0,浓度≥30 ng/μL

样品保存:DNA样品:可将DNA溶于Nuclease Free 超纯水中,-20℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷冻运输。

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 5Gb clean data

 

生物信息分析内容

 

基础分析  

1 物种组成和丰度统计;

2 样品复杂度分析;

3 样品间物种丰度差异分析;

4 基因组组装;

5 基因组组分分析;

6 基因功能GO-COG注释

7 基因功能KOGKEGG注释

 

高级分析 

8 多样品显著相关因子分析;

9 与疾病相关的基因的深度分析;

10 菌群共生关系网络构建;

11 系统进化树构建


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