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DNA sequencing
16s rDNA测序
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 5419 次浏览 | 分享到:



        16S rDNA
是原核生物编码16S rRNA的基因,长度约为1500bp,由10个保守区和9个可变区(V1-V9)组成,可变区反映了物种间的差异性。16S rDNA-seq是通过提取微生物菌群的DNA,选择可变区的特定区段(V3-V4)进行PCR扩增,再通过高通量测序的方法,帮助研究人员分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度,进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发现具有特定功能的基因。在医学领域,主要应用于肠道微生物与疾病的关联分析,揭示疾病与健康个体间微生物的差异,研究药物或饮食干扰后菌群差异,或某一病程发展过程中肠道菌群的变化,如结直肠癌等。

 

技术路线

  


样品要求

• 样品类型:Meta样品,如粪便、土壤等或Meta DNA样品。

• 物种常见有参微生物(详询技术支持)

具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录二。

 

测序方案

测序模式PE250

测序数据量 0.05M clean reads

 

生物信息分析内容

基础分析  

1 原始数据处理及统计;

2 可变区域验证;

3 操作分类单元(OTU)聚类及分析;

4 单样本物种分类及丰度分析;

5 多样品物种丰度分析;

6 Alpha多样性分析

7 Beta多样性分析

 

高级分析 

8 样品差异主要因子分析;

9 组间显著性差异分析;

10 系统进化树构建;


高通量测序附录

高通量测序