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DNA sequencing
染色质免疫共沉淀测序(ChIP seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 3721 次浏览 | 分享到:

染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具和标准方法,主要应用于转录因子结合位点、组蛋白修饰、基因组甲基化以及核小体定位等研究。ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。

它的基本原理如图所示:在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后对目的DNA片断进行纯化与文库构建,再通过高通量测序的方法获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

 

 

ChIP原理图

 

 

技术路线

• ChIP富集DNA

• DNA质量检测:Qubit 3.0检测DNA样品浓度,Agilent 2100 Bioanalyzer检测DNA样品分布范围。

• DNA片段化(可选):采用超声波大段的方法将DNA片段化(根据客户需求)。

• 末端修复,加A,接头连接:DNA分子两端引入接头序列及index序列。

• PCR富集:PCR扩增富集文库片段。

文库质检:Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库大小分布,Qubit 3.0或荧光定量PCR测定文库浓度。

• 上机测序:根据数据量要求将文库pooling上机测序。

• 数据分析:下机数据由专业生物信息分析团队进行数据分析,提供全面数据分析报告。

 

样品要求

 

• 样品类型:ChIP富集的DNA

• 样品量:ChIP DNA样品 ≥ 20 ng

样品保存:DNA样品:可将DNA溶于Nuclease Free 超纯水中,-20℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

• 样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷冻运输。

 

测序方案

测序模式 SE50

测序数据量 10M clean reads

 

生物信息分析内容

 

1 原始数据质控检查;

2 比对结果质控检查;

3 测序reads全基因组分布图;

4 结合峰鉴定;

5 结合峰基因元件分布;

6 差异结合峰检测;

7 差异结合峰相关基因GO功能富集分析;

8 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析;

 

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