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DNA sequencing
染色质免疫共沉淀测序(ChIP seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2017-09-02 | 6378 次浏览 | 分享到:

        染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具和标准方法,主要应用于转录因子结合位点、组蛋白修饰、基因组甲基化以及核小体定位等研究。ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。

        它的基本原理如图所示:在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后对目的DNA片断进行纯化与文库构建,再通过高通量测序的方法获得蛋白质与DNA相互作用的信息。


 


 

ChIP-seq技术流程图


 

样品要求

• 类型:ChIP富集的DNA

• 物种,大小鼠(特殊物种详询技术支持)

具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录二。

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 10Gb 


 

生物信息分析内容

1 原始数据质控检查;

2 比对结果质控检查;

3 测序reads全基因组分布图;

4 ChIP富集强度评估分析

5 ChIP peak注释分析结果展示

6 motif预测分析

7 结合峰相关基因GO功能富集分析;

8 结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析




 

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