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DNA sequencing
ATAC-seq
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-03-08 | 1683 次浏览 | 分享到:



        染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提,基因表达的异常或者染色质调控因子的改变都将对细胞的命运产生深远的影响,进而导致各种疾病的发生、发展。

        ATAC-seq 是通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。

 

ATAC-seq技术路线图

 

样品要求

• 样品类型:500-50000细胞,活细胞>90%

• 物种

 

测序方案

测序模式 PE150

测序数据量 10Gb

 

生物信息分析内容

1 原始序列数据

2 测序数据质量评估过滤

3 测序数据比对到参考基因组

4 结合位点peak注释分析

5 MOTIF注释分析

6 结合位点peak关联基因筛选

含分组样本时可添加以下分析

7 组间数据差异peak分析

8 差异结合位点peak识别

9 差异结合位点peak关联基因鉴定

10 差异位点peak靶基因的 GO 功能富集分析

11 差异位点peak靶基因的 KEGG 富集分析


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高通量测序