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 circRNA服务

circRNA服务
circRNA shRNA文库
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-08-16 | 974 次浏览 | 分享到:


circRNA shRNA文库技术
circRNA shRNA文库是一种高通量功能基因筛选技术,同时对多种circRNA分子在细胞水平进行干扰,如果被干扰的基因在所设计的功能模型中有作用,则会被选择性富集或丢失。分析功能筛选前后干扰RNA分布比例的变化即可获得功能基因的信息。


第一代circRNA干扰文库(SCL-1
吉赛生物开发出第一代的circRNA shRNA文库Sh-CircRNA Library 1SCL-1SCL-1文库靶向1485circRNA和对应的1050个来源基因mRNAshRNA构成,总共包含11930shRNA分子,每个分子均设计3-5个不同的shRNA其中靶向来源基因mRNAshRNA均避开对应circRNA的序列。

 

我们提供

1.提供包装成熟的SCL-1文库慢病毒产品;

2.提供功能筛选样品NGS测序及数据分析服务。

 

SCL-1文库筛选流程
如图1所示,设计靶向circRNA和对应mRNAshRNA,合成并构建慢病毒文库,用于细胞感染。细胞经过模型筛选后,文库分子会被特异性富集或丢失,分析模型筛选前后文库分子的比例变化即可分析出与研究模型密切相关的功能分子。



1: SCL-1文库制备筛选流程示意图

SCL-1文库目标基因选择
MiOncoCirc数据库(图2)为参比,SCL-1文库对应的circRNA分子均收录在该数据库,每种肿瘤中文库的分子的表达丰度都比较靠前。




2SCL-1分子在MiOncoCirc数据库中对应每种肿瘤的收录情况

 

肿瘤名称简写ACCAdrenal CarcinomaBLCABladder CancerBRCABreast CancerCHOLCholangiocarcinomaCOLOColon CancerESCAEsophageal CancerGBMGlioblastoma multiformeHCCHepatocellular CarcinomaHNSCHead and Neck CancerKDY Kidney CancerLEUKLeukemiaLUNGLung AdenocarcinomaMESOMesotheliomaMISCRare CancerMMMultiple MyelomaMPNmyeloproliferativeNHLNon-Hodgkin's LymphomaOVOvarian CancerPAADPancreatic CancerPRADProstate AdenocarcinomaSARCSarcoma (Osteo, Fibro)SECRGlandular CancerSKCMSkin CancerSTADStomach CancerTHCAThyroid carcinomaUCECUterine Corpus Endometrial Carcinoma

 

参考文献:
1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.
2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.


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