工作原理

        高通量文库是一种高通量功能分子筛选技术，广泛应用于生命科学与医学相关研究领域。高通量文库利用文库分子对筛选模型的效应差异，文库分子在功能模型筛选的过程会被选择性富集或丢失，由此实现功能分子的筛选。circRNA shRNA文库是专门针对circRNA的高通量shRNA文库体系，适用于各种功能性circRNA筛选分析。

应用方向
        1 致病关键分子筛选：肿瘤发生发展及转移相关circRNA筛选，病毒感染及生命周期相关circRNA分子筛选等；

        2 药学相关筛选：药物敏感性/耐药性及药理作用相关circRNA分子的筛选等；

        3 毒理学功能筛选：毒理相关功能circRNA分子筛选分析等；

        4 分子细胞生物学功能分子筛选：特定信号通路相关circRNA筛选；增殖，死亡，自噬相关circRNA筛选；基因表达调控相关circRNA筛选等；

        5 再生医学与发育相关分子筛选：干细胞命运决定相关circRNA筛选；干性调控相关circRNA筛选等。

circRNA shRNA文库SCL-1

        吉赛生物专注于circRNA研究多年，成功开发出一款大库容量的circRNA shRNA文库Sh-CircRNA Library 1（SCL-1），SCL-1文库具有以下特点：

    • 慢病毒文库；

    • 含11930种shRNA分子；

    • 靶向1485个circRNA；

    • 靶向1050个对应母基因的mRNA；

    • 靶向来源基因mRNA的shRNA均避开与circRNA的共有序列；

    • 涵盖大量热点基因、通路相关分子；涵盖多种肿瘤中高表达的circRNA分子；人类多种组织转录组高表达circRNA分子，能满足各种高通量文库筛选模型。

        如图1所示，设计靶向circRNA和对应mRNA的shRNA，合成并构建慢病毒文库，用于细胞感染。细胞经过模型筛选后，文库分子会被选择性富集或丢失，分析模型筛选前后文库分子的比例变化即可分析出与研究模型密切相关的功能分子。

图1： SCL-1文库制备筛选流程示意图

SCL-1文库分子选择

        SCL-1文库涵盖了多种人类来源组织和肿瘤标本中高表达的circRNA分子，与以MiOncoCirc数据库信息比对结果（图2）表明SCL-1文库分子在MiOncoCirc数据库收录的肿瘤类型中均有涵盖，每种肿瘤中文库的分子表达丰度都比较靠前。

图2：SCL-1分子在MiOncoCirc数据库中对应每种肿瘤的收录情况

我们提供的产品和服务

    • SCL-1文库慢病毒产品

    • 功能筛选模型设计与NGS测序和数据分析

    技术支持：020-82254787

        2019年Cell期刊上报到了一项前列腺癌中circRNA的研究：Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.

        在该研究中，作者构建了针对表达丰度最高的2000条circRNA的shRNA文库，筛选对前列腺癌生长所必须的essential circRNA，这些essential circRNA被干扰之后，细胞增殖显著抑制甚至细胞会发生死亡。作者在这项研究中共分析到了171种essential circRNA，选择了10个进行干扰和过表达验证，结果表明所筛选到的circRNA在细胞增殖中的作用非常显著。

图3 基于shRNA文库筛选前列腺癌essential circRNA

1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.

2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.