m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺苷）是真核生物中最常见最丰富的RNA修饰，作为一种可逆修饰，RNA既可以在甲基化转移酶METTL3/14 等酶的作用下发生m6A甲基化修饰，又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下发生去甲基化修饰；另外，它能够通过YTHDC1/2 等m6A 识别因子发挥重要功能，例如目前已发现 m6A 在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色 。    

         circRNA 作为一类新的 RNA 分子，也被发现存在大量 m6A 修饰，并且与线性 RNA 共享相同的 Writers 和 Readers 但具有不同的表达模式。m6A 对 circRNA 的生命活动具有重要的调控功能，包括m6A 能够介导 circRNA 的形成。

        目前对m6A的转录组研究的主要方法为MeRIP-seq（methylated RNA immunoprecipitation sequencing），其原理是通过m6A特异性抗体识别并结合具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，对富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析，即可在全转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。

技术路线

 

样品要求

        样品类型：细胞或组织，total RNA。

        物种：哺乳动物细胞或组织（有参考基因组且注释信息完整）

        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请咨询技术支持。

测序方案

        测序模式 PE150

        测序数据量 12Gb raw data

生物信息分析流程

 

 

 部分结果展示

 

RIP 富集分布分析

m6A基因组特征分布分析

 

m6A 全基因组分布分析

 

m6A的元基因分析

 

m6A 特定基因丰度展示

 

KEGG通路富集分析

 

Motif分析

 

m6A和转录组关联分析

经典案例

案例1

案例2

1.  Niu, Yamei, et al. "N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: an old modification with a novel epigenetic function." Genomics, proteomics & bioinformatics 11.1 (2013): 8-17.
2.  Shi, Hailing, Jiangbo Wei, and Chuan He. "Where, when, and how: context-dependent functions of RNA methylation writers, readers, and erasers." Molecular cell 74.4 (2019): 640-650.
3.  Meyer, Kate D., and Samie R. Jaffrey. "Rethinking m6A readers, writers, and erasers." Annual review of cell and developmental biology 33 (2017): 319-342.
4.  Zhou, Chan, et al. "Genome-wide maps of m6A circRNAs identify widespread and cell-type-specific methylation patterns that are distinct from mRNAs." Cell reports 20.9 (2017): 2262-2276.
5.  Tang, Chong, et al. "m 6 A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells." Cell Research 30.3 (2020): 211-228.
6.  Meyer, Kate D., et al. "Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons." Cell 149.7 (2012): 1635-1646.