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 circRNA服务

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核糖体-新生肽链复合物测序(RNC-seq)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-09-24 | 198 次浏览 | 分享到:

核糖体-新生肽链复合物测序(Ribosome Nascent-chain Complex sequencingRNC-seq)是指对与核糖体结合的正在翻译的全长RNA进行测序,是除了ribo-seq外另一种常用的翻译组学研究技术。

RNC-seq可以进一步深化转录组研究,直接在翻译水平对应生物表型,可知哪些基因正在翻译,以及翻译起始效率;可通过翻译机制研究弥补转录组测序差异表达基因过多或过少的问题;同时也可以分析来源于circRNAlncRNAORF,预测可能翻译的circRNA,且较之 Ribo-seq 捕获的短片段具有更高的灵敏度,能更容易获得 circRNA 的信号

技术路线

DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

 

 样品要求

1.细胞样本,细胞量≥1*10^7

活细胞可直接寄送(限广州地区);细胞样本也可进行预处理后,液氮速冻后干冰运输。

2.组织样本,送样量≥100mg

组织样本采集后立即液氮速冻,干冰运输。

3.样本物种:人、大小鼠,特殊物种详询技术。

注:预处理方法详询技术。


生信分析内容

基础分析:

1 原始数据质控检查

2 比对结果质控检查

3 基于基因表达的样品主成分分析

4 差异基因表达及相关通路富集分析

5 circRNA预测及鉴定

6 circRNA差异分析

7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析

8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析

9 长链非编码RNA差异分析

高级分析:

1 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

2 circRNA及靶向miRNA网络调控制图

3 GSEA分析(针对mRNA基因)

4结合普通RNA-seq数据可分析翻译效率


案例展示

        A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma 

        NATURE COMMUNICATIONS2018DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

测序策略:RNA-seq + RNC-seq

该研究对人的正常细胞和胶质瘤细胞分别进行转录组测序(RNA-seq)及翻译组测序(RNC-seq),通过测序数据分析,总共识别了15189circRNA分子,其中7017个来自RNA-seq数据,12863个来自RNC-seq数据。对两组样本数据中显著差异表达的circRNA分子取交集,初步筛选出了320circRNA分子(图1)。由于大部分circRNACDS区域与其编码蛋白的母基因相同,为了排除假阳性数据的干扰,研究团队主要关注来源于非编码基因的10个候选circRNA分子。进一步通过蛋白编码能力预测发现了5个具有蛋白编码能力的circRNA分子。最终研究团队选择来源于LINC-PINT基因的circRNA进行后续研究。该circRNA可以编码一个87个氨基酸的多肽(图2),这个多肽可直接与聚合酶相关因子复合物(PAF1c)相互作用,抑制多癌基因的转录延伸。该多肽及其相应的circRNA表达水平在胶质母细胞瘤中较正常组织降低。研究结果证实了circRNA编码的肽段的存在及其在胶质母细胞瘤发生发展中的潜在功能。

1 两种测序显著差异表达的circRNA分子取交集


2 特异性抗体IP实验及LC-MS/MS分析鉴定PINT87aa多肽序列