标题摘要内容
 自主产品

自主产品
RNase R
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2018-03-29 | 4086 次浏览 | 分享到:

RNase R (Ribonuclease R)是一种来源于大肠杆菌RNR超家族的3’-5’核糖核酸外切酶,可从3’-5’方向将RNA逐步切割成二核苷酸和三核苷酸。RNase R可消化几乎所有的线性RNA分子,但不易消化环形RNA、套索结构或3’突出末端少于7个核苷酸的双链RNA分子。RNase R常用于基因表达和可变剪切研究,可消化线性RNA以使环形RNA (circRNA)或套索结构RNA (lariat RNA)得到富集。



产品规格

货号

试剂

规格

保存条件

R0301


RNase R(20U/μL)

500 U

-20℃

10X Reaction Buffer

1 mL



同类产品比较:


将10U RNase R加入到2.5μg total RNA中,于37℃孵育30min,之后直接进行电泳检测,结果显示RNase R+组28/18/5S条带变淡(不可见),表明RNase R对total RNA的消化作用。吉赛和公司e或公司a的RNase R对total RNA消化效果相当。



将10U RNase R加入到2.5μg total RNA中,于37℃孵育30min,之后进行RT-qPCR实验,结果显示RNase R+组β-actin和FGFR2的丰度都明显降低,表明RNase R可消化线性RNA。吉赛和公司e的RNase R对线性RNA消化效果相当,优于公司a的RNase R。

将10U RNase R加入到2.5μg total RNA中,于37℃孵育30min,之后进行RT-qPCR实验,结果显示RNase R+组hsa_circ_0007874和has_circ_0006404的丰度基本不变,表明环形RNA耐受RNase R的消化。吉赛和公司e或公司a的RNase R效果相当。

单位定义:

标准反应体系下,于37℃,10 min将1 μg poly(A)转化成酸溶核苷酸所需的酶量定义为一个活力单位(U)。

反应体系:
20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM KCl, 0.1 mM MgCl2, 37℃孵育。
注:1)RNase R在0.1-0.5 mM Mg2+存在时活性最高,反应中EDTA可能降低RNase R活性,此时可额外添加MgCl2使Mg2+浓度最高达到0.5 mM。2)孵育后可于70℃,10 min使酶灭活,再进行下游实验(如逆转录);也可不灭活,直接纯化后进行下游实验。

质量控制:
SDS-PAGE检测纯度>99%;Total RNA经RNase R消化后进行RT-qPCR检测,线性RNA丰度明显降低,环形RNA丰度基本不变。

应用实例:

1. Jeck WR, Sharpless NE. Detecting and characterizing circular RNAs. Nat Biotechnol. 2014; 32:453–61. 

文章介绍以“CircleSeq”鉴定外显子来源的circRNA。图A介绍将total RNA去除rRNA后一组加RNase R,另一对照组不加RNase R,同时进行高通量测序后分析数据。图B为ANRIL来源的外显子测序深度对比,RNase R处理组和对照组相比,线性的外显子被去除,而呈环形的外显子得到富集。




2. Rybak-Wolf, A. et al.. Circular RNAs in the mammalian brain are highly abundant, conserved, and dynamically expressed. Mol. Cell. 58, 870–885 (2015).


文章中将2μg total RNA进行RNase R消化,同时使用检测cricRNA和mRNA的探针进行Northern Blot实验,结果显示RNase R+组检测不到线性Gapdh或其他5个基因的mRNA,而circRNA可以检测到,表明mRNA被消化,而circRNA耐受消化。



3. Suzuki H et al.. Characterization of RNase R-digested cellular RNA source that consists of lariat and circular RNAs from pre-mRNA splicing. Nucleic Acids Res. 2006; 34(8), e63.


文章中将骨骼肌total RNA经RNase R消化后直接进行电泳,显示28S和18S条带变淡(不可见)。后经RT-PCR检测mRNA,在RNase R-样品中有条带,在RNase R+样品中无条带;经RT-PCR检测Lariat/Circular RNA,在RNase R-和RNase R+样品中都有条带,表明mRNA被消化,而Lariat/Circular RNA耐受消化。



参考文献:
1.Cheng ZF, Deutscher MP. J. Biol. Chem. 2002; 277:21624–21629.
2.Suzuki H et al.. Nucleic Acids Res. 2006; 34(8), e63.
3.Vincent HA, Deutscher MP. J Biol Chem. 2006 Oct 6; 281(40):29769-75.