真核生物mRNA测序的研究对象为特定细胞或组织在某一功能状态下转录出来的mRNA集合,通过oligo-dT磁珠捕获带polyA尾的RNA进行建库测序,也称为PolyA-Seq。可研究mRNA差异表达或检测结构变异,筛选与疾病或性状相关的分子标记;还可揭示转录组的复杂性,确定基因以及转录本结构、可变剪接、RNA编辑、带polyA尾的非编码RNA 和新转录本。目前已广泛应用于基础研究、分子育种、临床诊断和药物研发等领域。
技术路线
样品要求
样品类型:细胞、新鲜组织或完整性良好的Total RNA样品。
物种:真核生物(详询技术支持)
具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。
测序方案
测序模式 PE150
测序数据量 5Gb
生物信息分析内容
1 原始数据质控检查
2 比对结果质控检查
3 基于基因表达的样品主成分分析
4 差异基因表达分析
5 差异基因GO功能分析
6 差异基因通路分析
7 变异剪切分析 (40M pair end reads)
8 基因突变分析(40M pair end reads)
9 转录调控活性分析及通路互作分析