RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP )是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点。 RIP这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。
技术路线
图释:RIP-sequencing实验流程(Zhao et al. Mol Cell,2010)
样本要求
样品类型:RIP实验分离的RNA样品
物种:人、大小鼠(特殊物种详询技术支持)
具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。
测序方案
测序模式PE150
测序数据量10Gb
生物信息分析内容
1 原始数据质控检查
2 比对结果质控检查
3 测序reads全转录组分布图
4 富集基因的鉴定及定量
5 富集基因表达及相关通路分析
6 富集环状RNA的预测及鉴定
7 富集环状RNA宿主基因的通路分析
8 富集长链非编码RNA表达分析
吉赛生物NGS样本采集、保存、运输要求(2020年version2.2)