宏基因组(Metagenome)是环境中全部微小生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序,通过测序数据分析特定环境中微生物群体基因组成及功能,研究微生物多样性、种群结构、生物进化与环境之间的关系,解读微生物群体多样性与丰度,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质。
技术路线
样品要求
• 样品类型:Meta样品,如粪便、土壤等或Meta DNA样品。
• 物种:常见有参微生物(详询技术支持)
•具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录二。
测序方案
测序模式 PE150
测序数据量 5-10Gb
生物信息分析内容
基础分析
1 物种组成和丰度统计;
2 样品复杂度分析;
3 样品间物种丰度差异分析;
4 基因组组装;
5 基因组组分分析;
6 基因功能GO-COG注释;
7 基因功能KOG,KEGG注释;
高级分析
8 多样品显著相关因子分析;
9 与疾病相关的基因的深度分析;
10 菌群共生关系网络构建;
11 系统进化树构建;