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高通量测序
circRNA注释及功能预测
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-03-12 | 7283 次浏览 | 分享到:

circRNA 在各种生物中广泛表达,具有种属、组织、疾病及发育阶段相关的特异性,与各种疾病,尤其是恶性肿瘤的发生发展密切相关。circRNA不仅作为海绵吸附 miRNA 发挥生物学功能,同时还具有调控转录和转录后过程、可变剪接、编码蛋白以及充当蛋白诱饵等作用[1,2,3,4]。我们采用多种权威算法预测circRNA的全面功能,目前关于人类的circRNA基本注释及序列信息、miRNA结合预测、翻译蛋白预测、小鼠保守性预测、Cosmic突变和M6A甲基化修饰等资源已经整合到circBank数据库,欢迎大家使用。

 

Circbank数据库主要包含以下几方面功能:

1.circRNA基因全新命名;

2.circRNA基因基本特征注释信息;

3.circRNA序列检索提取功能;

4.circRNA结合miRNA预测;

5.circRNA翻译蛋白潜能的预测评估;

6.circRNA基因序列保守性分析结果;

7.circRNA转录后修饰信息;

网址:http://www.circbank.cn/

 

circbank数据库的引用格式可参照如下形式:Ming Liu, Qian Wang, Jian Shen, Burton B. Yang & Xiangming Ding (2019):circbank: a comprehensive database for circRNA with standard nomenclature, RNA Biology, DOI:10.1080/15476286.2019.1600395



 

 


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