广义的翻译组指的是直接参与翻译过程的所有元件,包括但不限于核糖体、正在翻译的mRNA、调控性RNA、新生肽链及各种翻译因子等;狭义的翻译组特指正在翻译的mRNA。核糖体印迹测序(ribosome profiling,或ribo-seq)是指对被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段进行深度测序分析,是目前研究翻译组学的主要技术手段之一。
技术路线
样品要求
样品类型:细胞或组织裂解产物。
物种:哺乳动物细胞或组织(有参考基因组且注释信息完整)
具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请咨询技术支持。
测序方案
测序模式 PE150
测序数据量 20Gb raw data
案例展示
人类心脏翻译组学研究
The Translational Landscape of the Human Heart
Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010 IF:36.216
测序策略:Ribo-seq & mRNA-seq
样本分组:80例心脏组织,65例心肌病,15例正常对照
图2 Ribo profiling分析可翻译的circRNA分子
1. 原始数据
2. 质量控制
3. 序列长度选择
4. 比对到参考基因组
5. Reads分布统计
6. 翻译/非翻译uORFs特征分析
7. TE翻译效率分析
8. 差异TE基因表达分析
9. 差异TE基因聚类分析
10. 差异TE基因GO/KEGG富集分析
注:Ribo-seq的翻译效率的分析需要结合RNA-seq的数据进行分析。
吉赛生物NGS样本采集、保存、运输要求(2020年version2.2)