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高通量测序
核糖体印迹测序技术（Ribo-seq）
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2019-08-15 | 5943 次浏览 | 分享到:

        广义的翻译组指的是直接参与翻译过程的所有元件，包括但不限于核糖体、正在翻译的mRNA、调控性RNA、新生肽链及各种翻译因子等；狭义的翻译组特指正在翻译的mRNA。核糖体印迹测序（ribosome profiling，或ribo-seq）是指对被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段进行深度测序分析，是目前研究翻译组学的主要技术手段之一。

技术路线




样品要求

        样品类型：细胞或组织裂解产物。

        物种：哺乳动物细胞或组织（有参考基因组且注释信息完整）

        具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请咨询技术支持。

测序方案

        测序模式 PE150

        测序数据量 20Gb raw data

案例展示

人类心脏翻译组学研究

        The Translational Landscape of the Human Heart

        Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010  IF：36.216

        测序策略：Ribo-seq & mRNA-seq

        样本分组：80例心脏组织，65例心肌病，15例正常对照


        本研究对65例扩张性心肌病（DCM）患者左心室心肌组织和15例正常对照者的左心室心肌组织进行mRNA测序（mRNA-seq）及核糖体印迹测序（ribo-seq），分析了DCM与健康对照组被翻译的RNA分子总体情况，结合之前一项心脏组织蛋白质组学的数据，系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF和对应的蛋白或多肽的总体信息。共发现1090个uORF、 20763个传统的ORF以及74个dORF。还包括了来自于169个lncRNA 的339个sORF（图1）。此外，本文通过分析ribo-seq数据中被核糖体捕获的circRNA接口序列找到了40个可翻译的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的条件是不少于9nt的跨接口碱基，在不少于3个样本且总Reads数不少于5个的才算有效的可翻译circRNA（图2）。 这40个circRNA来自39个基因，其中有6个circRNA的翻译产物在早期的蛋白质组学研究中有对应的质谱线索。40个circRNA中也不乏大家耳熟能详的明星分子，包括CDR1as等等。其中circCFLAR，circSLC8A1，circMYBPC3和circRYR2是首次发现的心肌中可被翻译的circRNA分子。



图1   心脏翻译组学研究概览

图2 Ribo profiling分析可翻译的circRNA分子

Ribo-seq实验及分析思路



Ribo-seq主要生信分析内容

        1. 原始数据

        2. 质量控制

        3. 序列长度选择

        4. 比对到参考基因组

        5. Reads分布统计

        6. 翻译/非翻译uORFs特征分析

        7. TE翻译效率分析

        8. 差异TE基因表达分析

        9. 差异TE基因聚类分析

        10. 差异TE基因GO/KEGG富集分析

        注：Ribo-seq的翻译效率的分析需要结合RNA-seq的数据进行分析。

吉赛生物NGS样本采集、保存、运输要求（2020年version2.2）

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