技术路线
样品要求
样品类型：细胞、新鲜组织、FFPE组织、血液或RNA样品。
物种：人、大小鼠（特殊物种详询技术支持）
具体样品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。
测序方案
测序模式 PE150
测序数据量 10Gb
生物信息分析内容
1 原始数据质控检查
2 比对结果质控检查
3 基于circRNA表达的样品主成分分析
4 circRNA预测及鉴定
5 circRNA差异分析
6 差异circRNA宿主基因的通路富集分析
7 差异circRNA的靶向miRNA预测分析
高级分析
1 circRNA及靶向miRNA网络调控制图
案例展示
1 人喉鳞状细胞癌中circRNA的RNA-seq表达谱
RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas
Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86
https://doi.org/10.1186/s12943-018-0833-x IF：6.204
测序策略：circRNA测序（RNase R+）
样本分组：10例，5例肿瘤组织（2例高分化，3例中分化），5例正常组织
人喉鳞状细胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮组织的恶性肿瘤，是头颈部肿瘤中恶性程度非常强的肿瘤，世界范围内每年发生率占比2.4%，近年内还有逐渐增加趋势。本研究主要关注circRNA在LSCC疾病中的表达情况。研究者选择10例LSCC患者临床组织标本（2例高分化、3例为中分化、 5例正常）进行RNA高通量测序，分析样本中circRNA表达情况。共鉴定出21444个circRNA，其中在LSCC样本中显著上调的circRNA 29个，显著下调circRNA 19个，进一步结合临床特征（高分化，中分化和正常）进行分类，将差异表达circRNA缩小到18个和5个（图1）。CircRNA-miRNA-mRNA调控网络预测分析，发现20个失调控circRNA与多种肿瘤相关的miRNA相关，信号通路KEGG富集分析发现，过氧化物酶体PPAR、轴突导向、Wnt和细胞周期通路与LSCC密切相关（图2）。随后的qPCR验证结果显示（图3），has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好区分LSCC标本和正常标本，表明circRNA可作为LSCC潜在的理想标志物。
图1 LSCC样本中circRNA差异表达谱
图2 CircRNA及靶向miRNA网络调控图与KEGG代谢通路富集分析
图3: hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648在10对LSCC肿瘤样本及正常样本中的Q-PCR验证