circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seq外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq生物医学大数据挖掘circRNA qPCR引物设计合成(1)circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-SeqcircRNA表观转录组T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seqcircRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA FISH探针合成circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务(右边模板)科研服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列(右边模板)产品中心
外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq
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常见问题

Exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质、脂质和各类核酸分子,尤其是miRNA和lncRNA。Exosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。吉赛生物提供外泌体提取试剂盒,能够快速分离提取exosome RNA进行建库测序,满足外泌体mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA的不同研究需求。

技术路线


测序方案

分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA

测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150测序

数据量10 Gb

分析对象miRNA

测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10 M reads









外泌体全转录组测序 |exo-RNA-seq(mRNA+lncRNA+circRNA)

基础分析

原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

基于基因表达的样品主成分分析

基因表达分析

circRNA预测及鉴定

长链非编码RNA的识别

高级分析

差异基因表达分析

差异基因GO功能分析

差异基因KEGG通路分析

差异基因Rectome通路分析

GSEA分析(针对mRNA基因)

circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的GO功能分析

差异circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差异circRNA宿主基因的Rectome通路分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图

长链非编码RNA的识别

长链非编码RNA差异分析

差异lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

差异lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

差异lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析


外泌体miRNA测序|exo-miRNA-seq

基础分析

原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查;

RNA种类分析统计

miRNA表达分析

基于miRNA表达的样品主成分分析;

miRNA差异分析;

差异 miRNA 靶基因预测

差异 miRNA 靶基因的GO功能分析

差异 miRNA 靶基因的KEGG通路分析

差异 miRNA 靶基因的Rectome通路分析

高级分析(可结合mRNA测序结果)

差异miRNA与差异表达基因调控分析

差异miRNA与差异表达基因网络绘图


Table1. 外泌体测序原始样本送样建议

送样类型

送样量

备注

细胞上清

≥30mL

无支原体污染

血清、血浆

≥4mL



Table2. 外泌体测序样本送样建议

送样类型

测序类型

送样量

完整性(RIN值)

浓度

纯度

血清血浆、细胞上清、外泌体RNA

exo-RNA-seq

≥20ng

/

/

无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

exo-miRNA-seq

≥10ng

/

/

*更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠等哺乳动物,拟南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等植物,详询销售或技术支持


Q1:外泌体全转录组测序,提取出来的RNA有100~200ng。是采用微量建库的方法建库,还是常规建库方法建库呢?

A1:如果提取出来的RNA量超过100ng,建议采用常规去rRNA链特异方法,用100ngRNA进行全转录组建库。相对来说,建库input的模板量越大,基因信息的覆盖度越高。微量建库方法是在样本量较少的情况下采用的建库方法,在可以的情况下,尽量采用常规建库方法进行实验。


Q2:外泌体研究,应选用血浆还是血清?

A2:血清是血液凝固之后收集的液体,其中少了纤维蛋白原,凝血因子,以及多了很多凝血产物。纤维蛋白原可转化为纤维蛋白,具有凝血功能。在凝血过程中血小板会分泌大量的外泌体,有研究发现血清中有接近50%的外泌体来自额外的分泌。

血浆=血液-血细胞

血清=血浆-纤维蛋白原-凝血因子

所以一般实验选择血浆,在特殊情况下,如研究与血小板相关的疾病的时候,血清更适合。


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