circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测circRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列原位杂交系列原位杂交系列
circRNA干扰实验
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针对circRNA的接头序列设计siRNA序列特异性敲低目的circRNA的表达对于每条选定的siRNA靶序列,设计正义链和反义链,以 loop9nt or 10nt相连,构建shRNA质粒直接转染或通过病毒包装后转染细胞,并对转染细胞进行阳性鉴定和转代细胞株的培养,最终实现对特定circRNA特异性敲低的作用。


81.png

针对circRNA circPAIP2进行siRNA敲低实验示意图

技术优势

1. shRNA载体转染效率高、操作简单、RNA沉默效果易于检测

2. 设计circRNA Divergent primers检测敲低circRNA的效率

3. 特异性敲低circRNA的表达,不影响亲本线性基因的表达


客户提供

1. mRNA/lncRNA需要提供基因名称(ID号)、种属;

2. circRNA需要提供基因名称(ID号)或者完整序列、种属。


交付标准

1. shRNA质粒3+1套餐3敲低效果,免费加做一个2 μg质粒+200 μL甘油菌

2. 对照质粒:2 μg质粒+200 μL甘油菌

3. 载体构建报告

4. 筛选验证报告(细胞转染+qPCR检测)



qPCR检测结果

1 NNN细胞中has_circ_000XXXX相对表达差异


Sample name

GAPDH

Average CT

hsa_circ_000XXXX

Average CT

2-ΔΔCT1

2-ΔΔCT2

2-ΔΔCT3

Average 2-ΔΔCT±SD

SEM

NNN-control

13.87±0.12

25.66±0.09

1.07

0.98

0.96

1±0.06

0.03

NNN-si-NC

13.9±0.07

25.68±0.1

1.03

1.06

0.93

1.01±0.07

0.04

NNN-si-1

13.83±0.11

26.36±0.08

0.56

0.6

0.63

0.6±0.03

0.02

NNN-si-2

13.79±0.16

26.53±0.05

0.5

0.51

0.54

0.52±0.02

0.01

NNN-si-3

13.84±0.08

27.21±0.08

0.33

0.36

0.32

0.34±0.02

0.01




1 NNN细胞中has_circ_000XXXX相对表达差异







1. circRNA 的沉默(干扰)怎么做?

基于RNAi技术对基因进行沉默,实验中一般设计合成靶标基因的siRNA,瞬转细胞后进行RT-PCR检测。

外显子来源的circRNA因为和mRNA有同样的外显子序列,在序列内部设计siRNA靶标无法保证特异性,因此只能针对junction位点处设计靶标序列,前后移动范围有限,siRNA通常很难设计。EiciRNA或者内含子来源的环形RNA,除了针对junction位点处设计靶标外,也可以尝试在内含子序列上设计。


2. 设计siRNA为什么不能连续G\C超过3个,连续A\T超过4个?

因为连续 3个以上的 G 和 C 可以降低双链 RNA 的内在稳定性,从而抑制 RNAi 作用;连续 4个以上的 U 和 A 可能终止由 RNA Polymerase III 介导的转录。siRNA 序列中的重复序列或回文结构可能形成发夹状结构,这种结构的存在可以降低 siRNA 的有效浓度和沉默效率。


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