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circRNA FISH探针合成
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常见问题

circRNA的亚细胞位置呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布,甚至某些circRNA具有独特的亚细胞位置,有可能是全新的亚细胞构成。运用FISH技术检测和定位circRNA,可以让研究者从多个角度去验证,使得实验更严谨、更具说服力。


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circRNA FISH成像结果


技术优势

1. 安全、快速、重复性好;

2. 特异性100%,灵敏度超过90%

3. 探针性能稳定,可低温保存1年以上;

4. 荧光信号强,结果判定直观可靠;

5. 操作简单,定位精准,无实验污染


客户提供

1. circRNAmiRNA名称(ID)、长度、序列、物种;

2. 指定标记探针方法(地高辛/生物素/荧光)或指定标记荧光(Cy3FITC);

3. mRNALncRNA指定具体转录本(例如NCBI编号NM_001126113.2)、miRNA指定5p或者3p。


交付标准

1. 2 OD的探针干粉;

2. 探针序列;

3. FISH检测试剂盒。

        荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization),简称FISH。 是利用荧光标记的特异核酸探针与细胞内相应的靶DNA分子或RNA分子杂交,通过在荧光显微镜或共聚焦激光扫描仪下观察荧光信号,来确定与特异探针杂交后被染色的细胞或细胞器的形态和分布,或者是结合了荧光探针的DNA区域或RNA分子在染色体或其他细胞器中的定位。


案例1

        2021年2月18日,广东医科大学徐军发教授和美国University of Illinois College of Medicine的Zheng W. Chen教授作为通讯作者在Clinical & Translational Immunology杂志上发表了一篇题为“Circular RNA TRAPPC6B inhibits intracellular Mycobacterium tuberculosis growth while inducing autophagy in macrophages by targeting microRNA-874-3p”的文章,揭示了环状RNA TRAPPC6B通过靶向miR-874-3p调控巨噬细胞自噬,发挥抗结核固有免疫的功能。


图1 miR-874-3p 被确定为 circTRAPPC6B 的靶标。


        本研究中,通过circinteractome,miRDB和RegRNA2三个工具预测分析表明miR-874-3p是circTRAPPC6B可能结合的miRNA。FISH分析发现circTRAPPC6B和miR-874-3p主要分布于巨噬细胞胞质,且存在共定位。双荧光素酶报告基因检测,RNA pull down实验分析进一步确认了circTRAPPC6B和miR-874-3p的结合。


案例2

图2 FISH 分析 hsa_circ_0004872 和 miR-224 在 GC 细胞中的亚细胞定位


        在本研究中,FISH 分析显示 hsa_circ_0004872 与 miR-224 共定位在 胃癌(GC) 细胞的细胞质中。结合双荧光素酶报告基因分析证实了 hsa_circ_0004872 和 miR-224 在 GC 细胞中的共定位和相互作用。并进一步通过其它多项实验证明hsa_circ_0004872 通过形成由 hsa_circ_0004872/miR-224/Smad4/ADAR1 组成的负调控环,在 胃癌(GC) 中充当肿瘤抑制因子。


参考文献

1. Luo HL, Pi J, Zhang JA, Yang EZ, Xu H, Luo H, Shen L, Peng Y, Liu GB, Song CM, Li KY, Wu XJ, Zheng BY, Shen HB, Chen ZW, Xu JF. Circular RNA TRAPPC6B inhibits intracellular Mycobacterium tuberculosis growth while inducing autophagy in macrophages by targeting microRNA-874-3p.
Clin Transl Immunology
2021 Feb 18;10(2):e1254.

2. Circular RNA hsa_circ_0004872 inhibits gastric cancer progression via the miR-224/Smad4/ADAR1 successive regulatory circuit.Mol Cancer. 2020 Nov 10; 19: 157








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图1 XXX细胞hsa_circ_00AAAAA FISH检测-40×10视野1

左上:hsa_circ_00AAAAA;右上:hsa-miR-***-3p;

左下:DAPI染色核定位;右下:Merged














1. FISH探针是DNA序列还是RNA序列探针?

FISH探针都是DNA单链探针,有的是单一末端标记,我司是两端标记荧光基团。有研究标明,DNA探针更有利于与靶基因杂交。


2. 在细胞状态不好时可以做FISH实验吗?

在细胞状态不好或者细胞量较少时,可以进行FISH定位。只是有些细胞核可能会有皱缩或弥散形态。






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