circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测circRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列原位杂交系列原位杂交系列
circRNA测序 | circRNA-seq
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常见问题

利用circRNARNase R的耐受性从而富集circRNA,去rRNA后进行链特异建库,采用Illumina平台对circRNA文库进行测序,通过生信分析得到circRNA的表达结果。



circRNA测序技术路线


测序方案

测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10 Gb raw data


人喉鳞状细胞癌中circRNA的RNA-seq表达谱

RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86(IF:6.204)

测序策略:circRNA测序(RNase R+)

样本分组:10例,5例肿瘤组织(2例高分化,3例中分化),5例正常组织


人喉鳞状细胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮组织的恶性肿瘤,是头颈部肿瘤中恶性程度非常强的肿瘤,世界范围内每年发生率占比2.4%,近年内还有逐渐增加趋势。本研究主要关注circRNA在LSCC疾病中的表达情况。研究者选择10例LSCC患者临床组织标本(2例高分化、3例为中分化、 5例正常)进行RNA高通量测序,分析样本中circRNA表达情况。共鉴定出21444个circRNA,其中在LSCC样本中显著上调的circRNA 29个,显著下调circRNA 19个,进一步结合临床特征(高分化,中分化和正常)进行分类,将差异表达circRNA缩小到18个和5个(图1)。CircRNA-miRNA-mRNA调控网络预测分析,发现20个失调控circRNA与多种肿瘤相关的miRNA相关,信号通路KEGG富集分析发现,过氧化物酶体PPAR、轴突导向、Wnt和细胞周期通路与LSCC密切相关(图2)。随后的qPCR验证结果显示(图3),has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好区分LSCC标本和正常标本,表明circRNA可作为LSCC潜在的理想标志物。




1 LSCC样本中circRNA差异表达谱


2 CircRNA及靶向miRNA网络调控图与KEGG代谢通路富集分析

3 hsa_circ:chr20:31876585–31,897,64810LSCC肿瘤样本及正常样本中的Q-PCR验证



生物信息分析

基础分析

原始数据质控检查

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

circRNA预测及鉴定

circRNA序列预测

基于circRNA表达的样品主成分分析


高级分析

circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的GO功能分析

差异circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差异circRNA宿主基因的Rectome通路分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图


部分结果展示

图1:根据不同的基因组位点外显子、内含子、反义、基因内和基因间对表达差异显著的circRNA进行分类


2:绘制火山图Circos图揭示每个circRNA在人类染色体上的位置


3热图火山图分析circRNA的表达差异倍数



Table.circRNA-seq原始样本送样建议

送样类型

送样量

备注

细胞 (细胞数)

≥1*10^6

无支原体污染

动物组织

≥100mg


植物组织

≥100mg


全血

≥4mL


FFPE

8-10片,未染色,厚度10μm



Table.circRNA-seq RNA样本送样建议

送样类型

送样量

完整性(RIN值)

浓度

其他

纯度

total RNA(组织、细胞、全血等)

≥4ug

≥7

≥100ng/μl


无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

FFPE组织RNA

≥4ug

≥3

/

DV200>30%

*更具体的送样方法请咨询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠等哺乳动物,拟南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等植物,其他物种详询销售或技术支持


Q1:circRNA测序与全转录组测序有什么不同?

A1全转录组测序采用去rRNA链特异性的建库方式,数据分析内容包含了mRNAlncRNAcircRNA全部信息,数据质量较好。CircRNA测序采用去rRNA去线性链特异性的建库方式,通过RNase R 消化线性RNA从而富集circRNA,对建库起始量要求较高(一般大于2μg),测序数据质量较全转录组稍差,但可将circular junction reads数提高10倍以上,更适合专注circRNA研究的项目。


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