circRNA技术服务
高通量测序服务
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通过oligo-dT磁珠捕获带polyA尾的RNA进行建库测序,可研究mRNA差异表达或检测结构变异,筛选与疾病或性状相关的分子标记,还可揭示转录组的复杂性,确定基因以及转录本结构、可变剪接、RNA编辑、带polyA尾的非编码RNA和新转录本。 mRNA测序技术路线 测序方案 上机平台:Illumina Novaseq 6000 测序模式:PE150 测序数据量:5 Gb raw data 生物信息分析 原始数据质控检查 比对结果质控检查 基因覆盖度分析 基于基因表达的样品主成分分析 基因表达分析 差异基因表达分析 差异基因GO功能分析 差异基因KEGG通路分析 差异基因Rectome通路分析 针对mRNA基因的GSEA分析 可选分析 可变剪切分析(测序数据量为12Gb) 部分结果展示 图1.差异表达基因热图展示 图2.差异表达基因KEGG通路富集图展示 图3. mRNA的GSEA分析毛毯图展示 图4. 单个可变剪切事件sashimi plot 图5. 可变剪切事件数目统计展示 Table1. mRNA-seq原始样本送样建议
Table2. mRNA-seq RNA样本送样建议
*更具体的送样方法请咨询销售或技术支持 物种范围:人、小鼠、大鼠,拟南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等真核生物,其他物种详询销售或技术支持 Q1:所有真核生物都能做mRNA测序吗? A1:真核生物mRNA含有poly-A尾,我们目前常用于富集真核生物mRNA的方法就是采用附着poly-T oligo的磁珠从total RNA 中抓取mRNA,进行建库测序。所以理论上说,所有的真核生物都能进行mRNA测序。 如果是非常规物种,建议客户提供物种的拉丁名,进行评估,如物种参考基因组的注释信息足够开展分析,是可以做的。
Q2:为什么mRNA测序对RNA的完整性要求比全转录组测序的高? A2:mRNA测序建库是用磁珠捕获带polyA尾的RNA(大部分是mRNA)进行建库的,如果RNA的完整性较差,部分mRNA降解,polyA尾断开,能捕获到的mRNA相对完整性好的样本要少,基因的覆盖度相对就较差。因此对RNA的完整性要求更高。
Q3:mRNA-seq 是否可以检测非编码 RNA? A3:mRNA-seq 主要捕获带有 poly(A) 尾巴的 RNA 分子,因此,所有带有 poly(A) 尾巴的分子理论上只要在细胞中表达都有可能被检测到,主要包括:1)mRNA;2)带 poly(A) 尾的 lncRNA。 |