生物信息分析

原始数据质控检查

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

基于基因表达的样品主成分分析

基因表达分析

差异基因表达分析

差异基因GO功能分析

差异基因KEGG通路分析

差异基因Rectome通路分析

针对mRNA基因的GSEA分析

可选分析

可变剪切分析（测序数据量为12Gb）

部分结果展示

图1.差异表达基因热图展示

图2.差异表达基因KEGG通路富集图展示

图3. mRNA的GSEA分析毛毯图展示

图4. 单个可变剪切事件sashimi plot

图5. 可变剪切事件数目统计展示

Table1. mRNA-seq原始样本送样建议

Table2. mRNA-seq RNA样本送样建议

*更具体的送样方法请咨询销售或技术支持

物种范围：人、小鼠、大鼠，拟南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等真核生物，其他物种详询销售或技术支持

Q1：所有真核生物都能做mRNA测序吗？

A1：真核生物mRNA含有poly-A尾，我们目前常用于富集真核生物mRNA的方法就是采用附着poly-T oligo的磁珠从total RNA 中抓取mRNA，进行建库测序。所以理论上说，所有的真核生物都能进行mRNA测序。

如果是非常规物种，建议客户提供物种的拉丁名，进行评估，如物种参考基因组的注释信息足够开展分析，是可以做的。

Q2：为什么mRNA测序对RNA的完整性要求比全转录组测序的高？

A2：mRNA测序建库是用磁珠捕获带polyA尾的RNA（大部分是mRNA）进行建库的，如果RNA的完整性较差，部分mRNA降解，polyA尾断开，能捕获到的mRNA相对完整性好的样本要少，基因的覆盖度相对就较差。因此对RNA的完整性要求更高。

Q3：mRNA-seq 是否可以检测非编码 RNA？

A3：mRNA-seq 主要捕获带有 poly(A) 尾巴的 RNA 分子，因此，所有带有 poly(A) 尾巴的分子理论上只要在细胞中表达都有可能被检测到，主要包括：1）mRNA；2)带 poly(A) 尾的 lncRNA。