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小RNA测序 | miRNA-seq
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送样建议
常见问题

RNA主要包括miRNAsiRNAsnoRNApiRNA等,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。由于小RNA测序技术的应用,越来越多的miRNA被发现和鉴定并广泛应用于疾病诊断、个性化治疗和预后等领域。


图片1.png

RNA测序技术路线

测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10 M raw reads








生物信息分析

基础分析

原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查;

RNA种类分析统计

miRNA表达分析

基于miRNA表达的样品主成分分析;

miRNA差异分析;

差异 miRNA 靶基因预测

差异 miRNA 靶基因的GO功能分析

差异 miRNA 靶基因的KEGG通路分析

差异 miRNA 靶基因的Rectome通路分析


高级分析(可结合mRNA测序结果)

差异miRNA与差异表达基因调控分析

差异miRNA与差异表达基因网络绘图


部分结果展示

1外泌体中共表达和特异性表达的miRNAs维恩图


2火山图展示HFD-exosNCD-exos的表达差异倍数


3miRNA靶基因网络图




Table1. miRNA-seq原始样本送样建议

送样类型

送样量

备注

细胞上清

≥30mL

无支原体污染

血清、血浆

≥4mL


Table2. miRNA-seq RNA样本送样建议

送样类型

送样量

完整性(RIN值)

浓度

其他

纯度

total RNA

≥1μg

≥7

≥100ng/μl


无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

血清血浆、细胞上清、外泌体RNA

≥40ng

/

/

DV200>30%

FFPE组织RNA

≥4μg

≥3

/

DV200>30%

RIP RNA、pulldown RNA

≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库

/

/


*更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠等物种,其余物种请详询销售或技术支持








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