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核糖体印迹测序 | Ribo-seq
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广义的翻译组指直接参与翻译过程的所有元件,包括但不限于核糖体、正在翻译的mRNA、调控性RNA、新生肽链及各种翻译因子等;狭义的翻译组特指正在翻译的mRNARibo-seq是指对被核糖体保护的30nt左右的mRNA片段进行深度测序分析,是目前研究翻译组学的主要技术手段之一。

25 Ribo-seq.jpg

核糖体印迹测序技术路线

测序方案

测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150
测序数据量100 M raw reads


人类心脏翻译组学研究

The Translational Landscape of the Human Heart

Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010(IF:36.216)

测序策略:Ribo-seq & mRNA-seq

样本分组:80例心脏组织,65例心肌病,15例正常对照


        本研究对65例扩张性心肌病(DCM)患者左心室心肌组织和15例正常对照者的左心室心肌组织进行mRNA测序(mRNA-seq)及核糖体印迹测序(ribo-seq),分析了DCM与健康对照组被翻译的RNA分子总体情况,结合之前一项心脏组织蛋白质组学的数据,系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF和对应的蛋白或多肽的总体信息。共发现1090个uORF、 20763个传统的ORF以及74个dORF。还包括了来自于169个lncRNA 的339个sORF(图1)。此外,本文通过分析ribo-seq数据中被核糖体捕获的circRNA接口序列找到了40个可翻译的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的条件是不少于9nt的跨接口碱基,在不少于3个样本且总Reads数不少于5个的才算有效的可翻译circRNA(图2)。这40个circRNA来自39个基因,其中有6个circRNA的翻译产物在早期的蛋白质组学研究中有对应的质谱线索。40个circRNA中也不乏大家耳熟能详的明星分子,包括CDR1as等等。其中circCFLAR,circSLC8A1,circMYBPC3和circRYR2是首次发现的心肌中可被翻译的circRNA分子。


Figure1. 心脏翻译组学研究概览


Figure2. Ribo profiling分析可翻译的circRNA分子




生物信息分析

基础分析

原始数据质控检查

比对结果质控

reads 在基因组上的分布分析

基因覆盖度分析

翻译图谱刻画:P-site定义确认

翻译图谱刻画:ORFs统计与对应的氨基酸序列分析


高级分析

翻译组差异基因表达分析

翻译组差异基因GO功能分析

翻译组差异基因KEGG通路分析

翻译组差异基因Rectome通路分析

circRNA翻译事件识别分析

翻译组差异circRNA宿主基因GO功能分析

翻译组差异circRNA宿主基因KEGG通路分析

翻译组差异circRNA宿主基因Rectome通路分析

翻译组差异circRNA的靶向miRNA预测分析

翻译组差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图

差异circRNA翻译潜能预测分析


个性化分析

TE翻译效率分析

差异TE基因表达分析

差异TE基因聚类分析

差异TE基因GO/KEGG富集分析


部分结果示例

图1. P-site 评估样图


2. ORF类型数量统计图


3. Riboseq差异表达基因的火山图


Table1. Ribo-seq原始样本送样建议


送样类型

送样量

备注

细胞(细胞数)

≥1*10^7

无支原体污染

动物组织

≥200mg

 

植物组织

≥200mg

 


*翻译组测序的细胞样本处理方法和转录组测序不一样,具体处理、保存和运输方法请咨询技术支持。


物种范围:人、小鼠、大鼠,其他物种请详询销售或技术支持










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