A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma

NATURE COMMUNICATIONS（2018），DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

测序策略：RNA-seq + RNC-seq

该研究对人的正常细胞和胶质瘤细胞分别进行转录组测序（RNA-seq）及翻译组测序（RNC-seq），通过测序数据分析，总共识别了15189个circRNA分子，其中7017个来自RNA-seq数据，12863个来自RNC-seq数据。对两组样本数据中显著差异表达的circRNA分子取交集，初步筛选出了320个circRNA分子（图1）。由于大部分circRNA的CDS区域与其编码蛋白的母基因相同，为了排除假阳性数据的干扰，研究团队主要关注来源于非编码基因的10个候选circRNA分子。进一步通过蛋白编码能力预测发现了5个具有蛋白编码能力的circRNA分子。最终研究团队选择来源于LINC-PINT基因的circRNA进行后续研究。该circRNA可以编码一个87个氨基酸的多肽（图2），这个多肽可直接与聚合酶相关因子复合物(PAF1c)相互作用，抑制多癌基因的转录延伸。该多肽及其相应的circRNA表达水平在胶质母细胞瘤中较正常组织降低。研究结果证实了circRNA编码的肽段的存在及其在胶质母细胞瘤发生发展中的潜在功能。

Figure1. 两种测序显著差异表达的circRNA分子取交集

Figure2. 特异性抗体IP实验及LC-MS/MS分析鉴定PINT87aa多肽序列

生物信息分析

基础分析

原始数据质控检查

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

基于基因表达的样品主成分分析

基因表达分析

差异基因表达分析

差异基因GO功能分析

差异基因KEGG通路分析

差异基因Rectome通路分析

针对mRNA基因的GSEA分析

circRNA预测及鉴定

circRNA差异分析

差异circRNA宿主基因的GO功能分析

差异circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差异circRNA宿主基因的Rectome通路分析

差异circRNA的靶向miRNA预测分析

差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图

长链非编码RNA的识别

长链非编码RNA差异分析

差异lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

差异lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

差异lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析

高级分析

circRNA翻译潜能预测分析

翻译效率分析

*可选择只测circRNA的方法步骤进行实验，详询技术支持

部分结果示例

图1. RNC-seq差异表达基因热图展示

图2. RNC-seq差异表达circRNA的KEGG通路富集图展示

图3. RNC-seq的circRNA-miRNA网络图展示

Table1. RNC-seq原始样本送样建议

*翻译组测序的细胞样本处理方法和转录组测序不一样，具体处理、保存和运输方法请咨询技术支持。

物种范围：人、小鼠、大鼠，其他物种请详询销售或技术支持