circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测circRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列原位杂交系列原位杂交系列
10×Visium空间转录组测序
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送样建议
常见问题

组织切片的细胞中会释放出mRNA,通过poly-T捕获带有poly-AmRNA,迁移到每个spotmRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并测序。最后,根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。

47 10×Visium空间转录组测序.png

10×Visium空间转录组测序技术路线

测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量≥50 k reads pairs per spot







生物信息分析

原始序列数据

测序数据质量评估过滤

Spot质控

数据比对

数据标准化

Spot聚类分群

Spot亚群分析

Marker分析

细胞类型鉴定

解剖区域注释

细胞通讯分析

样本间差异分析

注释区域间差异分析


部分结果示例

图1.Spot聚类与图像整合


图2.小鼠大脑空间分辨率的基因表达模式图



图3.图1小鼠肾脏空间转录组的mRNA表达及聚类图



Table.空间转录组原始样本送样建议

送样类型

送样量

备注

新鲜组织

OCT冷冻包埋送样;组织大小建议6.5mm^3

包埋模具上表明组织的方向,以便后续确认切片方向

FFPE

包埋组织大小建议6.5mm^3

DV200>50%

*皮肤、胰腺以及骨头组织暂时不适进行空间转录组测序,更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠,其他物种请咨询销售或技术支持








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