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10×Visium空间转录组测序
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送样建议
常见问题

组织切片的细胞中会释放出mRNA,通过poly-T捕获带有poly-AmRNA,迁移到每个spotmRNA会被标记上相应的barcode序列,然后进行文库构建并测序。最后,根据数据的条形码信息对数据进行分析,以确定哪些数据来自哪个位置,从而实现空间基因表达的可视化。

47 10×Visium空间转录组测序.png

10×Visium空间转录组测序技术路线

测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量≥50 k reads pairs per spot







生物信息分析

原始序列数据

测序数据质量评估过滤

Spot质控

数据比对

数据标准化

Spot聚类分群

Spot亚群分析

Marker分析

细胞类型鉴定

解剖区域注释

细胞通讯分析

样本间差异分析

注释区域间差异分析


部分结果示例

图1.Spot聚类与图像整合


图2.小鼠大脑空间分辨率的基因表达模式图



图3.图1小鼠肾脏空间转录组的mRNA表达及聚类图



Table.空间转录组原始样本送样建议

送样类型

送样量

备注

新鲜组织

OCT冷冻包埋送样;组织大小建议6.5mm^3

包埋模具上表明组织的方向,以便后续确认切片方向

FFPE

包埋组织大小建议6.5mm^3

DV200>50%

*皮肤、胰腺以及骨头组织暂时不适进行空间转录组测序,更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠,其他物种请咨询销售或技术支持








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