circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测circRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列原位杂交系列原位杂交系列
RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq
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常见问题

运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。


52 RIP测序.png

RNA免疫共沉淀测序技术路线


测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10 Gb raw data


生物信息分析

原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

基于基因表达的样品主成分分析

富集基因表达分析

富集基因GO功能分析

富集基因KEGG通路分析

富集基因Rectome通路分析

富集环状RNA的预测及鉴定

富集circRNA宿主基因的GO功能分析

富集circRNA宿主基因的KEGG通路分析

富集circRNA宿主基因的Rectome通路分析

富集circRNA的靶向miRNA预测分析

富集circRNA及靶向miRNA网络调控制图

富集长链非编码RNA表达分析

富集lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

富集lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

富集lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析


部分结果示例

图1. 富集基因的GO功能分析展示


2. 富集lncRNA的Reactome通路分析展示


3. 富集circRNA-miRNA网络图展示


Table1. RIP-seq RNA样本送样建议

送样类型

送样量

完整性(RIN值)

浓度

纯度

RIP RNA

≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库

/

/

无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

*更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠,其余物种请详询销售或技术支持








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