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RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq
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送样建议
常见问题

运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA,再通过高通量测序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量测序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。


52 RIP测序.png

RNA免疫共沉淀测序技术路线


测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10 Gb raw data


生物信息分析

原始数据质控检查(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查

基因覆盖度分析

基于基因表达的样品主成分分析;

富集基因表达分析;

富集基因GO功能分析

富集基因KEGG通路分析

富集基因Rectome通路分析

富集环状RNA的预测及鉴定;

富集circRNA宿主基因的GO功能分析

富集circRNA宿主基因的KEGG通路分析

富集circRNA宿主基因的Rectome通路分析

富集circRNA的靶向miRNA预测分析

富集circRNA及靶向miRNA网络调控制图

富集长链非编码RNA表达分析;

富集lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

富集lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

富集lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析


部分结果示例

图1. 富集基因的GO功能分析展示


2. 富集lncRNA的Reactome通路分析展示


3. 富集circRNA-miRNA网络图展示


Table1. RIP-seq RNA样本送样建议

送样类型

送样量

完整性(RIN值)

浓度

纯度

RIP RNA

≥200ng,如≤10ng,则采用微量建库

/

/

无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

*更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠,其余物种请详询销售或技术支持








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