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染色质免疫共沉淀测序技术 | ChIP-seq
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常见问题

通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联释放结合蛋白的DNA片段,最后对目的DNA片断进行纯化与文库构建,通过高通量测序的方法获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

56 ChIP测序.png

染色质免疫共沉淀测序技术路线

测序方案
测序平台Illumina Novaseq 6000

测序模式PE150

测序数据量10Gb raw data


生物信息分析

基础分析

测序数据质量评估(碱基质量评估,序列质量评估)

比对结果质控检查

测序reads全基因组分布图

结合峰peak鉴定

结合峰基因元件分布可视化

富集peakmotif分析


高级分析(有不同处理条件分组样本)

差异结合峰检测分析

差异结合峰相关基因GO功能富集分析

差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析

差异结合峰相关基因Reactome通路分析


部分结果示例


图片1.png

图1. peak 在转录起始位点上下游 3kb 的平均覆盖度


2. peak 在染色体上的分布图


3. De novo motif 分析结果



Table1.ChIP-seq DNA样本送样建议

送样类型

送样量

浓度

纯度

ChIP DNA/ChIRP DNA

≥20ng

≥0.2ng/μl

无蛋白污染

*更具体的送样方法请详询销售或技术支持

物种范围:人、小鼠、大鼠,其他物种请详询销售或技术支持








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