circRNA qPCR引物设计circRNA qPCR检测circRNA表达分析circRNA过表达实验circRNA干扰实验细胞功能实验慢病毒包装circRNA功能分析T系列-circRNA翻译验证R系列-IRES活性检测circRNA翻译-验证研究circRNA注释及功能预测circRNA荧光素酶报告检测circRNA RIP实验circRNA pull-down实验circRNA相互作用组学研究circRNA FISH探针合成circRNA定位分析circRNA全长纳米孔测序 | ONT circRNA full-length Sequencin三代测序全转录组测序 | RNA-seqcircRNA测序 | circRNA-seqmRNA测序 | mRNA-seq小RNA测序 | miRNA-seq转录组学研究核糖体印迹测序 | Ribo-seq核糖体-新生肽链复合物测序 | RNC-seq翻译组学研究RNA m6A甲基化测序 | MeRIP-Seq染色质开放性测序 | ATAC-seq表观组学研究10×Visium空间转录组测序空间转录组学研究外泌体RNA测序 | Exosome RNA-seq外泌体提取及鉴定外泌体研究RNA免疫共沉淀测序 | RIP-seq染色质免疫共沉淀测序 | ChIP-seq核酸蛋白互作研究微生物宏基因组测序 | Metagenomics Sequencing基因组学研究生物医学大数据挖掘分析circRNA定制化分析及绘图常规组学及多组学联合分析单细胞测序数据生信分析生物信息学分析服务RNase RcircRNA qRT-PCR试剂盒circRNA检测circRNA过表达系列circRNA过表达载体系列血液基因组DNA提取试剂盒全血RNA提取试剂盒细胞RNA提取试剂盒核酸提取与纯化RNA pull-down试剂盒RIP试剂盒T7转录试剂盒(生物素标记)分子互作系列外泌体提取试剂盒Taqman探针法支原体检测试剂盒(UNG防污染版)支原体检测核糖体RNA去除试剂盒(人/大鼠/小鼠)核糖体RNA去除试剂盒(植物)RNA-seq文库构建试剂盒RNA建库接头试剂DNA磁珠RNA磁珠高通量测序系列circRNA标准品系列CircLucT7耐高温高产量RNA合成试剂盒环状RNA合成试剂盒T4 RNA连接酶1T4 RNA连接酶2circRNA制备系列原位杂交系列原位杂交系列
R系列-IRES活性检测
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IRES验证载体示意图

R1Empty VectorLuc2空载体

Luc2报告载体是基于海肾荧光素酶(Renilla Luciferase, R-Luc)和萤火虫荧光素酶(Firefly Luciferase, F-Luc)的cap-independent translation报告载体,R-Luc5’ m7G帽子结构介导翻译起始,F-Luc只在插入有IRESInternal Ribosome Entry Site)活性的序列或能介导翻译起始的序列时可以翻译。Luc2空载体含有多克隆酶切位点,命名为Luc2-IRES- Report


R2EMCV IRES插入EMCV IRES序列的Luc2报告载体阳性对照

Luc2阳性对照载体含有EMCV IRES序列,命名为Luc2-EMCV-IRES-Report


R3IRES插入预测IRES序列的Luc2报告载体

使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入预测的IRES序列全长。


R4IRES-Del1插入预测IRES前半部分序列的Luc2报告载体

使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入部分预测的IRES序列(已删除后半部分)。


R5IRES-Del2 (插入预测IRES后半部分序列的Luc2报告载体)

使用Luc2-IRES-Report载体进行构建,插入部分预测的IRES序列(已删除前半部分)。


客户提供

circRNA名称(ID)、物种&已预测的IRES序列信息及序列删减要求信息。


交付标准

每个载体提供2 μg质粒,200 μL甘油菌



我们都知道,经典的翻译要依赖于m7G帽子结构,而环状的结构让 circRNA 只能通过非经典的方式启动翻译,包括通过 IRES(Internal Ribosome Entry Site)介导 circRNA 的翻译起始。

案例1:


2019年12月21日,俄克拉荷马大学Chuanbin Mao和上海第四人民医院/长海医院刘善荣教授为共同通讯作者在ADVANCED SCIENCE (IF= 15.804)杂志上发表了一篇题为“Circ-MALAT1 Functions as Both an mRNA Translation Brake and a microRNA Sponge to Promote Self-Renewal of Hepatocellular Cancer Stem Cells”的文章,报道在肝癌肿瘤干细胞(CSC)中发现了高表达的环状RNA,circ-MALAT1。该分子通过两种方式发挥功能:一方面,circ-MALAT1通过海绵miRNA(miR-6887-3p)上调癌基因(JAK2)和增加磷酸化JAK2,增强JAK2/STAT3信号通路,从而积极地促进CSC的自我更新:另一方面,circ-MALAT1可以通过抑制mRNA翻译过程,直接抑制PAX5 mRNA的翻译,这种mRNA Translation Brake是一种全新的circRNA功能机制形式,值得关注([1])。



图1 circ-MALAT1作为mRNA Brake抑制PAX5翻译

本文研究中,circ-MALAT1上有两个IRES和一个含有11个碱基的区域。RIP、qRT-PCR、RNA pull down、IRES和11个碱基突变实验证实了circ-MALAT1分别通过IRES和11个碱基与核糖体和PAX5 mRNA 形成三元复合物来阻止PAX5的翻译,并且这种结合具有序列特异性。

案例2:


金哲教授(深圳大学),秦颖副主任医师(深圳市第二人民医院)和Song Li(深圳市科技发展交流中心)共同通讯在Mol Cancer发表文章A novel protein AXIN1-295aa encoded by circAXIN1 activates the Wnt/β-catenin signaling pathway to promote gastric cancer progression。研究发现,相比于相邻正常胃组织,circAXIN1在GC组织中高表达。CircAXIN1编码一种295个氨基酸(aa)的新蛋白质,命名为AXIN1-295aa。

本文研究中,作者对五对GC样本进行高通量测序,差异表达的circAXIN1被提示编码一种新的蛋白质。CircAXIN1编码一种新的蛋白质AXIN1-295aa。如图1所示,作者分别使用在过表达载体中插入Flag标签以及插入EMCV IRES序列的Luc2报告载体两种方式,验证了circAXIN1的翻译。(T系列和R系列circRNA翻译验证载体由广州吉赛生物提供)。



图2. CircAXIN1编码AXIN1-295aa的验证



参考文献:

1.   Circ-MALAT1 Functions as Both an mRNA Translation Brake and a microRNA Sponge to Promote Self-Renewal of Hepatocellular Cancer Stem Cells. Adv Sci (Weinh), 2020. 7(4): p. 1900949.

2. A novel protein AXIN1-295aa encoded by circAXIN1 activates the Wnt/β-catenin signaling pathway to promote gastric cancer progression. Mol Cancer .2021 Dec 4;20(1):158.

过表达载体构建及鉴定

以PCR扩增hsa_circ_00AAAA IRES全长***bp序列,以BamHI,EcoRI双酶切连接到Luc2-IRES-Report中。


图1   Luc2-IRES-Report载体图谱


载体测序引物:Luc-seqF: CAGGAGGACGCTCCAGATGA

测序峰图正常,无杂峰或叠带,序列对比吻合,表明IRES目的序列成功插入Luc2-IRES-Report中,载体构建成功。










R系列载体活性检测原理简介:

    报告载体质粒转染细胞,检测 F-Luc和R-Luc活性,以F-Luc/R-Luc的值判断序列的IRES活性。


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