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Ribomoval rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2020-11-10 | 2247 次浏览 | 分享到:



产品简介
RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) 采用RNase H消化法去除人、小鼠和大鼠Total RNA中的核糖体RNA(包括28S、18S、5.8S、5S和线粒体rRNA 16S、12S),保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等)。本试剂盒对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA和非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例。

原理示意图



适用范围
适用于人、小鼠或大鼠来源的0.1~1 μg Total RNA样本。

运输与保存
-30℃~ -15℃保存。干冰运输。

产品特点
样品广泛:对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。
高效去除:可有效去除人/小鼠/大鼠的95%-99.9%的rRNA。
数据全面:保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等),使转录组数据更加全面。

产品组分

注:试剂盒中各组分试剂按照标注体积的110%提供。
注意事项
1、为保证rRNA去除效率, RNA样品不应含有盐离子 (例如Mg2+或胍盐) 和有机物 (例如苯酚和乙醇)。
2、RNA样品不应有基因组DNA污染,若样品中有gDNA残留,应先进行DNase I消化并纯化后再用于本试剂盒。
3、RNA样品最大投入体积为10 μL,若样品体积较大,可先进行RNA样品浓缩。
4、用于RNA-Seq的样品,建议TotalRNA起始量应高于100 ng,以增加文库的复杂性。


案例展示
研究一、qPCR检测RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Geneseed) 对rRNA去除效果
实验各取三份1 μg Human/Mouse/Rat total RNA样品,用Ribomoval rRNA Depletion Kit及K company试剂盒进行rRNA去除对比研究,然后采用qPCR方法对rRNA去除前后的rRNA和mRNA基因的表达量进行检测。

1、RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Geneseed) 去除rRNA效果显著


图1  qPCR检测rRNA表达量的变化

图1显示Human/Mouse/Rat total RNA样品经Ribomoval rRNA Depletion Kit去除rRNA后,其rRNA基因的表达量CT值显著大于未经rRNA去除的,Ribomoval rRNA Depletion Kit去除rRNA效果显著,去除效率可高达99.99%。同时与K company试剂盒对比,Ribomoval rRNA Depletion Kit去除rRNA效果更优。

2、RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Geneseed) 对mRNA无影响


图2  qPCR检测GAPDH表达量的变化

图2显示Human/Mouse/Rat total RNA样品经Ribomoval rRNA Depletion Kit有效去除rRNA的过程未影响mRNA(GAPDH为mRNA管家基因),去除rRNA后样本的GAPDH基因表达量CT值与未去除rRNA样本的基本不变,说明rRNA被去除,而mRNA被保留。同时mRNA在Ribomoval rRNA Depletion Kit及 K company试剂盒处理下的稳定性相当。

研究二、核酸分析仪验证RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Geneseed) 对rRNA去除效果


图3 Human/Mouse/Rat样本核酸分析仪的质检结果

图3展示 ( 由上到下) 分别是Human/Mouse/Rat total RNA样品进行rRNA去除后的28S、18S和5S的峰图与total RNA进行对比,说明Ribomoval rRNA Depletion Kit可去除几乎所有的rRNA,去除效果显著。

研究三、高通量测序验证RibomovalTM rRNA Depletion Kit (Geneseed) 对rRNA去除效果
实验各取三份1 μg和0.1 μg Human/Mouse/Rat total RNA,用Ribomoval rRNA Depletion Kit及K company试剂盒进行rRNA去除对比研究,对未进行rRNA去除与rRNA去除后的样品构建文库测序,然后与其基因组数据库进行对比。


图4 rRNA残留率比较图

图4 显示Ribomoval rRNA Depletion Kit对1 μg 和0.1 μg Human/Mouse/Rat total RNA中的rRNA均有显著去除效果。同时与K company试剂盒对比,Ribomoval rRNA Depletion Kit的rRNA残留率更低,去除效果更优。

通过以上的研究对比分析可以看出,RibomovalTM rRNA Depletion Kit的整体性能优于市面上的主流产品,对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA和非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例,是RNA文库构建中去除rRNA的优选。
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