标题摘要内容
 自主产品

自主产品
新品上市 | 植物样品RNA-seq“新伙伴”上线
来源: | 作者:geneseed | 发布时间: 2021-07-02 | 764 次浏览 | 分享到:

转录组测序(RNA-seq)能全面快速地获得某一物种特定组织或器官在特定状态下的几乎所有转录本序列信息,是研究基因表达调控的主要手段。植物转录组测序中样品是来源于植物植株的某些组织部位经分离的总RNA,包括编码RNA(mRNA)和非编码RNA(ncRNA)。而ncRNA又包括lncRNA、rRNA、tRNA、miRNA和circRNA等。对于转录组分析中的目标RNA(mRNA和LncRNA),rRNA的数据属于冗余信息,因为rRNA含量占RNA总量的80%以上,且提供的转录本信息非常少,浪费了宝贵的测序数据。所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除rRNA。

 

产品描述

Ribomoval rRNA Depletion Kit (Plant)一款专为植物样本去除核糖体RNA而设计的试剂盒。采用RNase H消化法去除植物根、种子和叶片Total RNA中的核糖体RNA(包括25S、18S、5S和线粒体rRNA 26S、18S;叶绿体rRNA 23S、16S),保留mRNA和其他非编码RNA信息(lncRNA、circRNA等)。本试剂盒对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA和非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例。

 

 

实验原理


 

图1:RNase H消化法原理图

 

使用范围

适用于多种植物来源的0.1~2 μg Total RNA样本,针对不同的组织部位具有良好的兼容性。

 

产品特点

样品广泛:对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果。

兼容性强能兼容多种植物物种以及不同的组织部位(根、种子和叶片)。

高效去除:可高效去除多种植物物种的95%-99.9%的rRNA。

数据全面保留mRNA和其他非编码RNA信息lncRNA、circRNA等),使转录组数据更加全面。

 

 

产品组成

组分和名称

S0201 (12rxn)

S0202 (24rxn)

S0203 (48rxn)

S0204 (96rxn)

Probe Buffer

36 μL

 72 μL

144 μL

288 μL

Probe Mix (plant)

24 μL

 48 μL

96 μL

192 μL

RNase H Buffer

24 μL

 48 μL

96 μL

192 μL

RNase H

 12 μL

 24 μL

48 μL

 96 μL

DNase I Buffer

60 μL

120 μL

240 μL

480 μL

DNase I

 12 μL

 24 μL

48 μL

 96 μL

注:试剂盒中每个组分的实际含量为110%。

 

注意事项

1、为保证rRNA去除效率, RNA样品不应含有盐离子 (例如Mg2+或胍盐) 和有机物 (例如苯酚和乙醇)。

2、RNA样品不应有基因组DNA污染,若样品中有gDNA残留,应先进行DNase I消化并纯化后再用于本试剂盒。

3、RNA样品最大投入体积为10 μL,若样品体积较大,可先进行RNA样品浓缩。

4、用于RNA-Seq的样品,建议TotalRNA起始量应高于100 ng,以增加文库的复杂性。

 

 

案例展示

 

研究一、高通量测序验证Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant) rRNA去除效果

实验各取三份1 μg 拟南芥/水稻/番茄/玉米/大豆 叶片total RNA 利用Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant) 及N company 试剂盒对rRNA进行去除,搭配吉赛生物自主研发的RNA建库试剂盒(#S05)进行文库构建,测序后的下机数据与相应的基因组数据库进行比对。

 

图2  rRNA残留率比较图

图2 显示RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant)对1 μg拟南芥/水稻/番茄/玉米/大豆total RNA中的rRNA均有显著去除效果。同时与N company试剂盒对比,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant)的rRNA残留率更低,去除效果更优。

通过以上的研究对比分析可以看出,RibomovalTM rRNA Depletion Kit(Plant的整体性能略优于市面上的主流产品,能兼容多种植物物种以及不同的组织部位(根、种子和叶片),对于完整和部分降解的RNA均有良好的rRNA去除效果,经rRNA去除所获得的RNA可用于mRNA和非编码RNA的高通量测序分析,能显著提高测序结果中有效数据比例,是植物RNA文库构建中去除rRNA的优选。

 

产品列表

货号

产品名称

规格

S0201

Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant)

12 rxns

S0202

Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant)

24 rxns

S0203

Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant)

48 rxns

S0204

Ribomoval™ rRNA Depletion Kit (Plant)

96 rxns