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- 10xVisium空间转录组测序
- 产品介绍
- 结果展示
- 送样建议
组织切片的细胞中会释放出mRNA，通过poly-T捕获带有poly-A的mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列，然后进行文库构建并测序。最后，根据数据的条形码信息对数据进行分析，以确定哪些数据来自哪个位置，从而实现空间基因表达的可视化。
10×Visium空间转录组测序技术路线
测序方案
测序平台：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus测序模式：PE150
测序数据量：≥50 k reads pairs per spot
生物信息分析
原始序列数据
测序数据质量评估过滤
Spot质控
数据比对
数据标准化
Spot聚类分群
Spot亚群分析
Marker分析
细胞类型鉴定
解剖区域注释
细胞通讯分析
样本间差异分析
注释区域间差异分析
部分结果示例
图1.Spot聚类与图像整合
图2.小鼠大脑空间分辨率的基因表达模式图
图3.图1小鼠肾脏空间转录组的mRNA表达及聚类图
Table.空间转录组原始样本送样建议
送样类型
送样量
备注
新鲜组织
OCT冷冻包埋送样；组织大小建议6.5mm^3
包埋模具上表明组织的方向，以便后续确认切片方向
FFPE
包埋组织大小建议6.5mm^3
DV200>50%
*皮肤、胰腺以及骨头组织暂时不适进行空间转录组测序，更具体的送样方法请详询销售或技术支持
物种范围：人、小鼠、大鼠，其他物种请咨询销售或技术支持
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geneseed@geneseed.com.cn