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  • Nanopore cDNA-PCR测序

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    Nanopore cDNA-PCR测序是指基于牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代测序平台进行全长转录组测序,无需打断,可直接读取从5’端到3’端polyA尾的高质量单个RNA分子全长序列,准确辨别二代测序无法准确识别的可变剪接(AS)、融合基因、lncRNA及其靶基因,且可同时对基因和转录本进行定量分析。ONT全长转录组已广泛应用于生长发育、环境适应、免疫互作、突变表型、肿瘤的发生、临床诊断和药物研发等领域。




    Nanopore cDNA-PCR测序流程图


    测序方案


    测序模式:Nanopore Sequencing

    测序数据量:2Gb/样



    技术优势

    1. Nanopre全长转录组测序无需打断RNA,可获得5’到3’全长转录本序列及其表达信息,对片段大小无偏好,直接检测电信号无需边合成边测序其GC偏好性远低于二代平台

    2. 由于无需拼接其在转录本层面的结构变异检测方面,比如可变剪接、融合基因、APA、新基因预测等具有绝对优势

    3. 除了可准确鉴别转录本结构变异,还可实现转录本(mRNA或polyA+ lncRNA)表达水平准确定量。





  • Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells

    发表杂志:Nature Communications

    影响因子:12.121

     

    reads RNAseq解析复杂isoform的能力有限,因为它无法测序RNA分子的全长cDNA拷贝。作者研究了使用长读取单分子Oxford Nanopore测序仪的RNAseq是否能够在不牺牲准确的基因表达定量的情况下,鉴定和定量复杂的isoform。在小鼠B1a细胞中鉴定了数千个未注释的转录起始和终止位点,以及数百个可变剪接事件,鉴定了在B1a细胞中表达的数百种基因,这些基因显示出多种复杂的isoform,包括几种B细胞特异性表面受体。本研究表明,可以在单细胞水平上识别和定量复杂的isoform。




    1 ONT RNAseq数据分析确定小鼠B1a细胞的异构体特征



    2 揭示B细胞表面受体的异构体多样性




  • 生信分析

    ONT原始数据质控

    比对结果质控检查

    转录本定量

    差异转录本鉴定

    转录因子预测

    功能注释

    富集分析

    蛋白质互作网络

    可变剪接分析

    融合转录本

    新转录本发现

    基因结构优化



  • Table. Nanopore cDNA-PCR Sequencing样本送样建议



    送样类型

    送样量

    完整性(RIN值)

    浓度

    纯度

    total RNA(组织、细胞、全血等)

    ≥2μg

    ≥8

    ≥100ng/μL

    DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

    RNA带poly(A)尾

    ≥10ng

    -

    -

    DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠


    *更具体的送样方法请详询销售或技术支持


    物种范围

    人、小鼠、大鼠等哺乳动物,植物等其他物种详询销售或技术支持


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