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  • Exosome RNA-seq

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    Exosome能够通过生物屏障,在细胞间传递功能性核酸分子,从而发挥各种生物学功能,有望成为一种新型给药途径及基因治疗载体。吉赛生物自主研发外泌体提取试剂盒,能够快速分离提取exosome RNA进行建库测序,满足外泌体mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA的不同研究需求。


    51 外泌体RNA测序.png

    外泌体RNA测序技术路线



    测序方案


    分析对象:mRNA+lncRNA+circRNA

    测序平台:Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus

    测序模式:PE150

    测序数据量:10 Gb raw data

     

    分析对象:miRNA

    测序平台:Illumina Novaseq 6000

    测序模式:PE150

    测序数据量:10 M raw reads



  • 生物信息分析

     

    外泌体全转录组测序丨Exo-RNA-seq(mRNA+lncRNA+circRNA)

    基础分析

    原始数据质控检查

    比对结果质控检查

    基因覆盖度分析

    基于基因表达的样品主成分分析

    基因表达分析

    circRNA预测及鉴定

    长链非编码RNA的识别

     

    高级分析

    差异基因表达分析

    差异基因GO功能分析

    差异基因KEGG通路分析

    差异基因Rectome通路分析

    针对mRNA基因的GSEA分析

    circRNA差异分析

    差异circRNA宿主基因的GO功能分析

    差异circRNA宿主基因的KEGG通路分析

    差异circRNA宿主基因的Rectome通路分析

    差异circRNA的靶向miRNA预测分析

    差异circRNA及靶向miRNA网络调控制图

    长链非编码RNA的识别

    长链非编码RNA差异分析

    差异lncRNA顺式调控基因的GO功能分析

    差异lncRNA顺式调控基因的KEGG通路分析

    差异lncRNA顺式调控基因的Rectome通路分析

     


    外泌体miRNA测序丨Exo-miRNA-seq

    基础分析

    原始数据质控检查

    比对结果质控检查

    RNA种类分析统计

    miRNA表达分析

    基于miRNA表达的样品主成分分析

    miRNA差异分析

    差异 miRNA 靶基因预测

    差异 miRNA 靶基因的GO功能分析

    差异 miRNA 靶基因的KEGG通路分析

    差异 miRNA 靶基因的Rectome通路分析

     

    高级分析

    差异miRNA与差异表达基因调控分析

    差异miRNA与差异表达基因网络绘图




  • Table1. 外泌体测序原始样本送样建议

    送样类型

    送样量

    备注

    细胞上清

    ≥30mL

    无支原体污染

    血清、血浆

    ≥4mL



    Table2. 外泌体测序样本送样建议

    送样类型

    测序类型

    送样量

    完整性(RIN值)

    浓度

    纯度

    血清血浆、细胞上清、外泌体RNA

    exo-RNA-seq

    ≥20ng

    /

    /

    无DNA,蛋白/盐离子等污染,样本无色透明不粘稠

    exo-miRNA-seq

    ≥10ng

    /

    /


    *更具体的送样方法请详询销售或技术支持

    物种范围:人、小鼠、大鼠等哺乳动物,拟南芥、水稻、番茄、玉米、大豆等植物,其他物种详询销售或技术支持





  • Q1:外泌体全转录组测序,提取出来的RNA有100~200ng。是采用微量建库的方法建库,还是常规建库方法建库呢?

    A1:如果提取出来的RNA量超过100ng,建议采用常规去rRNA链特异方法,用100ngRNA进行全转录组建库。相对来说,建库input的模板量越大,基因信息的覆盖度越高。微量建库方法是在样本量较少的情况下采用的建库方法,在可以的情况下,尽量采用常规建库方法进行实验。

     

    Q2:外泌体研究,应选用血浆还是血清?

    A2:血清是血液凝固之后收集的液体,其中少了纤维蛋白原,凝血因子,以及多了很多凝血产物。纤维蛋白原可转化为纤维蛋白,具有凝血功能。在凝血过程中血小板会分泌大量的外泌体,有研究发现血清中有接近50%的外泌体来自额外的分泌。

    血浆=血液-血细胞

    血清=血浆-纤维蛋白原-凝血因子

    所以一般实验选择血浆,在特殊情况下,如研究与血小板相关的疾病的时候,血清更适合。



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